Drugi dio: Uobičajene varijante rizika u NPHS1 i TNFSF15 povezane su s nefrotskim sindromom osjetljivim na steroide u djetinjstvu

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Kliknite ovdje za prvi dio

Varijanca objašnjena svim autosomnim varijantama u trenutnoj studiji

Uočena heritabilnost SSNS-a u djetinjstvu objašnjena varijantama u cijelom genomu procijenjena je na 41,1 posto (14.0 posto). Nasljednost na skali odgovornosti bila je 14,8 posto (5.0 posto), pod pretpostavkom da je prevalencija populacije 0,016 posto. Uzimajući u obzir jaku povezanost HLA regije, uočena heritabilnost je procijenjena na 31,6 posto (13,6 posto), a postala je 11,4 posto (4,9 posto) nakon transformacije kada su isključene varijante na hromozomu 6. Uobičajene varijante (MAF > 5 posto) objašnjavaju 88 posto –90 posto heritabilnosti bolesti (dodatna tabela S21; dodatna slika S10).

Cistanche može pomoći kod nefrotskog sindroma

DISKUSIJA

Sadašnji japanski GWAS s najvećom veličinom uzorka do sada i replikacijom u više kontinentalnih populacija identificirao je uobičajene varijante u regijama NPHS1 i TNFSF15 kao nove faktore osjetljivosti na SSNS u djetinjstvu. Post-GWAS analiza lokusa hromozoma 19 identificirala je potencijalni transkripcijski mehanizam kojim haplotip rizika NPHS1 može doprinijeti bolesti. Konačno, veća veličina uzorka omogućila je dodatno fino mapiranje prethodno impliciranih HLA lokusa.16 Sve u svemu, ovi nalazi značajno proširuju i poboljšavaju naše razumijevanje genetske pozadine SSNS-a u djetinjstvu. Oni identificiraju nefrin, proinflamatorni citokinski faktor nekroze tumora 15, član superfamilije (TNFSF15), i njihove povezane molekule kao nove mete za biološka istraživanja kako bi bolje razumjeli SSNS i potencijalno za razvoj terapije. Konačno, povezanost sa uobičajenim varijantama u lokusu NPHS1 pruža još jedan primjer koji pokazuje da geni mendelske bolesti bubrega mogu sadržavati varijante osjetljivosti na češću multifaktorsku bolest (SSNS).

Rijetke mutacije u NPHS1 uzrokuju kongenitalnenefrotski sindromfinskog tipa, rijedak monogennefrotski sindrom that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) u eksonu 3. Ranije, Sun et al. prijavio višu frekvenciju rs2285450 minor alela u kineskom sporadičnomnefrotski sindrompacijenata iz Singapura nego u kontrolnoj skupini (20 posto naspram 13 posto, P=0,025) i pokazalo je da alel rizika rezultira smanjenom sposobnošću inhibiranja TRPC6 struja u HEK293-M1 stanicama putem patch- stezaljka,što bi moglo objasniti podložnost proteinuriji.27,28 Ova studija pruža nezavisnu podršku za rs2285450 kao faktor rizika za SSNS i predlaže alternativni mehanizam za osjetljivost nanefrotski sindromzahtijeva dalju istragu.

Koristeći uparene ljudske genetske i glomerularne transkriptomske podatke, nismo uočili razlike u ukupnoj ekspresiji NPHS1 kao funkciji ovog haplotipa rizika. Međutim, RNA-seq podaci su omogućili opažanje značajnog ASE što je rezultiralo nižom ekspresijom NPHS1 iz haplotipa koji sadrži alele rizika (dodatna slika S11). Brojne varijante rizika na ovom lokusu bile su sinonim za egzonske promjene u NPHS1. Stoga smo se više fokusirali na NPHS1 i nismo se bavili raspravom o ulozi KIRREL2 u potencijalnim mehanizmima bolesti. Budući rad bi trebao uključivati: (i) validaciju ovog zapažanja kod dodatnih pacijenata sa podacima o genotipizaciji i ekspresiji bubrega; i (ii) sticanje mehaničkog razumijevanja o tome kako ovaj ASE NPHS1 doprinosi ili uzrokuje povezanost sa SSN-ovima koju smo primijetili. Potencijalne hipoteze za disfunkciju uključuju: (i) povećano opterećenje ćelije da proizvede potrebnu količinu nefrina iz referentnog hromozoma, što dovodi do ćelijskog stresa i povećane osjetljivosti na ozljede; i (ii) potencijalno disfunkcionalni nefrinski protein proizveden iz haplotipa rizika (npr. putem diferencijalnih posttranslacionih modifikacija) što rezultira abnormalnom glomerularnom filtracionom barijerom.

Genetski polimorfizmi na 9q32 lokusu povezani su sa nekoliko autoimunih i inflamatornih bolesti.23,29–31 Najvjerovatniji gen koji uzrokuje bolest unutar 9q32 je TNFSF15, koji kodira TNFSF15. U ovoj studiji, značajna povezanost rs4979462 replicirana je nezavisno i dodatno ojačana transetničkom meta-analizom. Prethodno su Hitomi et al.32 identifikovali rs4979462 kao funkcionalnu varijantu in vitro funkcionalnom analizom koristeći luciferazni test i test elektroforetskog pomeranja pokretljivosti. Super-shift test je razjasnio da alel rizika (T) rs4979462 generira novo mjesto vezivanja NF-1.32 Osim toga, nekoliko izvještaja je pokazalo da alel rizika rs4979432 utiče na nivo ekspresije TNFSF15 mRNA.30, 32 Potrebne su daljnje studije kako bi se potvrdila povezanost TNFSF15 sa SSNS kod djece.

U ovoj studiji, varijante u lokusima NPHS1 i TNFSF15 su identificirane i replicirane uglavnom u istočnoazijskoj (japanskoj i korejski) i južnoazijskoj populaciji, u kojoj je prijavljena veća učestalost bolesti. Nasuprot tome, učestalosti alela rizika kandidata SNP u NPHS1 bile su rijetke kod ljudi evropskog porijekla (Tabela 1). Ovi nalazi mogu djelomično objasniti epidemiološku razliku među populacijama iz perspektive polimorfizama povezanih s bolestima. Ovu razliku dalje ilustruje odsustvo značajnih signala u našem japanskom skupu podataka u regijama CALHM6/FAM26F i PARM1, koji su otkriveni u homogenoj kohorti evropskog porijekla.15,17

Uz dominantan doprinos HLA-DR/DQ gena, genski skupovi kompleksa proteina glavnog kompleksa histokompatibilnosti klase II i aktivnosti receptora glavnog kompleksa histokompatibilnosti klase II bili su snažno povezani sa bolešću. Urođeni imuni odgovor je također identificiran kao značajan genski skup sa umjerenim efektom. Urođeni imuni sistem, uključujući aktivaciju profesionalnih ćelija (ćelije koje predstavljaju antigen i B ćelije/Toll-like receptore), kao i adaptivni imuni sistem, u kojem HLA molekuli igraju ključnu ulogu, uključen je u proces bolesti i odgovor na liječenje.33,34

Oko 90 posto heritabilnosti SSNS-a u djetinjstvu doprinijele su uobičajene varijante, iako su varijante sa relativno rijetkim frekvencijama alela (MAF: 0,5 posto –5 posto) također uzete u obzir. Međutim, veliki dio heritabilnosti bolesti ostaje nerazjašnjen. Druge varijante povezane sa bolestima u ne-HLA regijama mogle bi se identificirati budućim studijama u cijelom genomu s većim uzorcima, posebno za pacijente europskog i drugog ne-istočnoazijskog porijekla, budući da su polimorfizmi povezani s bolešću u regijama koje nisu HLA još uvijek u velikoj mjeri nepoznato.

U ovoj studiji, veličine uzorka u replikacijskim kohortama s različitim precima ograničile su moć za replikaciju signala s manjim veličinama efekta. Stratifikacija populacije može postojati u fazi replikacije zbog nedostatka prilagođavanja. Štaviše, grupni efekti su se mogli pojaviti između slučajeva i kontrola kada su frekvencije alela iz javnih baza podataka korištene kao populacijske kontrole.

Ukratko, ova otkrića pružaju nove SSNS lokuse. NPHS1 lokus, posebno, pruža provokativan novi koncept za patogenezu bolesti, povezujući i jačajući paradigmu u nefrologiji u nastajanju – u određenim genima koji sadrže Mendelove varijante, češći aleli mogu povećati osjetljivost na multifaktorske, poligene bolesti, kao što je prethodno pokazano za UMOD, COL4A3 i NPHS2.26,35-41 Konačno, trenutni nalazi ponovo naglašavaju važnost izvođenja genomskog istraživanja u različitim populacijama. Čineći to, otkrili smo specifične SNP-ove koji će vjerovatno imati veći utjecaj na populaciju istočne i južne Azije, dok smo identificirali gene i lokuse koji mogu biti važni u svim populacijama, za koje bismo bili statistički slijepi ako bismo koristili europsku kohortu otkrića.

METODE

Pogledajte Dodatne metode za dodatne detalje.

Uzorci: U fazi otkrića, 1018 japanskih pacijenata s dijagnozom SSNS u djetinjstvu (starost<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotipizacija i imputacija cijelog genoma u fazi otkrića

U fazi otkrića, 1018 slučajeva i 3331 kontrola je genotipizirano pomoću niza Affymetrix Japonica.42 Devetnaest uzoraka je isključeno zbog niske stope poziva (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kontrola kvaliteta je provedena korištenjem sljedećeg praga: pojedinačna stopa nedostajućih<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Analiza glavnih komponenti izvršena je pomoću analize kompleksnih osobina na nivou genoma (verzija 1.26.0)44 za slučajeve, kontrole i podatke HapMap faze III (113 CEU [populacija sjeverozapadne Evrope], 113 YRI [joruba u

Ibadan, Nigerija], 84 CHB [Han Kinezi u Pekingu, Kina], i 86 JPT [japansko stanovništvo u Tokiju, Japan]); uzorci koji su identificirani kao izvanredni su isključeni (dodatna slika S1A-E).

Analize asocijacija na nivou genoma u fazi otkrića

Analize asocijacija na nivou genoma i uslovne analize zasnovane na varijanti sa jednim nukleotidom sprovedene su korišćenjem logističke regresije, prilagođavanjem za pol i prve 4 glavne komponente (PC1 do PC4) pomoću PLINK 1.9. r paket "qqman" je korišten za generiranje Manhattan i QQ dijagrama. Regionalne dijagrame su generisane korišćenjem Locuszoom-a (1000 Genoma iz novembra 2014. ASN je korišćen kao referenca neravnoteže veze).45

Testovi zasnovani na genima i analiza genskog skupa

Testovi zasnovani na genima i analize genskog skupa izvedeni su od strane MAGMA v1.646 (implementirano preko FUMA47). Baza podataka Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 i NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 korišćeni su za pronalaženje eQTL-ova koji utiču na ekspresiju različitih gena u različitim tkivima i tkivima specifičnim za bubrege.

Replikacija kandidata SNP-a

Replikacija je izvršena u više populacija. Učesnici u korejskom skupu podataka su regrutovani iz Južne Koreje. MWPNC kohorta je uključivala 181 pacijenta južnoazijskog porijekla regrutovanih iz SAD-a i Šri Lanke, 158 pacijenata afričkog porijekla regrutovanih iz

Slika 4| Ekspresija glomerularne NPHS1 mRNA uNefrotski sindromStudijska mreža (NEPTUNE) kohorta. (a) NPHS1 fragmenti po milionu kilobaze ekspresije upoređujući uzorke sa haplotipom rizika NPHS1 u odnosu na bez NPHS1. Uzorci sa haplotipom rizika NPHS1 ne pokazuju značajno različite nivoe ekspresije (Wilcoxon test, P ¼ 0.39). (b) Alel-specifična ekspresija (ASE) upoređivanje uzoraka sa haplotipom rizika NPHS1 u odnosu na bez njega. ASE ¼ |0.5 – (haplotip A / ukupno čitanja)|. Kod pacijenata sa alelima rizika, haplotip A sadrži svih 5 varijanti rizika NPHS1; kod pacijenata bez haplotipa rizika, haplotip A se nasumično bira između 1 od njihova 2 haplotipa. Uzorci s manje od 2 heterozigotna jednonukleotidna polimorfizma ili u donjih 10 posto ukupnog broja označeni su sivom bojom. Uzorci sa haplotipom rizika NPHS1 pokazuju značajnu alel-specifičnu ekspresiju sa nižom ekspresijom haplotipa rizika (Wilcoxon test, P=9.3E–4). CPM se računa na milion.

SAD-u i Nigeriji, a 63 europska i 27 hispanoameričkih pacijenata regrutovana su iz SAD-a. Kohorta NEPHROVIR uključivala je 132 eu-evropske, 56 afričke i 85 magrebske djece sa SSNS-om, regrutovanih u oblasti Pariza; 2000 evropskih kontrola iz 3 grada i 454 kontrole iz afričke kohorte 1000G i 261 marokanska kontrola korištene su kao kontrole usklađene sa stanovništvom. Italijanska i španska (ItSpa) kohorta se sastojala od 112 evropskih pacijenata iz Italije i Španije i 552 kontrolne grupe iz evropske kohorte 1000G. Detaljne informacije o skupovima podataka svake populacije prikazane su u Dodatnim metodama i Tabeli 1.

U fazi replikacije, izvršena je logistička regresija u korejskom skupu podataka koristeći podatke individualnog genotipa. P vrijednosti su izračunate Pearsonovim c2 testom ili Fisherovim egzaktnim testom u MWPNC kohorti i javnim bazama podataka. Za ćeliju ¼ 0 u c2 testu, 0.5 je dodan svakoj od 4 ćelije za izračunavanje OR, standardne greške (SE) i 95 posto intervala pouzdanosti. U setovima podataka NEPHROVIR i ItSpa, asocijacijske analize su provedene prema aditivnom modelu.

Transetnička meta-analiza

Transetnička meta-analiza je provedena korištenjem metode inverzne varijanse zasnovane na modelima fiksnih ili slučajnih efekata od strane "META".49 Heterogenost je uzeta u obzir kada je Cochran Q test imao P-vrijednost < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" smatran="" je="" pragom="" značajnosti="" za="" čitav="" genom="" za="">

ASE analiza u NEPTUNE kohorti

Ukupna RNK iz glomerularnih biopsija i 30X sekvenciranje cijelog genoma izvršeno je na 269 i 625 uzoraka iz NEPTUNE20 (pogledajte dodatne podatke20 za više detalja). Varijante na hromozomu 19 su filtrirane, uklanjajući MAF < 0,0001,="" insercije="" i="" delecije,="" rezultat="" kvaliteta="" genotipa="">< 20="" i="" nedostajući=""> 10 posto. Varijante su fazirane sa Eagle v2.4.150 na Michigan Imputation Server51 koristeći referentni panel 1000 Genomes Phase 3.52 Uzorci koji sadrže svih 5 hromozomskih 19 alela rizika (rs56117924, rs2073901, rs41217, rs41217) su uzeti 5404 i 5212. Kvantifikacija gena (Log2CPM) izračunata je metodom normalizacije rubne R-odrezane srednje vrijednosti M vrijednosti (TMM).53 NPHS1 i okolna međugenska regija od 1 KB (chr19: 36,315,274–36,343,895) su bili posebno fokusirani na bam. NPHS1 bam fajlovi i fazno sekvenciranje cijelog genoma uneseni su u phASER54 kako bi se izvršilo faziranje haplotipa. Zbog visoke rekombinacije žarišta unutar NPHS1, pronašli smo nekonzistentno faziranje rs2071347 (NPHS1, egzon 26) kada smo ga uporedili nizvodno i referentni panel kada smo ga uporedili nizvodno i referentni panel. Koristili smo phASER za izračunavanje ekspresije specifične za haplotip zbrajanjem broja sekvenci RNA u svim heterozigotnim SNP-ovima. Uzorci sa manje od 20 ukupno očitanih u NPHS1 su uklonjeni. Za 187 preostalih uzoraka, izračunali smo ASEasj0.5 – (haplotip A / ukupna očitavanja)j. Kod pacijenata sa rizičnim haplotipom, haplotip A sadrži svih 5 varijanti rizika NPHS1; kod pacijenata bez haplotipa rizika, haplotip A je nasumično odabran iz jednog od njihova 2 haplotipa. Zatim smo uporedili ASE i ekspresiju gena za uzorke sa i bez iskonskog haplotipa sa Wilcoxonrank-sumtestinomR. Ukupna očitavanja i broj podržavajućih heterozigotnih SNP-ova varirali su u različitim uzorcima. Uzorci sa manjom snagom za detekciju ASE, manje od 2 heterozigotna SNP-a, ili u donjih 10 posto ukupnih očitavanja, ipak su uključeni radi potpunosti i označeni su sivim tačkama na slikama 4a i b.

HLA fino mapiranje

Metode za HLA imputaciju i HLA genotipizaciju prikazane su u Dodatnim metodama.

Proračun snage

Snaga otkrića GWAS (987 slučajeva i 3206 kontrola) izračunata je korištenjem R paketa "CATS".55 Uz pretpostavku prevalencije bolesti od 0.016 posto, snaga studije je izračunata odvojeno pod aditivni model za varijante sa frekvencijom alela od 0,5 posto, 5 posto i 50 posto, s pragom značajnosti ¼ 5E–08 (dodatna slika S2). Za procjenu moći replikacije za svaki

kandidat SNP.

Procjene heritabilnosti

Nasljednost bolesti objašnjena varijantama u cijelom genomu procijenjena je pomoću analize kompleksnih osobina na nivou genoma43,57 (analiza kompleksnih svojstava na nivou genoma—LDMS metoda), uz pretpostavku da je prevalenca bolesti 0.016 posto u japanskoj populaciji. U analizu su uključene sve varijante koje su prošle proceduru kontrole kvaliteta nakon imputacije cijelog genoma. Varijante su grupisane kao uobičajene varijante (MAF > 5 procenata) ili neuobičajene varijante (0,5 procenata < maf="" #="" 5="" procenata)="" prilikom="" izrade="" matrica="" genetskih="" odnosa="" tokom="" izračunavanja.="" detalji="" su="" prikazani="" u="" dodatnim="">

DODATAK

Istraživački konzorcij za genetiku idiopatskog djetinjstvaNefrotski sindromu Japanu

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Norio Fuji Taori, Shoi Kobayarok, Shoji Hijio, Shoji Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichirowa Kandaiami, E. , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shiei Ohita, Yauohid Shimizu Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yoshihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijizu, Kazumoto Iijizu Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Horinouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori Yasuyo, Shingo Ishimori Yasuyo Takeshima, Rika Fuji- Maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Shimai, Masayuki Shimai, Ikushi Shimizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tan Tadashi Sato, A Seyu Zaitsu, Tan Tadashi Sato, A Seyu Nakazato, Hiroši Tamura i Koiči Nakaniši

Korejski konzorcij za nasljedne bubrežne bolesti kod djece

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han i Eun Mi Yang

Konzorcij pedijatrijske nefrologije Srednjeg zapada (Genetika nefrotskih bolesti

Grupa za proučavanje sindroma)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus, Nilka De Jesus Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari i Sherif El Desk

NEFROVIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Claire Elisasam, Georges Deschênes , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelchee Muller, Alexis Mandelchaat, Nagris, Kažem Mandelc, Naseri , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski i Férielle Zenkhri

OTKRIVANJE

MGS je od Maze Therapeutics primio honorare za savjetovanje. AS je dobio potporu za putovanja od Biofem Pharmaceuticals. GD je primio konsultantske naknade od Chiesi-a i Biocodex-a, honorar za predavanja od Alnhylama i podršku za putovanja od Sanofija. MV je primio honorare za konsalting od Achillion Pharmaceuticals i Gentium-Jass, honorar za predavanja od Sanofija i grant od Alexion Pharmaceuticals. Kii je primio konsultantske naknade od Zenyaku Kogyoa. Svi ostali autori su se izjasnili da nema suprotstavljenih interesa.

ZAHVALNICA

Zahvaljujemo svim pacijentima koji su učestvovali u ovoj studiji i njihovim porodicama, te gospođi Yoshimi Nozu i gospođi Ming Juan Ye na njihovoj tehničkoj pomoći. Zahvaljujemo Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki i Mika Matsuhashi na njihovoj podršci u funkcionalnim studijama. Zahvaljujemo dr. J. Ludovicu Croxfordu iz Edanz grupe (www.edanzediting.com/ac) za uređivanje nacrta ovog rukopisa.

Sažeti podaci o varijantama otkrića GWAS dostupni su preko baze podataka Japanskog nacionalnog centra za bionaučne baze podataka (ID istraživanja: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Ovaj rad je podržala: Japanska agencija za medicinska istraživanja i razvoj (AMED) pod brojem granta JP17km0405108h0005 za Kii, KIs, KN ​​i KT, i JP17km0405205h0002 i 18km0405205h0003 za KT i M. i Japanskog društva za promociju nauke (JSPS) u okviru Grant-in-Aid za naučna istraživanja koja podstiču zajedničko međunarodno istraživanje (B) 18KK0244 za Kii, YH, TH, CN i KN. Dio ove studije je finansiran od granta Evropskog istraživačkog vijeća ERC-2012-ADG_20120314 (sporazum o grantu 322947) i Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" grant ANR-16-CE{{17} } do PR. RG podržavaju Nacionalni instituti za zdravlje/Nacionalni instituti za dijabetes i bolesti probave i bubrega (NIH/NIDDK) koji dodjeljuju grantove 5R01DK098135 i 5R01DK094987, Doris Duke Charitable Foundation Clinical Scientist Development Award 2009033 i nagradu Dukeol Health. MGS je podržan grantom Nacionalnog instituta za zdravlje (R01-DK108805). TheNefrotski sindromStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) je dio Nacionalnog centra za unapređenje translacionih nauka (NCATS). Mreža kliničkih istraživanja retkih bolesti (RDCRN) podržana je kroz saradnju između Kancelarije za istraživanje retkih bolesti (ORDR), NCATS i Nacionalnog instituta za dijabetes, probavne i bubrežne bolesti. RDCRN je inicijativa ORDERA NCATS-a. Dodatno finansiranje i/ili programsku podršku ovom projektu obezbijedili su Univerzitet Mičigen, NephCure Kidney International i Halpin fondacija. Kohorta NEPHROVIR podržana je sa 2 granta Georgesu Deschênesu iz Programa

Hospitalier de Recherche Clinique: odobrava PHRC 2007-AOM07018 i PHRC 2011-AOM11002. Mrežu NEPHROVIR koordiniraju Pedijatrijska nefrološka jedinica bolnice Robert Debré, "Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien" i "Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France". Marina Vivarelli je podržana od strane Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

DODATNI MATERIJAL

Dodatni fajl (PDF)

Dodatne napomene. Istraživački konzorcij za genetiku idiopatskog djetinjstvaNefrotski sindromu Japanu, Korejski konzorcij za nasljedne bubrežne bolesti kod djece, Konzorcij za pedijatrijsku nefrologiju srednjeg zapada (GenetikaNefrotski sindromstudijska grupa) i NEFROVIR.

Dopunske postepene uslovne analize u HLA regiji i HLA fino mapiranje.

Dopunske metode.

Tabela S1. Definicije NS.

Tabela S2. Kliničke informacije pacijenata u otkriću GWAS i međunarodnoj studiji replikacije.

Tabela S6. Značajni skupovi gena sa P vrijednostima < 0.05="" nakon="" bonferronijeve="" korekcije="" u="" analizi="" genskog="" skupa="" pomoću="">

Tabela S9. Step-wise uslovne analize u HLA regiji.

Tabela S10. HLA haplotipovi su značajno povezani sa japanskim SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića koristeći podatke HLA-imputacije. Tabela S11. HLA aleli su značajno povezani sa japanskim SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića koristeći podatke HLA-imputacije. Tabela S16. Analiza asocijacije HLA-DRB1-DQB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja koristeći podatke HLA-imputacije. Tabela S19. Analiza asocijacije HLA-ACB-DRB1-DQB{{15}DPA1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja koristeći podatke HLA-imputacije.

Tabela S20. Homozigoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 i HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04, i heterozigoti HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 i HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 u fazi otkrivanja HLA-imputacijom.

Tabela S21. Procjena heritabilnosti korištenjem autosomnih varijanti u otkrićem japanskog skupa uzoraka.

Slika S1. Analiza glavnih komponenti u otkriću GWAS koristeći uzorke HapMap faze III kao referencu (113 stanovnika Utaha porijeklom iz sjeverne i zapadne Evrope [CEU], 113 Yoruba u Ibadanu [YRI], 84 Han Kineza u Pekingu [CHB] i {{ 4}} Japanski u Tokiju [JPT]).

Slika S2. Moć otkrića GWAS.

Slika S3. Kvantil-kvantilni (Q–Q) grafikon P vrednosti za SNP izračunate korišćenjem logističke regresije sa prilagođavanjem za pol i PC1–4 (987 slučajeva sa SSN-ovima u detinjstvu i 3206 zdravih kontrola). Slika S4. Uslovna analiza u lokusu kandidata na hromozomu 19.

Slika S5. Uslovna analiza u lokusu kandidata na hromozomu 9.

Slika S6. Uslovna analiza u lokusu kandidata na hromozomu 18.

Slika S7. Lokacija i napomena 5 SNP-ova odabranih za replikaciju u NPHS1-KIRREL2 regiji (A).

Slika S8. Manhattan zaplet testa zasnovanog na genima od strane MAGMA-e. Slika S9. Postepene uslovne analize u HLA regionu. Slika S10. Procjena heritabilnosti zasnovane na SNP-u u japanskoj populaciji.

Slika S11. Šematski dijagram alel-specifične ekspresije NPHS1. I rizični i nerizični uzorci pokazuju ista ukupna očitavanja.

Dodatni fajl (Excel)

Tabela S3. Varijante sa P vrijednostima < 1e–05="" u="" otkriću="" gwas.="" tabela="" s4.="" moć="" replikacionih="" kohorti="" za="" repliciranje="" kandidata="">

Tabela S5. Značajni geni za cijeli genom povezani sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića od strane MAGMA-e.

Tabela S7. Geni uključeni u 4 značajna seta gena u analizi genskog skupa od strane MAGMA-e.

Tabela S8. Varijante sa P vrijednostima < 0.05="" u="" regiji="" kandidata="" na="" hromozomu="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" u="" gtex="" bazi="" podataka="" i="" nephqtl="" eqtl="">

Tabela S12. Analiza asocijacije HLA alela gena HLA klase I sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića koristeći podatke HLA-imputacije. Tabela S13. Analiza asocijacije HLA alela gena HLA klase II sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića koristeći podatke HLA-imputacije. Tabela S14. Analiza asocijacije HLA-AB haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića korištenjem podataka HLA-imputacije. Tabela S15. Analiza asocijacije HLA-ACB haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrića korištenjem podataka HLA-imputacije. Tabela S17. Analiza asocijacije HLA-DRB1-DQB1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja koristeći podatke HLA-imputacije.

Tabela S18. Analiza asocijacije HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja koristeći podatke HLA-imputacije.

REFERENCE

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopatskinefrotski sindromkod dece. Lancet. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Etničke razlike u djetinjstvunefrotski sindromFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al. Visoka incidencija idiopatskog nefrotskog sindroma kod djece iz istočne Azije: nacionalno istraživanje u Japanu (JP-SHINE studija).Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Bijela RH. Porodicanefrotski sindromLA Evropsko istraživanje. ClnNephral. 19731215-219.