Studija udruženja na nivou genoma identificira nove lokuse za završnu fazu bolesti bubrega kod Afroamerikanaca pripisanu dijabetesu tipa 2
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik16, Stephen S.14, , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* i FIND konzorcijum
Abstract
Pozadina: Završna fazabubregbolest(ESKD) je značajan problem javnog zdravlja koji nesrazmjerno pogađa Afroamerikance (AA). Dijabetes tipa 2 (T2D) je vodeći uzrok ESKD-a u SAD-u, a napori da se otkrije genetska osjetljivost na dijabetesnu bolest bubrega (DKD) imali su ograničen uspjeh. Prethodna studija asocijacije na nivou genoma (GWAS) u AA sa T2D-ESKD proširena je dodatnim slučajevima AA i kontrolama i genotipovima koji su imputirani na referentni panel od 1000 genoma veće gustine. Analiza otkrića uključila je 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 nedijabetičkih nefropatija (N = 10,409), nakon čega slijedi analiza diskriminacije u 2756 kontrola bez nefropatije T2D kako bi se isključile varijante povezane s T2D.
Rezultati:Šest nezavisnih varijanti smještenih u ili blizuRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, iAPOL1postignuta značajna povezanost u cijelom genomu (P <5×>−8) sa T2D-ESKD. Nakon analize proširenja 1910nedijabetičarESKD slučajeva i 908 kontrola nedijabetičke nefropatije, meta-analiza 5342 AA slučajeva ESKD svih uzroka i 6977 AA nedijabetičkih ne-nefropatija kontrola otkrila je dodatni novi lokus ESKD svih uzroka naEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ILI=1.94). IsključivanjeAPOL1Nosioci genotipa s rizikom od bubrega identificirali su dva dodatna značajna lokusa u cijelom genomu povezana s T2D-ESKD naGRAMD3iMGAT4C. Druga varijanta naGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ILI=1.46) ostao povezan sa ESKD svih uzroka uAPOL1-negativna analiza.
Zaključci:Nalazi pružaju dodatne dokaze za genetske faktore povezane sa uznapredovalom bolešću bubrega kod AA sa T2D.
Ključne riječi:Afroamerikanci, Genomska asocijacijska studija, dijabetes tipa 2, dijabetesna bolest bubrega,Završna bolest bubrega
Za više informacija kontaktirajte:emily.li@wecistanche.com
Uvod
Sve veći broj dokaza ukazuje na to da genetski faktori igraju glavnu ulogu u podložnosti završnoj fazibubregbolest(ESKD). Ovo je posebno relevantno za Afroamerikance (AA) gdje su stope incidencije ESKD više nego tri puta veće od Evropljana (EA) [1]. Stope mortaliteta za pacijente sa ESKD, dijalizom i transplantiranim pacijentima su 136, 166 i 30 na 1000 pacijent-godina, respektivno, i čine 7,2 posto troškova potraživanja koje plaća Medicare [1]. Dijabetes, od kojih 95 posto pacijenata ima dijabetes tipa 2 (T2D), ostaje vodeći prijavljeni uzrok ESKD u SAD-u i čini > 44 posto slučajeva [1]. Poboljšanja u kontroli glikemije, lipida i krvnog pritiska nisu značajno smanjila prevalenciju dijabetičarabubregbolest(DKD) [1, 2]. Pored toga, porodična agregacija DKD je nezavisna od socioekonomskog statusa i utvrđenih faktora rizika životne sredine [3, 4]. Iako aleli G1 i G2 u apolipoprotein L1 genu (APOL1) doprinose 50-70 posto nedijabetičkog ESKD-a u AA, oni ne objašnjavaju u potpunosti rizik od ESKD-a pripisan T2D (T2D-ESKD) u ovoj populaciji [ 5–7].
Studije asocijacija na cijelom genomu (GWAS) identificirale su > 70 značajnih varijanti u cijelom genomu povezanih s kroničnombubregbolest(CKD), albuminurija ili bubrežna funkcija u populacijama europskog porijekla [8–11]. Međutim, nekoliko lokusa je bilo povezano s DKD u različitim populacijama i oni se ne repliciraju dosljedno, dijelom zbog ograničene veličine uzorka [12–18]. Etiologija bubrežnih komplikacija kod pacijenata sa T2D je vjerovatno heterogena nego kod pacijenata sa dijabetesom tipa 1 [16]. Stoga je potrebna pažljiva fenotipizacija i veće veličine uzorka da bi se poboljšala statistička moć. Da bismo istražili genetsku arhitekturu uznapredovale bolesti bubrega kod T2D, proširili smo naše prethodne GWAS (2890 pacijenata sa ESKD i 1719 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije) na veći uzorak AA sa teškimbubregbolest. Analize udruženja obavljene su u šest nezavisnih AA kohorti (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; i razvoj rizika koronarnih arterija kod mladih odraslih, CARDIA) za T2D-ESKD ili nedijabetičku ESKD kroz dizajn studije u više faza (slika 1). Ovo je obuhvatilo 15.075 AA klasificiranih u četiri fenotipske grupe: slučajevi T2D-ESKD (N=3432), nedijabetičke nefropatije kontrole (N=6977), kontrole nefropatije bez T2D (N {{16} }), i slučajevi ESKD bez dijabetesa (N=1910).
U fazi otkrića, GWAS je urađen u 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije, nakon čega je uslijedila analiza diskriminacije kako bi se isključili lokusi povezani s T2D u 2756 T2D kontrola bez nefropatije. Ekstenzivne analize su obavljene u 1910 AA sa nedijabetičkim ESKD i 908 kontrolama bez nefropatije kako bi se procijenio doprinos lokusa povezanih s T2D-ESKD nedijabetičkimbubregbolest. Metaanaliza dijabetičkih i nedijabetičkih slučajeva ESKD procijenila je genetske asocijacije u ESKD svih uzroka. APOL{3}}povezani oblici nedijabetičarabubregbolesti T2D često koegzistiraju kod pacijenata. Kao takvi, mnogi dijabetičari sabubregbolestmože biti pogrešno klasifikovano kao da ima DKD, budući da je dijagnostičkibubregbiopsije se obično ne rade. Ovdje je izvršena druga GWAS analiza koja je isključila pojedince sa APOL1 genotipovima rizika za bubrege kako bi se minimizirala pogrešna klasifikacija T2D-ESKD.
Rezultati
Pregled studija
Ova studija ima > 80 posto snage za otkrivanje uobičajenih varijanti (MAF veći od ili jednak 0,10) sa umjerenim efektom (ILI veći od ili jednak 1,3) na nivou značajnosti od 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). Ukupno, sedam značajnih lokusa za cijeli genom (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Kliničke karakteristike učesnika studije
Tabele 1 i 2 sadrže detaljne karakteristike učesnika studije. ESKD slučajevi su regrutovani iz WFSM (Affy6.0, Axiom i MEGA), FIND i ARIC studija. Osobe sa T2D-ESKD ili nefropatijom bez T2D bile su starije (ili slične dobi) u poređenju sa kontrolnom skupinom bez dijabetesa bez nefropatije prilikom zapošljavanja. Međutim, prosječna dob pri postavljanju dijagnoze T2D u slučajevima T2D-ESKD i kontrola nefropatije bez T2D bila je mlađa od nedijabetičkih kontrola nefropatije prilikom zapošljavanja. Sve T2D kontrole bez nefropatije i kontrolne grupe bez dijabetesa i nefropatije imale su normalan eGFR veći ili jednak 60 ml/min/1,73 m2. Pored toga, kontrolne grupe bez dijabetesa bez nefropatije imale su nivoe glukoze natašte < 126="" mg/dl.="" kontrole="" s="" nefropatijom="" bez="" t2d="" bile="" su="" gojaznije="" od="" t2d-eskd="" ili="" nedijabetičkih="" eskd="" slučajeva,="" a="" kontrolne="" skupine="" bez="" dijabetesa="" i="" nefropatije,="" osim="" što="" su="" slučajevi="" t2d-eskd="" u="" aric-u,="" bili="" gojazniji="" od="" ostalih="">
Faza 1 i faza 2 T2D-ESKD analiza asocijacije
U fazi 1 otkrića, GWAS je proveden odvojeno u tri skupa podataka: (1) 1513 slučajeva T2D-ESKD i 5299 kontrola nedijabetičke nefropatije genotipiziranih na Affy6.0, doprinose WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA i CARDIA (faza 1a); (2) 1700 slučajeva T2D-ESKD i 770 kontrola nedijabetičke nefropatije iz WFSM genotipiziranih nizom genotipizacije Axiom Biobank (faza 1b); i (3) 219 slučajeva T2D-ESKD i 908 kontrola bez dijabetesa i nefropatije iz WFSM genotipiziranih na MEGA (faza 1c). Izvršena je meta-analiza (faza 2) kako bi se kombinirali rezultati povezivanja za 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 kontrola bez dijabetesa i nefropatije iz faza 1a, 1b i 1c. Faktor inflacije λ od 1,013 primijećen je nakon korekcije za genomsku kontrolu (Dodatna datoteka 1: Slika S1), što sugerira da su struktura populacije i kriptička srodnost bili dovoljno prilagođeni. Među varijantama koje pokazuju sugestivne asocijacije (P < 1="" ×="" 10-5),="" 59="" varijanti="" sa="" i2="" većim="" ili="" jednakim="" 80="" posto="" isključeno="" je="" zbog="" velike="" heterogenosti="" u="" veličinama="" efekata="" u="" studijama.="" ukupno="" 478="" preostalih="" varijanti="" je="" procijenjeno="" u="" analizi="" diskriminacije="" (81="" od="" njih="" je="" postigla="" značaj="" za="" cijeli="" genom;="" dodatni="" fajl="" 1:="" tabela="">
Faza 3 analize diskriminacije
Da bi se utvrdilo jesu li asocijacije T2D-ESKD identificirane u meta-analizi 1. faze vođene povezanosti s T2D per se, izvršena je diskriminacijska analiza za T2D kontrastirajući 2756 AA s nefropatijom bez T2D sa 6977 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije iz faze 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Dodatni fajl 1: Tabela S3). Kasnije smo isključili 174 od 478 T2D-ESK D-povezanih varijanti koje su nominalno povezane sa T2D u odsustvu nefropatije. Među preostalim T2D-ESKD asocijacijama, vrhunske varijante koje predstavljaju 6 nezavisnih asocijacija postigle su značaj za čitav genom (Tabela 3, Slika 2a). Najjača povezanost je uočena za rs9622363 koji se nalazi na APOL1 (P=1.42 × 10−10, OR=0.77, EAF=0.45). Ova varijanta je bila u umjerenoj neravnoteži veza (r2=0.33 i 0.34, respektivno u YRI) sa alelima APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) povezanim sa nedijabetičkim ESKD [6]. Druga najjača asocijacija bila je na rs58627064, intergenskoj varijanti koja se nalazi u blizini SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, OR=1.62, EAF=0.06). Dva nezavisna signala, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , OR=0.74, EAF=0.23) i rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , OR=2.26, EAF=0.02) na hromozomu 17 koji se nalazi u blizini ENPP7, respektivno, takođe su bili značajni za čitav genom. Osim toga, dvije asocijacije sa T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , OR=1.67, EAF=0.05) koje se nalaze u GNG7 i rs72858591 (P Identifikovani su=4.54 × 10−8 , OR=1.43, EAF=0.10) koji se nalaze u RND3/RBM43 (slika 1a).
Faza 4 nedijabetička ESKD analiza i faza 5 ESKD meta-analiza svih uzroka
Nakon faze diskriminacije, 304 varijante koje pokazuju sugestivnu povezanost sa T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5="" )="" testirane="" su="" u="" 1910="" nezavisnih="" nedijabetičkih="" eskd="" slučajeva="" i="" 908="" kontrola="" iz="" stadijuma="" 1c.="" cilj="" faze="" 4="" analize="" bio="" je="" procijeniti="" doprinos="" lokusa="" povezanih="" s="" t2d-eskd="">bubregbolest. Nakon isključivanja varijanti sa heterogenošću I2 većom od ili jednakom 80 posto, 25 varijanti je nominalno povezano sa nedijabetičkim ESKD (P < 0,05).="" snažne="" asocijacije="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" uočene="" su="" u="" apol1-myh9="" regiji,="" potvrđujući="" njihovu="" ulogu="" u="">bubreg bolest. Meta-analiza ESKD svih uzroka, uključujući 5342 ESKD svih uzroka i 6977 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije, provedena je kako bi se procijenila generalizacija 25 varijanti povezanih s T2D-ESKD sa širim oblicima ESKD (faza 5). Utvrđeno je da je 35 značajnih varijanti u cijelom genomu na dva lokusa povezano sa ESKD svih uzroka, uključujući 15 varijanti unutar ili blizu EFNB2 i 20 varijanti na APOL1 (slika 1b). Najviša asocijacija u APOL1 bila je rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), a najviši signal blizu EFNB2 bio je rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , OR=1.94, EAF=0.023) (Tabela 4, slika 2b). Četiri dodatna nezavisna lokusa pokazala su sugestivnu povezanost (P < 5="" ×="" 10−6)="" sa="" eskd="" svih="" uzroka="" na="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" i="" sybu/kcnv1="" (tabela="" 4,="" slika="">
Analiza asocijacije isključujući nosioce genotipa APOL1 za bubrežni rizik
Sekundarna analiza je urađena isključujući nosioce genotipa APOL1 za bubrežni rizik u slučajevima T2D-ESKD i nedijabetičke kontrole nefropatije (APOL1-negativni model) kako bi se obogatila ESKD povezana s T2D. Osnovni model pokazao je snažnu povezanost APOL1 i MYH9 sa T2D-ESKD (tabela 3, slika 1a) što sugerira da su neki slučajevi možda pogrešno klasifikovani i vjerovatnije da su imali nedijabetički ESKD. Ukupno 664 slučaja T2D-ESKD i 918 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije isključeno je iz faze 1 analize, ostavljajući 2768 slučajeva T2D-ESKD i 6059 kontrola u APOL1-negativnom modelu. Nominalne asocijacije sa T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5="" )="" uočene="" su="" sa="" 522="" varijante="" (od="" njih="" 66="" je="" postiglo="" značaj="" za="" čitav="" genom;="" dodatni="" fajl="" 1:="" tabela="" s2),="" i="" one="" su="" odabrane="" za="" 3.="" fazu="" diskriminacijske="" analize.="" dvjesta="" dvadeset="" i="" tri="" varijante="" koje="" su="" imale="" dokaz="" povezanosti="" s="" t2d="" per="" se="" (dodatni="" fajl="" 1:="" tabela="" s4)="" i="" 24="" varijante="" koje="" pokazuju="" jaku="" heterogenost="" (i2="" veći="" od="" ili="" jednak="" 80)="" u="" meta-analizi="" su="" uklonjene.="" među="" značajnim="" varijantama="" za="" cijeli="" genom="" identificiranim="" u="" osnovnom="" modelu,="" rs142671759="" u="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8="" ,="" or="2.30," eaf="0.024)" pokazao="" je="" dosljedna="" povezanost="" sa="" t2d-eskd="" u="" apol1-negativnom="" modelu.="" dvije="" dodatne="" varijante="" dostigle="" su="" značaj="" za="" cijeli="" genom,="" rs75029938="" u="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9="" ,="" or="1.89," eaf="0.042)" i="" rs17577888="" u="" mgat4c="" regiji="" (p="3.87" ×="" 10−8="" ,="" or="0.67," eaf="0.087)" (tabela="" 5,="" slika="">
Nadalje smo testirali 275 sugestivnih T2D-ESKD asocijacija koje su prošle diskriminaciju i imale I2 < 80="" u="" 1019="" dodatnih="" aa="" nedijabetičkih="" eskd="" slučajeva="" koji="" su="" isključili="" nosioce="" genotipa="" apol1="" s="" rizikom="" od="" bubrega.="" petnaest="" varijanti="" je="" pokazalo="" nominalne="" dokaze="" povezanosti="" sa="" nedijabetičkom="" eskd.="" oni="" su="" naknadno="" testirani="" u="" meta-analizi="" eskd="" za="" sve="" uzroke,="" uključujući="" 3787="" slučajeva="" eskd="" svih="" uzroka="" i="" 6059="" kontrola="" bez="" dijabetičke="" nefropatije="" od="" kojih="" su="" isključeni="" nosioci="" genotipa="" za="" bubrežni="" rizik="" od="" apol1.="" 2-brisanje="" baznog="" para="" u="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8="" ,="" or="1.46," eaf="0.11)," postignuto="" u="" cijelom="" genomu="" značajna="" povezanost="" sa="" eskd="" svih="" uzroka="" (slika="" 3b).="" sedam="" dodatnih="" lokusa="" pokazalo="" je="" nominalnu="" povezanost="" sa="" eskd="" svih="" uzroka="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" uključujući="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/2="" (tabela="" 6).="" najveće="" asocijacije="" iz="" osnovnog="" modela="" imale="" su="" umjerenu="" beznačajnost="" slabljenja,="" uprkos="" sličnim="" veličinama="" efekta,="" dijelom="" zbog="" smanjene="" veličine="" uzorka="" (dodatna="" datoteka="" 1:="" tabela="" s5).="" osim="" toga,="" izveden="" je="" treći="" gwas="" sa="" apol1="" uključenim="" kao="" kovarijanta="" u="" modelu="" (apo="" l1-prilagođeni="" model)="" i="" poređenjem="" -log="" (p)="" vrijednosti="" sa="" osnovnim="" i="" apol1-="" negativnim="" modelima.="" uočena="" je="" visoka="" korelacija="" (koeficijent="" korelacije="" osobe="" r="0.95)" između="" apol1-prilagođenog="" i="" apol1--="" negativnih="" modela.="" rezultati="" sva="" tri="" poređenja="" uključeni="" su="" u="" dopunsku="" dokumentaciju="" (dodatni="" fajl="" 1:="" slika="">
Diskusija
Izvještavamo o rezultatima GWAS visoke gustine koji istražuje genetsku osjetljivost na T2D-ESKD u 15.075 AA. Najveće varijante povezane s T2D-ESKD su naknadno procijenjene na povezanost s nedijabetičkim ESKD, a izvršena je meta-analiza kako bi se testirala njihova generalizacija na uobičajene oblike ESKD. Osam nezavisnih asocijacija u sedam genetskih lokusa pokazalo je značajnu povezanost genoma s T2D-ESKD u osnovnim ili APOL1-negativnim modelima, uključujući RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. Pored APOL1, dva značajna lokusa u cijelom genomu su povezana sa ESKD svih uzroka, EFNB2 i GNG7. Nadalje, 10 genetskih lokusa pokazalo je nominalnu povezanost sa ESKD svih uzroka (P < 5="" ×="" 10−6),="" uključujući="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/lin="">
Najznačajnija povezanost između T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) i ESKD svih uzroka (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) u osnovnom modelu bila je intronička varijanta rs9622363 u APOL1 regiji povezana s nedijabetičarimabubreg bolestkod osoba afričkog porijekla. Uslovljavanje alela APOL1 G1 i G2 dramatično umanjuje njegov značaj [6]. Izvještava se da rs9622363 mijenja motive vezivanja faktora transkripcije (TF) (Dodatna datoteka 1: Tabela S6). U nedavnoj studiji, aleli rs9622363 i APOL1 G1 formirali su haplotip koji je postigao najjaču povezanost s CKD u Nigerijaca [19]. Za razliku od G1 ili G2, glavni alel u rs9622363 (G, EAF=0.57) je povezan sa rizikom od CKD. Nakon isključivanja nosilaca genotipa APOL1 za bubrežni rizik, povezanost sa rs9622363 je oslabljena. Ovo je potvrdilo da aleli rs9622363 i APOL1 G1 i G2 doprinose istom signalu. Identifikacija rs9622363 u osnovnom modelu može sugerirati pogrešnu klasifikaciju nekih slučajeva kao T2D-ESKD.
Intergenska varijanta (rs72858591) locirana između gena proteina GTPaze RND3 i RBM43, koji kodira protein 43 motiva za vezanje RNK, otkrila je značajnu povezanost s T2D-ESKD u cijelom genomu. Povezan je sa promenama motiva vezivanja TF i preklapa se sa regionima promotera i pojačivača (Dodatna datoteka 1: Tabela S6). Nezavisna intergenska varijanta (rs7560163, r2=0.01, YRI) u ovoj regiji je ranije bila povezana sa T2D u AA [20]. Nasuprot tome, rs72858591 nije bio povezan sa T2D (P=0.073) u ovoj studiji. Ovo može sugerirati da dva različita skupa varijacija u ovom lokusu nezavisno doprinose T2D i T2D-ESKD, mogućem pleiotropnom efektu. Dvije nezavisne varijante (rs142563193 i rs142671759) koje su u cijelom genomu bile značajno povezane s T2D-ESKD nalaze se u blizini ENPP7. Ove varijante se preklapaju sa regionima pojačivača i promotera, preosetljivim vrhovima na Dnazu i/ili motivima vezivanja TF (Dodatna datoteka 1: Tabela S6). Protein koji kodira ENPP7 je crijevna alkalna sfingomijelin fosfodiesteraza koja pretvara sfingomijelin u ceramid i fosfoholin. ENPP7 navodno utiče na apsorpciju holesterola [21], a brojne studije ukazuju na to da su nivoi holesterola lipoproteina visoke gustine faktori rizika za KB kod pacijenata sa dijabetesom [22-24].
Dvije varijante locirane u GNG7 bile su povezane ili sa T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8 , osnovni model) ili sa ESKD svih uzroka (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL{14}}negativni model). Rs4807299 je povezan sa promenama motiva vezivanja TF i preklapa se sa regionima promotera i pojačivača (Dodatna datoteka 1: Tabela S6). GNG7 kodira G proteinsku podjedinicu Gama 7, uključenu u funkciju centralnog nervnog sistema [25] i rizik od raka [26, 27].
Budući da Afroamerikanci s dijabetesom i proteinurijom često ne dobiju dijagnostičku biopsiju bubrega, obično se pretpostavlja da je njihov ESKD uzrokovan DKD. Međutim, APOL1-povezan nedijabetičarbubregbolestmože biti pravi uzrok bolesti bubrega kod mnogih takvih pacijenata. Analize koje su isključile nosioce genotipa za bubrežni rizik od APOL1 stvorile su homogeniju grupu slučajeva i pružile priliku da se otkrije genetska arhitektura T2D-ESKD koja je nezavisna od APOL1 efekta. U APOL1-negativnom modelu, pored repliciranja ENPP7 identifikovanog u osnovnom modelu, dva nova lokusa
postigla je značajnu povezanost na nivou genoma sa T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9) i MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8). Funkcionalna napomena sugerira da su obje varijante ko-locirane s motivima vezivanja TF. Rs75029938 može pasti u regione pojačivača i promotera, a rs17577888 je bio povezan sa obiljem transkripta gena FLVCR1 u monocitima periferne krvi (P=6.41 × 10−6; Dodatni fajl 1: Tabela S6). Genetske varijacije u GRAMD3 su povezane sa adipozom u multietničkoj meta-analizi genoma [28]. Prethodne studije sugeriraju da je gojaznost glavni faktor rizika za DKD [29]. MGAT4C kodira manozil (Alpha-1,3-)-glikoprotein beta-1,4-N-acetilglukozaminiltransferazu, izozim C, koji učestvuje u prijenosu N-acetilglukozamina (GlcNAc) do jezgra manozne ostatke N-vezanih glikana. Potencijalna uključenost MGAT4C u DKD zahtijeva dalje proučavanje.
Ova analiza je uključila kohortu AA sa nedijabetičkom ESKD da bi se procenila generalizacija lokusa povezanih sa T2D-ESKD u uobičajenim oblicima CKD. Metaanaliza koja kombinuje slučajeve sa T2D-ESKD i nedijabetičkom ESKD identifikovala je dva nova značajna lokusa za čitav genom povezana sa ESKD svih uzroka pored APOL1; rs77113398 blizu EFNB2 (P=9,84 × 10−9; osnovni model) i rs373971520 u GNG7 (2,17 × 10−8; APOL1-negativni model). Rs77113398 se preklapa sa pojačivačem, regionima promotera i vrhovima Dnaze (Dodatna datoteka 1: Tabela S6). Prethodna skeniranja genoma u AA su identifikovala značajne dokaze o povezanosti sa ESKD na hromozomu 13q33, uključujući EFNB2 region u dijabetičkom ESKD i nedijabetičkom ESKD [30, 31]. Studija praćenja ispitala je 28 varijanti označavanja koje se protežu na 39 kilobaza (kb) kodirajućeg regiona EFNB2 pokazala je nominalnu povezanost između dvije varijante i ESKD svih uzroka [32]. Međutim, ove prijavljene varijante nisu bile u korelaciji sa rs77113398. Efrin-B2 (EFNB2) je izražen u nefronu u razvoju; interakcije između efrina-B2 i njegovih receptora igraju važnu ulogu u glomerularnom mikrovaskularnom sklapanju [33]. Osim toga, efrin-B2 reverzna signalizacija štiti od razrjeđivanja peritubularne kapilare regulacijom angiogeneze i vaskularne stabilnosti tokombubregpovreda[34]. Efrin-B1 se također ko-lokalizuje sa CD2-asociranim proteinom (CD2AP) i nefrinom na dijafragmi proreza podocita i igra važnu ulogu u održavanju funkcije barijere na dijafragmi proreza [35]. Transgenični miševi Ephrin B4 receptor kinaze razvijaju glomerulopatiju, koja se manifestuje spajanjem aferentnih i eferentnih arteriola koje zaobilaze glomerule [36]. Dakle, višestruki dokazi podržavaju potencijalnu povezanost EFNB2 s CKD-om, i to je najperspektivnija uzročna povezanost gena rs77113398.
Ova studija ima prednosti i ograničenja. Iako je višestepeni dizajn studije bio dobro osnažen uključujući 15.075 AA, nedostajala je replikacija T2D-ESKD asocijacija, posebno za rijetke varijante. Nadalje, nekoliko značajnih signala u cijelom genomu pokazalo je značajno različite veličine efekta u različitim fazama, što se vjerovatno može pripisati razlikama u veličini uzorka u različitim fazama, i posljedica "prokletstva pobjednika", fenomena koji opisuje da je prava veličina genetskog efekta precijenjena zbog početni pozitivan nalaz. Potrebna je buduća replikacija da bi se potvrdili ovi nalazi. Postoji nekoliko drugih postojećih kolekcija sa odgovarajućim uzorcima u AA; ovo je ograničilo napore replikacije. Štaviše, teško je isključiti sve osobe koje su pogrešno klasifikovane sa DKD zbog čestog nedostatka biopsija bubrega. Stoga smo pažljivo isključili uzorke sa ESKD koji se pripisuju nedijabetičkoj etiologiji na osnovu kliničkih fenotipova i naknadno isključili nosioce genotipa APOL1 sa rizikom od bubrega i visokim rizikom za nedijabetičku ESKD. Ovo bi trebalo da minimizira pogrešnu klasifikaciju.
Zaključak
Zaključno, GWAS je proveden u AA sa T2D-ESKD i sedam genetskih lokusa pokazalo je značajne dokaze o povezanosti u cijelom genomu, uključujući RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. Osim APOL1, EFNB2 i GNG7 su također bili povezani s nedijabetičkom ESKD i otkrili su značajnu povezanost u cijelom genomu s ESKD svih uzroka. Potrebna su buduća istraživanja uključujući genetsku replikaciju i eksperimentalnu validaciju ovih novoidentifikovanih asocijacija kako bi se procijenili njihovi potencijalni utjecaji na biološke procese koji dovode do uznapredovalog DKD-a u populacijama nedavnog afričkog porijekla.
Metode
Učesnici studije
Učesnike studije angažovao je Medicinska škola Wake Forest (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2 }}), Studija rizika od ateroskleroze u zajednicama (ARIC; N=2221), Razvoj rizika koronarnih arterija kod mladih odraslih (CARDIA; N=912) i Multietnička studija ateroskleroze (MESA; N { {6}}). Analize su odobrili lokalni institucionalni odbori za reviziju, a svi učesnici su dali pismeni informirani pristanak. Smatralo se da slučajevi imaju T2D-ESKD, uključujući tešku DKD, kada je dijabetes dijagnosticiran više od ili jednako 5 godina prije početka ESKD ili sa dijabetičkom retinopatijom kako bi se osiguralo adekvatno trajanje T2D, uz terapiju zamjene bubrega, procijenjenu brzinu glomerularne filtracije ( eGFR) Manji ili jednak 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), ili odnos albumina i kreatinina u urinu (UACR) Veći ili jednak 300 mg/g (makroalbuminurija). Učesnici sa CKD4 ili makroalbuminurijom (N=138) su uključeni kao slučajevi s obzirom na njihov visok rizik od razvoja ESKD. T2D je dijagnosticiran prema kriterijima Američkog udruženja za dijabetes s glukozom u krvi natašte većom ili jednakom od 126 mg/dl, 2-h oralnim testom tolerancije na glukozu glukozom većom ili jednakom 200 mg/dl, nasumičnom glukozom većom od ili jednaka 200 mg/dl, upotreba lijekova za dijabetes ili dijabetes koji je dijagnosticirao liječnik. Slučajevi sa nedijabetičnim ESKD nisu imali dijabetes (ili su imali T2D < 5="" godina)="" na="" početku="" bubrežne="" nadomjesne="" terapije,="" a="" eskd="" je="" pripisan="" hroničnoj="" glomerularnoj="" bolesti="" (npr.="" fokalna="" segmentalna="" glomeruloskleroza),="" nefropatiji="" povezanoj="" s="" hiv-om,="" hipertenziji="" ili="" nepoznatom="" uzrok.="" pacijenti="" sa="" eskd-om="" koji="" se="" pripisuju="" hirurškim="" ili="" urološkim="" uzrocima,="">bolest bubrega, autoimuna bolest, hepatitis, IgA nefropatija, membranski glomerulonefritis, membranoproliferativni glomerulonefritis ili monogenibubregbolestibili isključeni. Kontrole nedijabetičke nefropatije uključivale su učesnike bez dijabetesa ilibubreg bolest(eGFR veći ili jednak 60 ml/min/ 1,73 m2 i UACR < 30="" mg/g).="" subjekti="" sa="" nefropatijom="" bez="" t2d="" imali="" su="" egfr="" veći="" ili="" jednak="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" i="" uacr="">< 30="">
Priprema uzoraka, genotipizacija, imputacija i kontrola kvaliteta
Učesnici studije su genotipizirani u cijelom genomu korištenjem tri različite platforme: (1) 8704 uzorka regrutovana iz WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA i FIND su genotipizirana na Affymetrix polimorfizmu jednog nukleotida za cijeli genom čovjeka (SNP) niz 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 uzorka regrutovanih iz WFSM-a su genotipizirana na Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); i (3) 3238 uzoraka regrutovanih iz WFSM je genotipizirano na Illumina multi-etničkom genotipskom nizu (MEGA). Kontrola kvaliteta i imputacija izvršeni su odvojeno za svaku platformu za genotipizaciju kao što je opisano u nastavku.
Varijante koje su prošle kontrolu kvaliteta (QC) imputirane su kombinovanom referentnom panelu haplotipa uključujući kosmopolitski referentni panel 1000 genoma faze 3 (verzija iz oktobra 2014.) [37] i verziju referentnog panela Afričkog projekta varijacije genoma (AGVP) uključujući 640 Haplotipovi afričkog porijekla koje je ljubazno dostavilo Afričko partnerstvo zaIstraživanje hroničnih bolestii Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Predfaziranje je izvedeno pomoću SHAPEIT2 [39], a imputacija je izvedena pomoću IMPUTE2 [40]. Postimputacijski QC je sproveden da bi se isključile varijante sa neusklađenošću alela ili sa velikim odstupanjem frekvencije (veće ili jednako 0.2) sa referentnim panelom (0.2 × frekvencija u EUR plus {{ 13}}.8 × učestalost u AFR) i rezultat informacija o imputaciji < 0,4.="" podskup="" uzoraka="" je="" direktno="" genotipiziran="" za="" apol1="" g1="" i="" g2="" varijante="" koristeći="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" podudarnost="" je="" bila="" 95="" posto="" sa="" imputiranim="">
Affy6.0 skupovi podataka
Kao što je prethodno opisano [41], 1513 slučajeva T2D-ESKD, 5299 nedijabetičkih nefropatija i 1892 T2D ne-nefropatije kontrole iz WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA i MESA kohorti su genotipizirane pomoću Affy6.{{ 11}} (Tabela 1). U svakoj studiji, standardne mjere kontrole kvalitete su primijenjene kako bi se isključile varijante sa stopom poziva < 95="" posto,="" frekvencijom="" manjih="" alela="" (maf)="">< 0.01,="" ili="" pokazujući="" odstupanje="" od="" hardy-weinbergove="" ravnoteže="" (hwe)="" (p="">< 0,0001).="" qc="" uzorka="" je="" obavljen="" kako="" bi="" se="" isključili="" subjekti="" sa="" stopom="" poziva="">< 95="" posto,="" kontaminacijom="" dnk,="" duplikatima="" ili="" populacijskim="" odstupnicima.="" s="" obzirom="" da="" cardia,="" jhs="" i="" mesa="" nisu="" imali="" slučajeve="" sa="" t2d-eskd,="" uzorci="" iz="" ovih="" studija="" su="" kombinovani="" za="" imputaciju="" i="" analizu="" asocijacija="" zajedno="" sa="" wfsm,="" find="" i="">
Skup podataka aksioma
Na WFSM, 1700 AA slučajeva sa T2D-ESKD, 770 AA kontrola bez dijabetesa ili nefropatije i 663 AA kontrole sa T2D kojima je nedostajala nefropatija su genotipizirani na prilagođenom nizu genotipizacije Axiom (Tabela 2). Detaljne informacije o varijantama, prilagođeni dizajn sadržaja, uključujući fino mapiranje regiona kandidata, metode genotipizacije i QC su ranije izvještavani [42]. Ukratko, ovaj niz je uključivao približno 264.000 varijanti kodiranja i umetanja/brisanja (indels), 70.000 varijanti gubitka funkcije, 2.000 farmakogenomskih varijanti, 23.000 eQTL markera, 246.000 multietničke populacije baziranih na genomskim oznakama od 5K i 11 markeri sadržaja. Isključene su varijante sa stopom poziva < 95="" posto,="" odstupanjem="" od="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" i="" monomorfnim="" varijantama.="" ukupno="" 724.530="" varijanti="" uspješno="" je="" pozvano="" na="" nizvodni="" qc,="" imputaciju="" i="" analize.="" uzorak="" qc="" je="" obavljen="" kako="" bi="" se="" isključile="" osobe="" s="" niskim="" stopama="" poziva="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA set podataka
Na WFSM, 1910 nedijabetički ESKD slučaj, 219 T2D ESKD slučaj, 201 kontrola sa T2D bez nefropatije i 908 nedijabetičkih ne-nefropatija kontrola su genotipizirani na MEGA nizu (tabela 2). Ovaj niz je dizajniran da poboljša fino mapiranje i funkcionalno otkrivanje povećanjem pokrivenosti varijanti među više etničkih grupa. Niz uključuje (1) osnovni sadržaj koji sadrži visoko informativne varijante za GWAS i exome analize u populacijama različitih predaka i (2) prilagođeni sadržaj koji se koristi za repliciranje ili generalizaciju indeksnih GWAS asocijacija, povećanje varijanti GWAS označavanja u prioritetnim regijama, poboljšanje exome sadržaja u prioritetnim regijama , fino mapirati GWAS lokuse, identificirati funkcionalne regulatorne varijante, istražiti medicinski važne varijante i identificirati nove varijante lokusa u putevima kandidata [43]. Genotipizacija je obavljena na WFSM. DNK iz slučajeva i kontrola je podjednako isprepleten na 96-pločama za jažice kako bi se minimizirale artefaktičke greške tokom obrade uzorka. Ukupno 48 uzoraka sekvenciranih kao dio projekta 1000 genoma [44] na Institutu za medicinska istraživanja Coriell uključeno je u genotipizaciju i imalo je stopu podudarnosti od 98,57 posto. Pozivanje genotipa je obavljeno pomoću Genome Studio-a (Illumina, Kalifornija, SAD). Uklonjene su varijante sa nedostajućom pozicijom, nedostajućim alelom, neusklađenošću alela, stopom poziva < 95="" procenata,="" odstupanjem="" od="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" razlikom="" u="" frekvenciji=""> 0,2 u poređenju sa referentnim panelom 1000 Genome Project faze 3 i monomorfne varijante. Upoređeno je više skupova sondi, a zadržan je samo onaj sa najvećom stopom poziva. Ukupno 1.705.970 varijanti uspješno je pozvano na nizvodni QC, imputaciju i analize. Uzorak QC je obavljen kako bi se isključile osobe s niskom stopom poziva (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistička analiza
Faza otkrića
Koristili smo dizajn studije u više faza kako bismo identificirali varijante povezane s T2D-ESKD i njihovu potencijalnu ulogu u ESKD svih uzroka. U fazi otkrivanja, uključeno je 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 kontrola nedijabetičke nefropatije iz sva tri skupa podataka (slika 1). Analiza asocijacije izvršena je za svaki skup podataka korištenjem logističke metode mješovitog modela implementirane u programu GMMAT [45] pod aditivnim genetskim modelom. Ova metoda kontrolira strukturu populacije i kriptičnu srodnost uključivanjem matrice genetskih odnosa (GRM) procijenjene iz skupa visokokvalitetnih autosomnih varijanti kao slučajnog efekta. Analiza glavnih komponenti izvršena je pomoću EIGENSOFT-a [46] za svaku platformu za genotipizaciju. Prvi svojstveni vektor (PC1) zajedno sa godinama i spolom korišten je kao kovarijate. Meta-analiza je izvršena u tri skupa podataka korištenjem metode ponderiranja inverzne varijance s fiksnim efektom implementirane u METAL [47]. Sugestivne asocijacije za T2D-ESKD sa P < 1="" ×="" 10-5,="" manjim="" brojem="" alela="" (mac)=""> 400 i heterogenošću I2 < 80="" odabrane="" su="" za="" analizu="">
Faza diskriminacije
Da bi se utvrdilo jesu li navodni lokusi povezani s T2D-ESKD u fazi otkrića vođeni povezanosti s T2D per se, meta-analiza je kombinirala 2756 AA s nefropatijom bez T2D i 6977 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije iz tri skupa podataka (Affy6 .0, Axiom i MEGA) (faza 3, sl. 1). Varijante koje pokazuju nominalnu povezanost (P < 0.05)="" sa="" t2d="" su="" isključene="" kako="" bi="" se="" uklonile="" varijante="" povezane="" s="">
Ekstenzivna analiza nedijabetičke ESKD i meta-analiza ESKD svih uzroka
Genetske varijante koje pokazuju sugestivnu povezanost s T2D-ESKD (P < 1 × 10-5), ali nisu povezane s T2D, ispitane su u kohorti ESKD bez dijabetesa, uključujući 1910 nedijabetičkih slučajeva ESKD i 908 nedijabetičkih ne-nefropatijskih kontrola iz WFSM-MEGA skup podataka za povezanost s nedijabetičkom etiologijombolest bubrega(faza 4). Varijante koje pokazuju nominalnu povezanost (P < 0.05)="" su="" testirane="" u="" meta-analizi="" eskd="" svih="" uzroka="" koristeći="" sve="" t2d-eskd,="" nedijabetičke="" eskd="" i="" kontrole="" iz="" tri="" skupa="" podataka="" (="" n="12,319," affy6.0,="" aksiom,="" mega)="" (sl.="" 1).="" ova="" meta-analiza="" procijenila="" je="" da="" li="" asocijacije="" t2d-eskd="" doprinose="" riziku="" od="" eskd="" svih="" uzroka.="" također="" smo="" potražili="" naše="" najpopularnije="" varijante="" povezane="" s="" bubrežnom="" bolešću="" za="" navodnu="" povezanost="" sa="" t2d="" kod="" aa="" iz="" media="" konzorcijuma="" (n="15," 043="" slučaja="" i="" 22="" 318="" kontrola);="" snp-ovi="" sa="" p="">< 0,05="" nakon="" višestrukih="" korekcija="" poređenja="" su="">
Isključenje nosilaca rizičnih genotipa APOL1
Alel APOL1 G1 i G2 doprinose riziku zanedijabetička bolest bubrega[6, 48]. Da bi se minimizirala pogrešna klasifikacija T2D-ESKD, izvršena je druga analiza isključujući nosioce APOL1 sa dvije varijante rizika za bubreg i one s nedostajućim genotipovima APOL1 iz slučajeva T2D ESKD i kontrola nedijabetičke nefropatije (APOL1-negativni model ). Ova analiza je smanjila heterogenost populacije uprkos smanjenju veličine uzorka i manjoj statističkoj moći. Konkretno, 308 T2D-ESKD slučajeva i 630 kontrola iz Affy6.0 skupova podataka, 323 T2D-ESKD slučaja i 113 kontrola iz Axiom skupa podataka i 33 T2D-ESKD slučaja i 175 kontrola iz MEGA skupa podataka su uklonjeni. Osim toga, uklonili smo 891 od 1910 ESKD slučajeva svih uzroka. Ova analiza može razotkriti efekte drugih nedijabetičkih ESKD lokusa izvan APOL1. Pojedinci su smatrani nosiocima varijante APOL1 bubrežnog rizika ako su nosili dva G1 alela (rs60910145 G alel, rs73885319 G alel), dva G2 alela (rs143830837, 6 parova baza u okviru delecije) ili su bili jedan složeni heterozigo i jedan G1 G2 alel) [6].
Funkcionalna karakterizacija
Proksiji značajnih varijanti povezanih s T2D-ESKD u cijelom genomu (r2 veće od ili jednako 0.7 u 1000 Genomes AFR populaciji) iz osnovne linije i APOL1-negativnih modela odabrane su korištenjem LDlink [49 ]. Vodeće varijante i zamjenici su zatim upitani za funkcionalne napomene iz HaploReg-a [50], koje su uključivale stanje hromatina i napomene o vezivanju proteina iz Roadmap Epigenomics [51] i ENCODE projekata [52], očuvanje sekvence kod sisara, učinak varijanti na regulatorne motivi i ekspresija gena iz QTL studija.
Cistanche deserticola sprječava bolest bubrega, kliknite ovdje za uzorak
Reference
1. Sistem podataka o bubrezima Sjedinjenih Država. Godišnji izvještaj USRDS za 2016.: Epidemiologija bolesti bubrega u Sjedinjenim Državama. Nacionalni institut za zdravlje, Nacionalni institut za dijabetes i bolesti probave i bubrega, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Vremenski trendovi u prevalenciji dijabetesne bolesti bubrega u Sjedinjenim Državama. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Sprej BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Porodični rizik, dob na početku i uzrok završnog stadijuma bubrežne bolesti kod bijelih Amerikanaca. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Porodična predispozicija za nefropatiju kod Afroamerikanaca s dijabetesom melitusom koji nije zavisan od inzulina. Am J Kidney Dis. 1995; 25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Missense mutacije u APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Povezanost tripanolitičkih varijanti ApoL1 s bolešću bubrega kod Afroamerikanaca. Nauka. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. APOL1 genetske varijante kod fokalne segmentne glomeruloskleroze i nefropatije povezane s HIV-om. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Više novih lokusa povezanih s funkcijom bubrega i kroničnom bubrežnom bolešću: konzorcij CKDGen. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Povezivanje na nivou genoma i funkcionalno praćenje otkrivaju nove lokuse za funkciju bubrega. PLoS Genet; 8. Epub prije štampanja u martu 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetske asocijacije na 53 lokusa ističu tipove ćelija i biološke puteve relevantne za funkciju bubrega. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Korištenje više mjera za kvantitativne analize asocijacija osobina: primjena na procijenjenu brzinu glomerularne filtracije (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Potraga u cijelom genomu za genom osjetljivosti na dijabetičku nefropatiju pomoću SNP-a zasnovanog na genu. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Asocijacijsko skeniranje na nivou genoma za gene osjetljivosti na dijabetičku nefropatiju kod dijabetesa tipa 1. Dijabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. Studija povezanosti genoma za gene dijabetičke nefropatije kod Afroamerikanaca. Kidney Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Novi lokusi osjetljivosti povezani s bolešću bubrega kod dijabetesa tipa 1. PLoS Genet. 8. Epub prije štampanja u septembru 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Genetski pejzaž bubrežnih komplikacija kod dijabetesa tipa 1. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Genomska povezanost i trans-etnička meta-analiza za uznapredovalu dijabetesnu bolest bubrega: Porodično istraživanje nefropatije i dijabetesa (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Trans-etničko fino mapiranje ističe gene za funkciju bubrega povezane s osjetljivošću na sol. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Genetska varijacija gena APOL1 i MYH9 povezana je s kroničnom bubrežnom bolešću među Nigerijcima. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Potraga za genomom za dijabetes tipa 2 u cijelom genomu kod Afroamerikanaca. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Alkalna sfingomijelinaza (NPP7) podstiče apsorpciju holesterola utičući na nivoe sfingomijelina u crevima: studija sa NPP7 nokaut miševima. Am J Physiol Gastrointest Fiziol jetre. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Lipoproteinski holesterol visoke gustine i rizik od nefropatije kod pacijenata sa dijabetesom tipa 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Utjecaj kolesterola lipoproteina visoke gustine na odnos serumskog željeza i hemoglobina s funkcijom bubrega kod dijabetesa. J Diabetes Complicat Epub prije štampanja 29. marta 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Varijabilnost HbA1c, krvnog tlaka, lipidnih parametara i serumske mokraćne kiseline i rizik od razvoja kronične bolesti bubrega kod dijabetesa tipa 2. Diabetes Obes Metab Epub pre štampanja 21. aprila 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Gubitak G proteina gama 7 mijenja ponašanje i smanjuje striatalni alfa(olf) nivo i proizvodnju cAMP-a. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinički značaj smanjene ekspresije G proteina gama 7 (GNG7) u karcinomu jednjaka. Br J Rak. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identifikacija proteina koji vezuje nukleotide gvanina -7 kao epigenetski utišanog gena kod raka glave i vrata profilisanjem ekspresije gena. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. Meta-analiza ektopičnih masnih depoa u okviru multietničkog genoma identificira lokuse povezane s razvojem i diferencijacijom adipocita. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prediktori procijenjenog pada GFR kod pacijenata sa dijabetesom tipa 2 i očuvanom funkcijom bubrega. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. Skeniranje genoma za dijabetičku nefropatiju kod Afroamerikanaca. Kidney Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. Skeniranje genoma za sve uzroke završnog stadijuma bubrežne bolesti kod Afroamerikanaca. Transplantacija Nephrol Dial. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Analiza asocijacije gena za efrin-B2 kod Afroamerikanaca sa završnom stadijumom bubrežne bolesti. Am J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Temporalno podijeljena ekspresija efrina-B2 tokom razvoja bubrežnih glomerula. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. EphrinB2 reverzna signalizacija štiti od razrjeđivanja kapilara i fibroze nakon ozljede bubrega. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Efrin-B1 se lokalizira na prorezu dijafragme glomerularnog podocita. Kidney Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Đonov V, et al. EphB4 receptor tirozin kinaza transgenih miševa razvijaju glomerulopatije koje podsjećaju na glomerularne vaskularne šantove. Mech Dev. 2003;120:511–6.
37. 1000 Genomes Project Consortium. Globalna referenca za ljudske genetske varijacije. Priroda. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Projekat varijacije afričkog genoma oblikuje medicinsku genetiku u Africi. Priroda. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Metoda linearne složenosti faza za hiljade genoma. Nat Methods. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. Nova metoda sa više tačaka za studije asocijacija na nivou genoma imputacijom genotipova. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Prenosivost i fino mapiranje lokusa dijabetesa tipa 2 u Afroamerikanaca: Studija o resursima udruženja kandidata za gene. Dijabetes. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Povezanost varijanti gena povezanih sa strukturom bubrega sa završnom stadijumom bolesti bubrega kod Afroamerikanaca koji se pripisuje dijabetesu tipa 2. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategije za obogaćivanje pokrivenosti varijantama u kandidatskim lokusima bolesti na multietničkom nizu genotipizacije. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. 1000 Genomes Project Consortium. Mapa varijacija ljudskog genoma od sekvenciranja na populacijskom nivou. Priroda. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. kontrola strukture populacije i srodnosti za binarne osobine u studijama genetskih asocijacija putem logističkih mješovitih modela. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Struktura stanovništva i Eigenanalysis. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: brza i efikasna meta-analiza skeniranja genomskih asocijacija. Bioinformatika. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Diferencijalni efekti varijanti rizika MYH9 i APOL1 na povezanost FRMD3 s dijabetičkim ESRD-om kod Afroamerikanaca. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: web-bazirana aplikacija za istraživanje strukture haplotipa specifične za populaciju i povezivanje koreliranih alela mogućih funkcionalnih varijanti. Bioinformatika. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: izvor za istraživanje stanja kromatina, očuvanja i regulatornih promjena motiva unutar skupova genetski povezanih varijanti. Nukleinske kiseline Res. 2012;40:D930–4.
51. Putokaz Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. integrativna analiza 111 referentnih ljudskih epigenoma. Priroda. 2015;518:317–30.
52. Projektni konzorcij ENCODE. Integrirana enciklopedija DNK elemenata u ljudskom genomu. Priroda. 2012;489:57–74.
