APOBEC3-posredovana mutageneza kod raka: uzroci, klinički značaj i terapijski potencijal

Abstract

Enzim za uređivanje mRNA apolipoproteina B, katalitički polipeptidi (APOBEC) su citozin deaminaze uključene u urođeni i adaptivni imunitet. Međutim, neki članovi porodice APOBEC također mogu deaminirati genome domaćina kako bi stvorili onkogene mutacije. Rezultirajuće mutacije, prvenstveno potpisi 2 i 13, javljaju se u mnogim tipovima tumora i među najčešćim su mutacijskim potpisima kod raka. Ovaj pregled rezimira trenutne dokaze koji impliciraju APOBEC3 kao glavne mutatore i opisuje egzogene i endogene pokretače ekspresije APOBEC3 i mutacijske aktivnosti. Pregled također govori o tome kako APOBEC3-posredovana mutageneza utječe na evoluciju tumora i mutagenim i ne-mutagenim putevima, uključujući indukciju pokretačkih mutacija i moduliranje imunološkog mikrookruženja tumora. Prelazeći od molekularne biologije do kliničkih ishoda, pregled se zaključuje sumirajući divergentni prognostički značaj APOBEC3 za različite tipove raka i njihov terapeutski potencijal u sadašnjem i budućem kliničkom okruženju.

Ključne riječi APOBEC, rak, somatske mutacije, genetika zametne linije, tumorsko mikrookruženje, biomarkeri, imunoterapija

Kineska biljka cistanche biljka-antitumor

Pozadina

polipeptidi (APOBEC) su klasa citozin deaminaza sa jedanaest primarnih članova porodice: APOBEC1, deaminaza izazvana aktivacijom (AID), APOBEC2, APOBEC3 (A–H) i APOBEC4. Alternativno spajanje APOBEC3B, APOBEC3H i APOBEC3F dodatno diverzificira APOBEC superfamiliju [1–4]. Dok svi članovi porodice APOBEC dijele očuvanu katalitičku domenu, oni imaju različite funkcije, mutacijske supstrate i obrasce ekspresije tkiva [5]. AID se, na primjer, eksprimira u aktiviranim B ćelijama i olakšava diverzifikaciju antitijela deaminiranjem imunoglobulinskih gena [6]. Nasuprot tome, APOBEC1 se eksprimira u tankom crijevu i uređuje mRNA kako bi omogućio tkivno specifičnu ekspresiju skraćenog, ali funkcionalno važnog gastrointestinalnog proteina [7-9]. APOBEC3 su mnogo šire izraženi u ljudskim tkivima i deaminiraju – i time oštećuju – virusne genome kao dio urođenog imunološkog odgovora [10]. Iako APOBEC3 štite stanice od virusne infekcije, oni također čine DNK domaćina osjetljivom na mutacije. APOBEC3-posredovana mutageneza počinje deaminacijom citozina, a svi APOBEC3 mogu deaminirati jednolančanu DNK (ssDNA) s različitim nivoima enzimske aktivnosti [11–13]. ssDNA supstrati za APOBEC3 mogu se privremeno pojaviti u dvolančanom genomu tokom normalnih ćelijskih procesa kao što su replikacija DNK, transkripcija i genomska popravka. Na primjer, i APOBEC3A i APOBEC3B mogu deaminirati šablone lanca koji zaostaju tokom replikacije DNK [14-16]. APOBEC3A također može djelovati na ukosnice koje se formiraju tokom replikacije DNK, dok APOBEC3B prvenstveno deaminira R petlje tokom transkripcije [17, 18]. APOBEC3G može slično djelovati na ssDNK tokom transkripcije, posebno unutar 5′ UTR [15]. Dodatno, pokazalo se da APOBEC3G deaminira nesavijenu i labavo presavijenu ssDNK (slika 1) [19].

Slika 1 Mehanizmi i preferirani supstrati za APOBEC3-posredovanu mutagenezu. Gornji panel: APOBEC3 deaminiraju ssDNK, ostavljajući uracil u DNK šablonu. Pogrešni putevi replikacije i popravke tada mogu generirati mutacijske potpise 2 i 13. Popravak polimerazom translesion synthesis (TLS) REVI generiše C-to-G mutaciju (potpis 13), dok popravak pomoću drugih enzima kao što su DNK polimeraza δ, DNK polimeraza ε, a TLS polimeraza κ generiše C-to-T mutaciju (potpis 2) [20]. Donji panel: Glavni mutatori među superporodicom APOBEC3 imaju različite preferencije supstrata definisane uglavnom trinukleotidnim kontekstom i sekundarnom strukturom ssDNK.

Unutar ssDNK, različiti APOEBC3 deaminiraju citozine u različitim trinukleotidnim kontekstima. Na primjer, APOBEC3A i APOBEC3B—koji su glavni mutatori—deaminiraju tiamin koji prethodi citozinskim (TpC) motivima; APOBEC3A prvenstveno djeluje na TpC motive nakon pirimidina, dok APOBEC3B ima tendenciju da deaminira TpC motive nakon purina [20-23]. Nakon deaminacije, različiti ćelijski procesi mogu stvoriti C-toT i C-to-G mutacije, koje su definirane kao potpisi 2 i 13 u COSMIC-u, respektivno [24-26]. Bivši prijelaz C-to-T je češći i proizlazi iz aberantne replikacije DNK šablona koji sadrže uracil, dok se obje zamjene mogu dogoditi pogrešnim popravkom abazičnih mjesta nastalih aktivnošću uracil glikozilaze (slika 1) [20, 27–29 ]. Pored ovih konvencionalno definisanih APOBEC3-indukovanih mutacionih potpisa, APOBEC3G može izazvati C-to-T prelaze na TCC, GCC, CCC, CCT i GCG motivima (slika 1) [30]. APOBEC3-indukovane mutacije su sveprisutne kod karcinoma i mogu se pojaviti raspršene po genomu ili u klasterima. Preko 75% kataegisa u tumorskim genomima pripisano je aktivnosti APOBEC3, u poređenju sa 15% više difuznih hipermutacija omikli [31, 32]. Sveukupno, APOBEC{33}}indukovane mutacije mogu činiti do 68% opterećenja tumorskim mutacijama i nalaze se u više od polovine svih tumora; Češći su samo potpisi vezani za dob [26, 27, 33]. Mnoge od ovih APOBEC3-indukovanih promjena su vrlo rekurentne pokretačke mutacije koje utječu na onkogene i tumor supresore, a APOBEC3 također mogu utjecati na tok bolesti putem ne-mutagenih puteva kao što je imunološka modulacija u mikrookruženju tumora.

Tabela 1 Prekomjerna ekspresija i korelacija APOBEC3 s opterećenjem mutacija kod karcinoma

APOBEC3 mogu promovirati imunološki aktivirane ili imunosuprimirane fenotipove, što može djelomično objasniti njihov različit prognostički značaj za različite tipove raka. Na osnovu kliničkih asocijacija i pretkliničkih studija, APOBEC3 bi se mogli koristiti kao biomarkeri i ciljani za terapije. Uzroci i kliničke implikacije mutageneze posredovane APOBEC3- su stoga važna područja istraživanja i fokus ovog pregleda.

Ekspresija APOBEC3 kod karcinoma

APOBEC3 se eksprimiraju na niskim razinama u mnogim zdravim tkivima, ali su često pretjerano izraženi u tumorima. Većina studija koristila je profiliranje zasnovano na RNK za otkrivanje ekspresije APOBEC3, a analize zasnovane na proteinima su bile ograničenije (Tabela 1). APOBEC3B je generalno izražen na višim nivoima od ostalih članova porodice APOBEC3, a analizom višestrukih karcinoma otkriveno je obogaćivanje APOBEC3B u osam tipova tumora: bešike, dojke, glave i vrata, adenokarcinom pluća, karcinom skvamoznih ćelija pluća, prostata, bistri bubrezi, i materice [34]. Visoka ekspresija APOBEC3B također je uočena kod raka grlića materice i kože, iako zdravo tkivo nije bilo dostupno za poređenje [34]. Slično, visoki nivoi APOBEC3B su prijavljeni u mokraćnoj bešici, žučnim kanalima, plućima, želucu, jednjaku, neuroendokrinim tumorima i tumorima jajnika [35–43]. Ekspresija drugih APOBEC3 takođe može biti disregulisana kod raka. APOBEC3G, na primjer, pronađen je u visokim razinama u tumorima debelog crijeva i pankreasa [49, 50]. Kod raka dojke, studije su otkrile obogaćivanje APOBEC3A, APOBEC3B i APOBEC3H [27, 48]. Visoka ekspresija APOBEC3 također je uočena kod višestrukih hematoloških karcinoma. Na primjer, obogaćivanje APOBEC3A zabilježeno je kod leukemije, a i APOBEC3B i APOBEC3C su nađeni na povišenim razinama u primarnom efuzionom limfomu [45, 52].

Prednosti cistanche tubulosa-Antitumor

APOBEC3A i APOBEC3B kao glavni mutatori

Prekomjerna ekspresija APOBEC3 vjerovatno promoviše mutagenezu, jer su višestruke studije identifikovale korelacije između ekspresije APOBEC3 i opterećenja mutacije specifičnog za potpis (Tabela 1). U kombinovanoj analizi više tipova tumora, ekspresija APOBEC3B je bila snažno povezana sa većim opterećenjem mutacija izazvanim APOBEC3-; APOBEC3A, APOBEC3F i APOBEC3G su pokazali slične, ali slabije korelacije [27]. Visoka ekspresija APOBEC3B je takođe povezana sa više APOBEC3- indukovanih mutacija u karcinomu pluća, dok su i nivoi APOBEC3A i APOBEC3B bili u korelaciji sa APOBEC3- indukovanim mutacijama kod raka dojke [22, 47, 53, 54]. Slične asocijacije su uočene kod raka mokraćne bešike, koji ima jedan od najvećih APOBEC3-indukovanih mutacija [1, 27, 34, 46]. Kod holangiokarcinoma, samo ekspresija APOBEC3A bila je povezana sa APOBEC3-indukovanim mutacijskim opterećenjem [43]. Ove korelacije sugeriraju da APOBEC3A i APOBEC3B doprinose mutagenezi, ali relativni značaj ovih članova porodice ostaje kontroverzan [47, 58]. Često se pretpostavlja da je APOBEC3B glavni mutator s obzirom na njegovu veću ekspresiju u mnogim tumorima [22, 26, 34–36, 45, 48, 59]. Međutim, APOBEC3A ima veću enzimsku aktivnost, što mu može omogućiti da generiše više mutacija uprkos generalno nižoj ekspresiji tkiva [47, 60]. U skladu s tim, poređenje APOBEC3 knockout ćelijskih linija pokazalo je da nedostatak APOBEC3A ima najveći učinak na mutagenezu [58]. Ovaj rezultat potvrđuje ranije nalaze kod kvasca, koji su prvi razlikovali mutacije izazvane APOBEC3A i APOBEC3B i otkrili da su prve zastupljenije u tumorskim genomima [23]. Daljnje impliciranje APOBEC3A kao dominantnog mutatora, delecija zametne linije APOBEC3B koja generiše himeru APOBEC3A kodirajućeg regiona fuzionisanu sa 5′ UTR APOBEC3B je povezana sa više mutacija izazvanih APOBEC-om kod nekih karcinoma [61–64]. Ostali članovi porodice APOBEC3 vjerovatno indukuju mutacije, pošto je in vitro analiza otkrivena da je nastavilo – iako značajno smanjeno – sticanje potpisa 2 i 13 uprkos nokautiranju i APOBEC3A i APOBEC3B [58]. APOBEC3H može doprinijeti ovoj rezidualnoj mutagenezi, posebno kod karcinoma s APOBEC3H haplotipom I, koji ima jaku enzimsku aktivnost i povećanu nuklearnu lokalizaciju [65]. APOBEC3G bi također mogao biti mutagen budući da je njegova ekspresija povezana s posebnim mutacijskim potpisom [30]. Višestruki APOBEC3 mogu stoga inducirati mutacije u karcinomu, pri čemu najznačajniji mutatori potencijalno variraju među tumorima.

Egzogeni i endogeni pokretači mutageneze posredovane APOBEC3

Virusna infekcija

APOBEC3 su geni stimulirani interferonom inducirani širokim spektrom virusa, uključujući poliomaviruse, parvoviruse, herpesviruse i viruse hepatitisa B [66]. Mnogi karcinomi povezani s virusom stoga imaju veliki broj mutacijskih potpisa 2 i 13. Rak grlića materice, na primjer, je uzrokovan humanim papiloma virusom (HPV) u preko 95% slučajeva i ima obilje APOBEC3-indukovanih mutacija [67 , 68]. Mutacije izazvane APOBEC-om su također česte u karcinomu skvamoznih stanica glave i vrata (HNSCC), sa jakom korelacijom između HPV pozitivnosti i potpisa mutacije 2 i 13 [69]. Virusna infekcija također može doprinijeti APOBEC3-posredovanoj mutagenezi kod nekih karcinoma koji se tradicionalno ne shvataju kao povezani s virusom. Prema hipotezi „hit and run“, virusna infekcija može pokrenuti aktivnost APOBEC3 u ranoj fazi tumorigeneze, ali se uklanja prije otkrivanja tumora [70]. Ova pretpostavka bi mogla biti relevantna za neke slučajeve raka mokraćne bešike, budući da je istorija urina pozitivnog na BK poliomavirus (BKPyV) povezana sa povećanim rizikom od raka mokraćne bešike [71]. Pokazalo se da infekcija BKPyV indukuje ekspresiju APOBEC3 i aktivnost deaminacije u in vitro modelu normalnog ljudskog urotela [72]. Potencijalni rizik od karcinogeneze mokraćne bešike izazvane BKPyV može biti posebno visok kod imunokompromitovanih populacija, posebno kod primalaca transplantiranih organa. U skladu s tim, BKPyV viremija ili druge komplikacije povezane s poliomavirusom su povezane sa četiri puta većim rizikom od raka mokraćne bešike nakon transplantacije bubrega [73–77].

Duboko sekvencioniranje genoma tumora mokraćne bešike kod primalaca transplantiranih organa takođe je otkrilo integraciju BKPyV [78–80]. Dok određene virusne infekcije mogu doprinijeti APOBEC3-posredovanoj mutagenezi kod nekih tradicionalno nevirusnih karcinoma, dodatni faktori su vjerovatno važni s obzirom na kontinuirano sticanje APOBEC3-indukovanih mutacija kasno u evoluciji tumora i vjerovatno nakon uklanjanja infekcije [22, 56, 81, 82]. Takvi nevirusni faktori također mogu objasniti prevalenciju APOBEC3-indukovanih mutacija kod karcinoma za koje je virusna etiologija hit-and-run manje vjerojatna.

cistanche koristi za muškarce - jača imuni sistem

Kliknite ovdje za pregled proizvoda Cistanche Enhance Immunity

【Zatražite više】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Upala

Bezbroj faktora može izazvati upalu, što može povećati ekspresiju APOBEC3 putem NF-κB signalizacije – glavnog inflamatornog puta. U prilog ovoj hipotezi, tri mjesta vezivanja NF-κB otkrivena su u promotoru APOBEC3B, a heterodimeri p65/p50 i p65/c-Rel — koji su dio kanonskog NF-κB puta — pokazali su se važnim za transkripciju APOBEC3B [83] . Nekanonska NF-κB signalizacija takođe može regulisati ekspresiju APOBEC3, pošto APOBEC3B promotor sadrži RelB vezujuće mesto. Višestruki poznati induktori APOBEC3 kao što su LPS i IL-4 su takođe moćni NF-κB aktivatori, što dalje implicira da je NF-κB transkripcijski pokretač APOBEC3 tokom upale [84]. NF-κB signalizacija također može povećati ekspresiju APOBEC3 indirektno putem transkripcije proinflamatornih medijatora. Na primjer, pokazalo se da ciljni gen NF-κB IL-6 indukuje ekspresiju APOBEC3B u hepatocelularnom karcinomu putem JAK/STAT signalizacije [85, 86]. Slično, utvrđeno je da TNF- promovira ekspresiju APOBEC3A u keratinocitima [87, 88]. Potvrđujući ove nalaze, studija holangiokarcinoma i raka žučne kese otkrila je povećanje regulacije i APOEBC3A i APOBEC3B sa izloženošću IL-6 i TNF-om [43]. Dodatno, IFN- je impliciran kao pokretač ekspresije APOBEC3B kod tumora mokraćne bešike i adenokarcinoma pluća [46, 89]. NF-κB signalizacija—sa sposobnošću da djeluje i direktno kroz APOBEC3 transkripciju i indirektno kroz druge inflamatorne medijatore—je stoga vjerojatni pokretač APOBEC3-posredovane mutageneze kod raka (slika 2). Ova APOBEC3-indukujuća uloga NF-κB može biti posebno važna kod imunološki "vrućih" tumora sa visoko zapaljenim mikrookruženjem.

Izloženost lijekovima i stres replikacije

Izloženost određenim lijekovima također može izazvati APOBEC3-posredovanu mutagenezu, a pokazalo se da kemoterapije kao što su bleomicin, cisplatin, etopozid, 5-fluorouracil, gemcitabin, hidroksiurea, afidikolin, kamptotecin indukuju ekspresiju AP OBEC3 ćelijske linije [1, 61, 90, 91]. NF-κB signalizacija vjerovatno posreduje indukciju APOBEC3 kao odgovor na neke od ovih lijekova, ali stres replikacije i PI3K signalizacija također mogu igrati glavnu ulogu (slika 2) [1, 90, 92, 93]. Pored povećanja ekspresije APOBEC3, genotoksični lijekovi mogu dodatno potaknuti APOBEC3-posredovanu mutagenezu indukcijom genomskog oštećenja i na taj način generirajući ssDNK supstrate (slika 3). Čak i u odsustvu genotoksičnih lijekova, ćelije raka mogu doživjeti APOBEC{18}}replikacijski stres zbog akumuliranog oštećenja DNK i specifičnih onkogenih mutacija. Kod karcinoma dojke, na primjer, pokazalo se da smanjenje PTEN-a i amplifikacija HER2 izazivaju stres replikacije i povećavaju aktivnost APOBEC3B in vitro [90]. Kod raka pluća, gubitak FHIT1 – uobičajene genetske promjene koja uzrokuje replikacijski stres – bio je povezan s većim opterećenjem mutacija izazvanim APOBEC3- [53]. Ove mutacije koje izazivaju stres replikacije mogu biti posebno jaki pokretači APOBEC3-posredovane mutageneze, jer uzrokuju trajne ćelijske promjene za razliku od prolaznije indukcije APOBEC3 nakon virusne infekcije ili izlaganja lijekovima. U petlji pozitivne povratne sprege, povećana ekspresija APOBEC3 može pogoršati stres replikacije zbog dodatnog oštećenja DNK, usporene replikacijske vilice i zaustavljanja ćelijskog ciklusa [52, 97–99]. U kontekstu replikacijskog stresa, APOBEC3 – posebno APOBEC3B – mogu biti posebno skloni izazivanju kataegisa, a ne difuznijim mutacijskim obrascima. Shodno tome, pokazalo se da APOBEC3B indukuje kataegis u ćelijskim linijama raka tokom krize telomera [94]. APOBEC3B je na sličan način bio povezan sa kataegisom u p53-ćelijskim linijama sa nedostatkom, a analiza pan-kancera je otkrila da je ekspresija APOBEC3B pozitivno povezana sa kataegisom [31, 99].

cistanche tubulosa-poboljšava imuni sistem

Somatske i germinativne promjene

Somatske mutacije u više gena su povezane sa povećanom mutagenezom posredovanom APOBEC3-, ali analize sekvenciranja cijelog genoma nisu otkrile rekurentne somatske jednonukleotidne varijante u kodirajućim ili regulatornim regijama APOBEC3 [100, 101]. Somatske mutacije koje povećavaju aktivnost deaminacije APOBEC3 su stoga malo vjerojatne, kao i mutacije koje mijenjaju ekspresiju APOBEC3 putem povećane aktivnosti promotora ili pojačivača. Međutim, može doći do povećane ekspresije APOBEC3 zbog povećanja broja kopija kod karcinoma. Iako je zabilježena samo kod jednog tipa raka, varijacija broja kopija APOBEC3 pronađena je u ~30% tumora pluća [36, 102]. Ova genetska promjena bila je povezana s povećanom ekspresijom APOBEC3B i većim opterećenjem mutacija izazvanim APOBEC [36]. Čini se da su varijante zametne linije na lokusu gena APOBEC3 češće i mogu utjecati na ekspresiju APOBEC3 i rizik od raka. Na primjer, polimorfizam jednog nukleotida (SNP) rs1014971—koji se nalazi uzvodno od klastera APOBEC3 gena—povezan je sa povećanom ekspresijom APOBEC3B, obogaćivanjem APOBEC{21}}indukovanih mutacija i većim rizikom od raka mokraćne bešike [61, 63, 103]. Kod raka dojke, delecijski polimorfizam koji stvara APOBEC3A/B himeru povezan je s povećanim rizikom od bolesti, više APOBEC3-indukovanih mutacija i lošom diferencijacijom tumora (znak negativne prognoze) [47, 61, 62, 64 , 104, 105]. Isti delecijski polimorfizam može doprinijeti hipermutaciji izazvanoj APOBEC3-u akutnoj limfoblastnoj leukemiji [62]. Kod raka pluća, kombinacija šest SNP-a koji definiraju APOBEC3H haplotip I povezana je s povećanim rizikom od bolesti [65] (Tabela 2). Genetske varijacije unutar ovog haplotipa mogu dodatno povećati rizik od raka pluća [106]. Dodatno, pokazalo se da varijanta rs2267401 povećava rizik od karcinoma žučne kese i hepatocelularnog karcinoma, vjerovatno povećanom ekspresijom APOBEC3B koja nastaje povećanom aktivnošću promotora i IL-6 odgovorom [43, 86]. Nasuprot tome, isti SNP rs2267401 bio je povezan sa smanjenim rizikom od holangiokarcinoma i nižom aktivnošću promotora APOBEC3B kod ovog tipa tumora, vjerovatno zbog prekomjerne ekspresije transkripcionog represora TFAP2A [43]. Druga varijanta, rs12157810, takođe je povezana sa nižim rizikom od holangiokarcinoma i raka žučne kese, iako je utvrđeno da povećava aktivnost promotora APOBEC3A [43]. Podudarni rezultati su uočeni kod karcinoma bubrega [108]. Drugi SNP rs139293 je povezan sa smanjenim rizikom od raka pluća [107]. Smještena u egzonu, ova varijanta stvara potencijalno smanjenje aktivnosti aminokiselina u APOBEC3H i može smanjiti ekspresiju APOEBC3H i APOBEC3C [107] (Tabela 2).

Slika 2 Regulacija transkripcije APOBEC3 gena. NF-κB signalizacija je zajednički put za endogene i egzogene APOBEC3 okidače. Da bi inducirao APOBEC3, NF-κB signalizacija djeluje direktno preko transkripcije APOBEC3 i indirektno kroz transkripciju drugih medijatora upale. Ključni infamatorni medijatori uključuju interferone, TNF- i IL-6, koji mogu pokrenuti transkripciju APOBEC3 putem NF-κB i JAK/STAT signalizacije. Osim toga, replikacijski stres može aktivirati NF-κB signalizaciju putem PI3K/Akt za promoviranje ekspresije APOBEC3

Slika 3 Dvofaktorski model za APOBEC3- posredovanu mutagenezu. U dvofaktorskom modelu, APOBEC3-posredovana mutageneza zahtijeva i indukciju ekspresije APOBEC3 i dostupnost ssDNK. Faktori kao što su izloženost lijekovima, kriza telomera i procesi popravke DNK mogu generirati ssDNK, dok transkripcijski okidači mogu povećati ekspresiju APOBEC3 [94–96]

Aktivnost retrotranspozona, kriza telomera i oštećenje DNK

Ćelije raka imaju generalno nestabilne genome koji mogu potaknuti APOBEC3-posredovanu mutagenezu kroz više različitih puteva. Konkretno, genomska nestabilnost može promovirati aktivnost retrotranspozona i na taj način pokrenuti epizodične navale mutageneze posredovane APOBEC3- [112]. Genomska nestabilnost je takođe povezana sa krizom telomera i hromotripsom, za koje se pokazalo da stvaraju tačke prekida ssDNK deaminirane pomoću APOBEC3B [94] (slika 3). APOBEC3-posredovana mutageneza može biti pokrenuta povećanjem regulacije APOBEC3 tokom stresa replikacije izazvanog oštećenjem DNK i povezanih procesa popravljanja neusklađenosti kao što je nehomologno spajanje krajeva (NHEJ) i homologna rekombinacija (HR) koje stvaraju ssDNK intermedijere [90 , 95, 96, 113–116] (sl. 3). Budući da APOBEC3 mogu deaminirati šablone lanaca koji zaostaju, ćelije raka koje se brzo dijele mogu imati često izloženu ssDNK i time potaknuti mutagenezu posredovanu APOBEC3- [14]. Ovi endogeni procesi u ćelijama raka mogu potaknuti kontinuirano sticanje APOBEC3-indukovanih mutacija kasno u evoluciji tumora bez izlaganja egzogenim okidačima [81]. Važnost oštećenja DNK i dostupnosti supstrata ssDNK također može objasniti zašto se APOBEC3 eksprimiraju na niskim razinama u mnogim zdravim tkivima i obično ne uzrokuju značajne mutacijske obrasce tumorskog genoma. Značajno opterećenje mutacijom izazvano APOBEC3-nije otkriveno u zdravom tkivu žlijezde jednjaka ili endometrijuma, iako je nizak nivo takvih mutacija pronađen u podskupini nekanceroznih crijevnih kripti i epitelnih ćelija bronhija [59, 117–120 ]. Dvofaktorski model za aktivnost APOBEC3 je stoga vjerojatan kod mnogih karcinoma, s povećanom ekspresijom APOBEC3 i postojećim oštećenjem DNK koji su potrebni za mutagenezu posredovanu APOBEC3-(Slika 3).

Pušenje?

Pušenje je glavni faktor rizika za višestruke karcinome s visokim APOBEC3-indukovanim mutacijskim opterećenjem. Na primjer, pušenje predstavlja preko 50% rizika od raka mokraćne bešike i procjenjuje se da uzrokuje 80-90% tumora pluća [121, 122]. Pušenje je najsnažnije povezano sa mutacijskim potpisima 4, 5 i 29, ali više studija je testiralo da li je izloženost duvanu takođe povezana sa APOBEC3- indukovanim potpisima 2 i 13 [24–26, 123, 124]. Međutim, rezultati su bili kontradiktorni. U analizi adenokarcinoma pluća, signature 2 i 13 su obogaćene tumorima pušača [123]. Kod raka mokraćne bešike, signatura 13 je obogaćena tumorima bivših pušača [125]. Međutim, odvojena analiza samo mišićno-invazivnih tumora mokraćnog mjehura otkrila je da je potpis 13 obogaćen kod nepušača i da je u negativnoj korelaciji sa signaturom 5 [124]. Osim toga, in vitro studija na normalnom ljudskom urotelu otkrila je da izloženost benzo[a]pirenu – prokancerogenu u dimu cigarete – nije izazvala potpis 2 ili 13. Međutim, ova studija ima ograničenja u tome što je koristila samo jedan prokancerogen, dok duhanski dim uključuje otprilike 60 kancerogenih tvari [126]. Ako pušenje pojačava APOBEC3-posredovanu mutagenezu, efekat je vjerovatno zbog generaliziranog oštećenja DNK koje povećava dostupnost ssDNK supstrata [123]. Iako nikotinska komponenta duhana može izazvati upalu i NF-kB signalizaciju, nema dokaza da duhanski dim direktno povećava ekspresiju APOBEC3. Jedna studija raka pluća ne-malih ćelija testirala je ovu hipotezu, ali nije pronašla povezanost između pušenja i ekspresije APOBEC3B mRNA [54]. Međutim, prevalencija pušenja kao uobičajenog faktora rizika za karcinome gdje je APOBEC{36}posredovana mutageneza široko operativna može otežati razaznavanje bilo kakve interakcije između pušenja i APOBEC3.

Tabela 2 Varijante zametne linije koje utiču na APOBEC3 i rizik od raka

Tabela 2 (nastavak)

Utjecaj APOBEC3 kroz mutagene i ne-mutagene puteve APOBEC3-inducirane onkogene mutacije kodiranja

APOBEC3-indukovane mutacije su sveprisutne kod karcinoma i mogu pokrenuti karcinogenezu aktiviranjem onkogena ili inaktivacijom tumorskih supresora (tabela 3). Na primjer, APOBEC3-indukovana mutacija FGFR3 S249C – najčešća mutacija FGFR3 kod karcinoma mokraćne bešike – uzrokuje konstitutivnu aktivaciju kodiranog receptora faktora rasta za promociju ćelijske proliferacije [127, 128]. Iako se manje ponavlja kod drugih tipova tumora, S249C je također otkriven kod karcinoma pluća, grlića materice i glave i vrata [129–132]. Osim aktiviranja receptora, APOBEC3-indukovane mutacije mogu utjecati na nizvodne signalne puteve kako bi se stvorile visoko onkogene mutacijske sinergije. APOBEC3-indukovana mutacija PIK3CA E545K, na primjer, uzrokuje aberantnu aktivaciju PI3K puta koji potiče rast i otkrivena je u tumorima mokraćne bešike, dojke, cerviksa, kolorektalnog crijeva, jednjaka, glave i vrata i pluća [39, 132–137]. Veoma slična mutacija PIK3CA E542K pronađena je kod karcinoma bešike, dojke, grlića materice, debelog creva, jednjaka, glave i vrata i pluća [39, 132, 133, 135, 137–140]. APOBEC3-indukovane i druge mutacije koje aktiviraju onkogen mogu omogućiti ćelijama raka da se nekontrolirano razmnožavaju u prisustvu dodatnih mutacija u genima supresora tumora—od kojih neke proizlaze iz APOBEC3-posredovane mutageneze. Na primjer, inaktivirajuća mutacija R505G FBXW7 se može pripisati APOBEC3 i otkrivena je kod HNSCC, karcinoma gornjeg probavnog trakta, karcinoma urinarnog trakta i raka pluća [132, 143]. Subklonalne APOBEC3-indukovane mutacije su također uočene u genima supresora tumora PTEN i TP53 u tumorima mokraćne bešike, dojke, glave i vrata i pluća [148]. Drugi mutacijski procesi također mogu inaktivirati tumorske supresore, a visoka aktivnost APOBEC3 može stvoriti selektivni pritisak koji pogoduje takvim mutacijama. APOBEC3 stvaraju veliko ukupno opterećenje tumorskim mutacijama, tako da je vjerojatnije da će ćelije s poremećenim odgovorom na oštećenje DNK (DDR) zbog tumor supresorskih mutacija spriječiti apoptozu i nastaviti s proliferacijom. Shodno tome, TP53 mutacije—koje uglavnom nisu izazvane APOBEC3-— bile su češće kod karcinoma mokraćne bešike, adenokarcinoma pluća i ćelijskih linija limfoma B sa visokim opterećenjem APOBEC3-indukovanih mutacija [46, 89 , 149]. Slično, visoka ekspresija APOBEC3B povezana je sa više mutacija p53 kod raka dojke i adrenokortikalnog karcinoma [22, 44]. Pored pritiska selekcije, ovaj trend bi mogao proizaći iz veće ekspresije APOBEC3 u p53-mutiranim tumorima jer p53 može potisnuti transkripciju APOBEC3B preko p21 i DREAM proteina [150].

Tabela 3 Ponavljajuće APOBEC3-indukovane somatske mutacije i promjene broja kopija kod raka

Ponavljajuća nekodirajuća mutacija izazvana APOBEC3

latorni regioni su takođe veoma rekurentni i mogu doprineti razvoju tumora modulacijom ekspresije gena povezanih sa rakom (Tabela 3). Na primjer, mnogi tumori mokraćnog mjehura i dojke sadrže APOBEC3-indukovane "žarišta blizanaca mutacije" u promotorima PLEKHS1 i TBC1D12, koji su potencijalni onkogeni povezani sa invazivnom bolešću i lošom prognozom [33, 144, 147, 151, 151 ]. APOBEC3-indukovane ADGR6/GPR126 mutacije pojačivača uključene u angiogenezu takođe su otkrivene kod raka mokraćne bešike [33, 145]. Ostali geni sa nekodirajućim mutacijama koje se mogu pripisati APOBEC3 kod raka mokraćne bešike uključuju LEPROTL1 i potencijalno tumorski supresor WDR74 [144, 153, 154]. Osim toga, mnoge akutne limfoblastne leukemije T-ćelija sadrže mutaciju izazvanu APOBEC3- uzvodno od mjesta početka transkripcije za onkogen LMO1 [146]. Utvrđeno je da je nekoliko takvih mutacija funkcionalno i da imaju potencijalnu onkogenu ulogu u karcinomu dojke [155]. Međutim, ono što pokreće APOBEC3-posredovanu mutagenezu u nekodirajućim intergenskim i promotorskim regijama nije otkriveno, ali se vjerovatno dešava tokom replikacije DNK i inicijacije transkripcije.

Pored stvaranja tačkastih mutacija u regulatornim regijama, APOBEC3 mogu dalje disregulirati ekspresiju gena promicanjem povećanja broja kopija onkogena (Tabela 3). Na primjer, veća ekspresija APOBEC3 povezana je sa povećanom varijacijom broja kopija višestrukih regulatornih gena Ras/MAPK kao što su ATP2B4, MAPKAPK2 i USP15 u gliomu [51]. Amplifikacija EGFR i CDK4 – oba poznata onkogena – također je uočena u APOBEC3-visokim gliomima [51]. Mehanizmi putem kojih APOBEC3 olakšavaju promjenu broja kopija ostaju nepoznati. Međutim, moguće je da APOEBC3-indukovana kataegis promoviše hromozomsku nestabilnost i dvolančane prekide, stvarajući mogućnosti za promjenu broja kopija [156, 157].

Prednosti cistanche tubulosa-Antitumor

Evolucija tumora

Although some APOBEC3-induced mutations are likely important for initial tumor formation, many occur later in tumor evolution. Supporting this paradigm, episodic bursts of APOBEC3-mediated mutagenesis were observed during prolonged culture of numerous cancer cell lines [81, 112]. This repeated APOBEC3 activity can create a high overall tumor mutation burden and fuel subclone heterogeneity in a tumor context. Accordingly, APOBEC3s have been identified as primary drivers of subclonal mutations in bladder, breast, head neck, and lung cancers [48, 148]. In bladder cancer, over 45% of subclonal mutations in driver genes may be attributable to APOBEC3s [148]. Additionally, APOBEC3-induced mutation load has been strongly associated with tumor heterogeneity in metastatic thoracic cancers [89]. APOBEC3-induced tumor heterogeneity can promote resistance to cancer therapies. While the continued acquisition of signatures 2 and 13 is often part of natural tumor evolution, chemotherapy treatment may further fuel APOBEC3-mediated mutagenesis by triggering APOBEC3 expression and inducing DNA damage [1, 81, 90, 91]. Specific therapy resistance mutations can also arise due to APOBEC3 activity. For example, the APOEBC-induced MEK2 L46F mutation may confer resistance to BRAF inhibitors such as vemurafenib and dabrafenib in melanoma [82, 142]. In lung cancer, the potentially APOBEC3-induced C>T EGFR T790 mutacija može povećati otpornost na EGFR inhibitore gefitinib i erlotinib [82, 141]. Slično, neke APOEBC3-indukovane mutacije uočene kod relapsiranog refraktornog multiplog mijeloma mogu doprinijeti sticanju rezistencije na terapiju [158]. Ne-mutageni putevi Mutacije izazvane APOBEC3- značajnim su pokretačima tumorigeneze, ali APOBEC3 također mogu igrati ulogu u nastanku raka putem ne-mutagenih puteva. Kao primjer važnosti ovih puteva, studija hepatocelularnog karcinoma otkrila je da prekomjerna ekspresija katalitički neaktivnog APOBEC3B povećava ćelijsku proliferaciju, ćelijsku migraciju i ćelijsku invaziju in vitro [159]. U prisustvu K-Ras mutacija, APOEBC3A može također promovirati STING zavisne metastaze i hromozomsku nestabilnost na osnovu mišjeg modela adenokarcinoma pankreasa duktala [157]. Prekomjerna ekspresija katalitički neaktivnog APOBEC3B je također povezana sa češćim "izbjegavanjem G1", što sugerira da APOBEC3B doprinosi disregulaciji ćelijskog ciklusa [159]. Slična progresija ćelijskog ciklusa posredovana APOBEC3B uočena je kod raka mokraćne bešike [159, 160]. APOBEC3 također može inhibirati ćelijsku smrt putem više mehanizama: pokazalo se da APOBEC3G inhibira anoikis putem Akt aktivacije kod raka gušterače, a APOBEC3B može smanjiti smrt stanica kod raka želuca inhibiranjem funkcije PDCD2 i smanjenjem aktivnosti ATM i Chk1/2 [38, 49]. Dodatno, APOBEC3 mogu uticati na ekspresiju onkogena i tumorskih supresora kroz epigenetski spregnute mehanizme. Na primjer, pokazalo se da APOBEC3B pokreće prekomjernu ekspresiju receptora estrogena (ER) kod raka dojke kroz prolazno remodeliranje hromatina [161]. Dajući dodatni dokaz epigenetske regulacije posredovane APOBEC3-, visoka ekspresija APOBEC3B povezana je sa većom metilacijom LINE1 (proxy za globalnu metilaciju DNK) kod raka jednjaka [39].

Modulacija imunološkog mikrookruženja tumora

APOBEC3 također mogu utjecati na rast tumora putem ne-mutagenih puteva koji oblikuju imunološko mikrookruženje tumora (Tabela 4). APOBEC3 su imunosupresivni kod nekih karcinoma, a veća ekspresija APOBEC3B povezana je sa manjom infiltracijom imunih ćelija kod karcinoma adrenokortika i želuca [37, 162]. Ekspresija APOBEC3 je takođe povezana sa većom infiltracijom imunosupresivnih medijatora kao što su supresorske ćelije izvedene iz mijeloida (MDSC) i makrofagi povezani sa tumorom (TAM) u mišjem modelu hepatocelularnog karcinoma [163]. Suprotan efekat je uočen kod drugih tipova raka, pri čemu APOBEC3 promovišu imunološku aktivaciju. U analizi pan-kancera, visoka ekspresija APOBEC3B bila je povezana sa povećanom imunološkom aktivacijom kod kožnog melanoma i raka dojke [162]. Dodatne studije o raku dojke pokazale su slične rezultate. Visoka ekspresija APOBEC3B povezana je sa više limfocita koji naduvaju tumor, a indukcija APOBEC3B je pokrenula snažan imunološki odgovor posredovan T ćelijama u modelu miša [164, 165]. Nivoi APOBEC3C-H su takođe bili u korelaciji sa više CD8+ T ćelija u tumorskom mikrookruženju, povećanom raznovrsnošću receptora T ćelija i većom citolitičkom aktivnošću [48, 64]. Slična imunološka aktivacija uočena je kod raka mokraćne bešike, s više studija koje su otkrile povećane imunološke potpise i interferonsku signalizaciju kod APOBEC3-visokih tumora [35, 46, 160]. Kod raka pluća, imunološka aktivacija posredovana T ćelijama bila je povezana sa visokom ekspresijom APOBEC3B ili visokim APOBEC3-indukovanim mutacijskim opterećenjem [36, 166]. Kod raka jajnika, povišena ekspresija APOBEC3B i APOBEC3G povezana je sa većom infiltracijom imunoloških ćelija [41, 167]. Iako nije u samom tumoru, pokazalo se da povećana ekspresija APOBEC3A pomjera polarizaciju makrofaga u proinflamatorno stanje koje aktivira imunitet [168].

Tabela 4. Imunomodulacijski efekti APOBEC3 prema tipu raka

Klinički i terapijski značaj APOBEC3 kod karcinoma

Povezanost sa lošom prognozom kod višestrukih karcinoma

Imunosupresija može imati sinergiju sa APOBEC3-posredovanom mutagenezom kod nekih karcinoma, dozvoljavajući onkogenim mutacijama da se akumuliraju i pokreću tumorigenezu, dok sprečavaju imuni odgovor domaćina. U skladu sa ovim modelom, studije adrenokortikalnog karcinoma i karcinoma želuca – koje obe pokazuju imunosupresiju sa APOBEC3 – otkrile su da je veća ekspresija APOBEC3B u korelaciji sa kraćim preživljavanjem (tablice 4 i 5) [37, 38, 44]. Povišena ekspresija APOBEC3 je također povezana sa štetnim kliničkim ishodima kod karcinoma nazofaringeusa, karcinoma bubrega sa čistim ćelijama i neuroendokrinih tumora, iako se malo zna o imunološkim efektima posredovanim APOBEC3- kod ovih karcinoma (Tabela 5) [55, 169] . Visoka ekspresija APOBEC3 ili indukovana mutacija može takođe predvideti neželjene ishode raka dojke, iako su neki izveštaji pronašli nedosledne rezultate (Tabela 5). Budući da APOBEC3 izazivaju imunološku aktivaciju kod raka dojke, dodatni faktori moraju prevladati ovaj pojačani imuni odgovor kako bi pokrenuli tumorigenezu (4). Veća aktivacija estrogenskih receptora (ER) je vjerovatni mehanizam jer se pokazalo da APOBEC3B potiče prekomjernu ekspresiju ER kod raka dojke [161]. U skladu s tim, veze između visoke ekspresije APOBEC3B i štetnih kliničkih ishoda su jača kod ER+ bolesti (Tablica 5).

Tabela 5 Povezanost ekspresije APOBEC3 i APOBEC3-indukovanih mutacija s kliničkim ishodima prema tipu raka

Tabela 5 (nastavak)

Slika 4. Efekti faktora izazvanih APOBEC3- na prognozu variraju među tipovima raka. APOBEC3 mogu uticati na tumorigenezu kroz mutagene i nemutagene puteve, koji mogu imati suprotne efekte na tok bolesti. Relativna snaga ovih efekata može odrediti prognostički značaj APOBEC3, objašnjavajući različit klinički uticaj APOBEC3 prema tipu raka (Tabela 5). Prikazani su primjeri specifičnih tipova raka.

APOBEC3 imaju slične štetne efekte kod tradicionalno liječenih karcinoma pluća. Izvan konteksta imunoterapije, višestruke studije su otkrile da je ekspresija APOBEC3B ili opterećenje izazvano mutacijom povezano s agresivnom bolešću ili lošom prognozom (Tablica 5). Kod karcinoma pluća, dodatni faktori kao što su APOBEC3-indukovane mutacije koje promovišu rezistenciju na terapiju stoga vjerovatno nadmašuju APOBEC3-posredovanu imunološku aktivaciju kako bi doveli do loših kliničkih ishoda [141] (Slika 4).

Povezanost s povoljnom imunoterapijom i ishodima liječenja na bazi platine

Kod karcinoma pluća, APOBEC3-posredovana imunološka aktivacija je povezana s poboljšanim odgovorom na terapije blokade imunoloških kontrolnih tačaka (Tabela 5). Slični rezultati su uočeni za imunoterapijski odgovor kod karcinoma dojke, mokraćne bešike i pluća, koji su svi pokazali imunološku aktivaciju sa APOBEC3 (tablice 4 i 5). Kod ovih karcinoma, APOBEC{5}}posredovana imunološka aktivacija vjerovatno sinergije sa visokim opterećenjem neoantigena izazvanim APOBEC3- kako bi podstakla reakciju imunoterapije (slika 4) [164, 187]. APOBEC3 su također povezani s poboljšanim odgovorom na imunoterapiju kod raka želuca, ali ovaj tip raka je paradoksalno pokazao imunosupresiju s APOBEC3 [37]. Iako su trenutni podaci pomalo nejasni, APOBEC3 mogu također olakšati poboljšano preživljavanje raka mokraćne bešike čak i uz tradicionalnu kemoterapiju (Tablica 5). Rak mokraćne bešike se često leči agensom za alkilaciju DNK cisplatinom, koji može imati pojačanu aktivnost u prisustvu APOBEC3. Mehanički, APOBEC3 mogu posredovati u odgovoru cisplatina deaminiranjem ekstrahelikalnih citozina izazvanih lijekom, a APOBEC3B može inducirati dalje genotoksične efekte tokom popravke mismatch-a izazvane kemoterapijom [188]. Dodatno, APOBEC3 mogu generirati veliko opterećenje mutacijom u pozadini koje senzibilizira stanice na dodatna oštećenja DNK izazvana cisplatinom. Međutim, klinička korist APOBEC3 u karcinomu mokraćne bešike mogla bi biti ograničena na kasniju fazu bolesti jer veća ekspresija APOBEC3B može doprinijeti progresiji od neinvazivne na mišiće do mišićno invazivne bolesti [1]. APOBEC3 su na sličan način povezani s poboljšanim kliničkim ishodima kod karcinoma jajnika, koji se liječe kao rak mokraćne bešike korištenjem terapija na bazi platine cisplatin i karboplatin (tablica 5). Na primjer, visoko opterećenje mutacijom izazvano APOBEC3-bilo je povezano sa poboljšanim preživljavanjem bez progresije i ukupnim preživljavanjem kod pacijenata sa karcinomom jajnika sa svijetlim ćelijama [186]. Visoka ekspresija APOBEC3 je u korelaciji sa poboljšanim preživljavanjem u podtipovima seroznog tumora jajnika visokog stepena [41, 42, 167]. Kao i kod karcinoma mokraćnog mjehura, ove prednosti preživljavanja kod raka jajnika povezane s APOBEC3- vjerovatno proizlaze iz imunološke aktivacije i povećane reakcije na terapije zasnovane na platini (slika 4).

APOBEC3 kao biomarkeri

Ekspresija APOBEC3 i APOBEC3-indukovana mutacija povezana su sa kliničkim ishodima u više vrsta karcinoma i kontekstima liječenja, što racionalizira njihovu upotrebu kao prognostičkih biomarkera (Tabela 5). Nekoliko studija karcinoma tretiranih cisplatinom/karboplatinom izvijestilo je o povezanosti između APOBEC3 i povoljnih ishoda, tako da APOBEC3 zaslužuju dalju evaluaciju kao biomarkeri za ovu uobičajenu kemoterapiju [41, 46, 61, 167, 170, 186]. APOBEC3 bi se također mogli koristiti kao biomarkeri za imunoterapiju s obzirom na postojeće podatke o raku pluća, mokraćne bešike i dojke [37, 160, 166, 174, 180, 181]. Pored ovih kliničkih asocijacija, višestruke pretkliničke studije su podržale APOBEC3 kao potencijalnu terapiju baziranu na platini i biomarkere imunoterapije (Tablica 6). Štaviše, APOBEC3 bi mogli biti posebno plodni biomarkeri za ciljane terapije (Tabela 6). Visoka ekspresija APOBEC3B povezana je sa slabim odgovorom na Raf inhibitore u gliomu, a određene APOBEC3-indukovane mutacije mogu predvidjeti rezistenciju na Raf inhibitore i EGFR inhibitore kod multiplog mijeloma i raka pluća [82, 158]. Kod ER+ karcinoma dojke, visoka ekspresija APOBEC3B može predvidjeti rezistenciju na endokrinu terapiju tamoksifenom [192]. Na osnovu pretkliničkih studija, APOBEC3 takođe mogu predvideti povoljan odgovor na ciljanu kontrolnu tačku replikacije i inhibitore DDR, verovatno zbog sintetičkih ranjivosti koje indukuju citotoksično oštećenje DNK [52, 99, 157, 191]. Sve u svemu, postoje uvjerljivi dokazi da testiranje tumora pacijenata na ekspresiju APOBEC3 ili indukovano opterećenje mutacijom može voditi donošenje odluka o terapiji. Međutim, postoji značajan jaz od laboratorije do klinike i bit će od suštinske važnosti uspostaviti značajne parametre koji definiraju "APOBEC-pozitivnost". U tu svrhu, buduće studije će morati da procijene ekspresiju APOEBC3 ili rezultate mutacijskih potpisa koji se na kraju mogu koristiti u kliničkim ispitivanjima. Sistemi bodovanja i profilisanja za PD-L1/PD1 i ukupni teret tumorskih mutacija mogu se koristiti kao smjernice [195–199].

Inhibicija APOBEC3 za terapiju raka

Budući da APOBEC3 mogu pokretati tumorigenezu mutagenim, a ne mutagenim putevima, moglo bi biti korisno inhibirati APOBEC3 u specifičnim, ali vjerovatno brojnim onkogenim kontekstima (Tabela 6). Na primjer, APOBEC3 inhibitori mogu potencijalno spriječiti nemišićno invazivni karcinom mokraćne bešike da napreduje u mišićno-invazivnu bolest, koja ima veće opterećenje mutacijom izazvano APOBEC3- [1, 200]. APOBEC3 inhibitori također mogu usporiti STING zavisne metastaze, posebno u kombinaciji sa STING inhibitorima u nastajanju [157, 201]. Inhibiranje APOBEC3G takođe može podržati anoikis jer se pokazalo da APOBEC3 ometaju ovaj oblik ćelijske smrti [49]. Dodatno, inhibitori APOBEC3 bi se mogli koristiti posebno kod karcinoma gdje APOBEC3 predviđaju lošu prognozu, da bi se ograničila evolucija tumora, subklonska heterogenost i otpornost na kemoterapiju [82, 148]. APOBEC3 inhibitori trenutno nisu dostupni za kliničku upotrebu, ali nedavni napredak u rješavanju molekularnih struktura APOBEC3 enzima je postavio važne temelje za konačni razvoj ove klase lijekova [202]. Pokazalo se da više jedinjenja sa kateholnim delovima inhibiraju APOBEC3G, sa hemijskim modifikacijama koje podržavaju ograničenije ciljanje APOBEC3A [203]. Nedavno identifikovan inhibitor male molekule koji može ciljati katalitičke džepove AID-a, APOBEC3A i APOBEC3B također je prijavljen i može usmjeravati dizajn inhibitora specifičnih za svaki APOBEC enzim [205]. Pored inhibitora malih molekula, druge potencijalne strategije za smanjenje aktivnosti APOBEC3 uključuju terapije za utišavanje gena, analoge 2′-deoksizebularina koji sadrže ssDNA i alternativne modulatore spajanja [204]. Potonji pristup je moguć jer neke izoforme APOBEC3 nisu mutagene, a pokazalo se da inhibicija SF3B1 prebacuje ekspresiju na nemutagenu APOBEC3B izoformu indukcijom preskakanja egzona 5 [1]. Dodatno, pokazalo se da ublažavanje replikacijskog stresa suplementacijom nukleozida i inhibicijom chk1 smanjuje ekspresiju APOBEC3B in vitro [90].

Tabela 6. Biomarker i terapeutski potencijal APOBEC3

Tabela 6 (nastavak)

Aktivacija APOBEC3 za terapiju raka

Iako inhibicija APOBEC3 može biti korisna za mnoge vrste raka, naizgled kontraintuitivna strategija povećanja aktivnosti APOBEC3 u određenim kontekstima može ponuditi jedinstvenu terapijsku priliku. Na primjer, ciljana prekomjerna ekspresija APOEBC3 može biti od prednosti kod imunoterapijskih agenasa. Podržavajući ovaj pristup, pokazalo se da indukcija APOBEC3B povećava odgovor na terapiju blokadom imunoloških kontrolnih tačaka na mišjim modelima melanoma i raka dojke [164, 187]. Ova APOBEC3-indukovana senzibilizacija može se desiti kroz više sinergijskih puteva (slika 5). Prvo, APOBEC3 mogu stvoriti veliko opterećenje tumorskim mutacijama, što dovodi do stvaranja neoepitopa i imunološke aktivacije kod nekih tipova tumora [187]. Drugo, APOBEC{{10}posredovano povećanje ekspresije PD-L1 može također poboljšati imunoterapijski odgovor [64, 171, 189]. Mehanički, APOBEC3 mogu promovirati ekspresiju PD-L1 putem oštećenja DNK koja aktivira JNK/c-JUN signalizaciju [190]. Sinergije između APOBEC3 i IFN-a mogu dodatno povećati ekspresiju PD-L1 na ćelijama raka i dodatno povećati senzibilizaciju na imunoterapiju [206, 207]. Pošto APOBEC3 izazivaju visok nivo oštećenja DNK, njihova ciljana prekomerna ekspresija u ćelijama raka može takođe biti citotoksična [208]. Aktivacija APOBEC3A može posebno uzrokovati apoptozu in vitro, jer ima najveću aktivnost deaminacije među APOBEC3 [43, 108]. Štaviše, ciljana prekomjerna ekspresija APOBEC3 može biti posebno citotoksična za tumore s poremećenom funkcijom uracil glikozilaze ili gubitkom senzora HCES abazičnog mjesta – mutacije koje bi stvorile sintetičku ranjivost [209, 210]. APOBEC3-aktivirajuće terapije također mogu utjecati na upotrebu genotoksičnih lijekova. Na primjer, APOBEC3 induktori mogu pokrenuti tumore da odgovore na kemoterapije bazirane na platini i DDR inhibitore. Kao dokaz koncepta, in vitro studija raka dojke otkrila je da indukcija APOBEC3 u ćelijskim linijama sa niskom osnovnom ekspresijom značajno povećava odgovor na cisplatin [188]. Pokazalo se da prekomjerna ekspresija APOBEC3 povećava odgovor na ciljane inhibitore ATR i Chk1/2 u ćelijskim linijama akutne mijeloične leukemije i osteosarkoma [52, 191]. Slično, prekomjerna ekspresija APOBEC3B je senzibilizirala ćelije s nedostatkom p53- na inhibiciju CHEK1/2, WEE1 i PARP [99]. Povećana osjetljivost na PARP inhibitore također je primijećena uz povećanje regulacije APOBEC3A u ćelijama raka pankreasa [157]. Uprkos tome što ima terapeutski potencijal u nekim kontekstima, indukcija APOBEC3 možda neće olakšati imunoterapijski odgovor kod svih karcinoma, posebno kod tumora kod kojih je veća ekspresija APOBEC3 povezana sa imunosupresijom (Tablica 4). APOBEC3-lijekovi za poboljšanje APOBEC-a također se moraju istraživati ​​s oprezom s obzirom na rizike od novih mutacija pokretača, povećane heterogenosti tumora i otpornosti na hemoterapiju. Ipak, aktivacija i inhibicija aktivnosti APOBEC3 su oboje obećavajući pristupi koji bi mogli stvoriti nove mogućnosti liječenja za sutrašnji klinički krajolik.

Slika 5 Aktivacija APOBEC3 za poboljšanje odgovora na imunoterapiju. Povećanje aktivnosti APOBEC3 moglo bi povećati imunoterapijski odgovor kroz formiranje neoepitopa, povećanu ekspresiju PD-L1 i imunološku aktivaciju, kao što su pokazale studije na mišjim modelima.

Zaključci

APOBEC3 su glavni mutageni pokretači raka, a APOBEC3A i APOBEC3B su vjerovatno najznačajniji mutatori u superporodici APOBEC3. APOBEC3A i APOBEC3B su prekomjerno izraženi kod mnogih karcinoma, a njihova ekspresija je u korelaciji sa većim opterećenjem mutacija izazvanim APOBEC3-. Međutim, detekcija preostale aktivnosti deaminacije nakon nokautiranja oba člana porodice sugerira da su i drugi APOBEC3 također aktivni mutatori. Poboljšano razumijevanje kako svaki APOBEC3 doprinosi raku dodatno će razjasniti etiologiju tumora i može postati terapeutski relevantno za ciljanje APOBEC3.

Slika 6. Uzroci, posljedice i klinički aspekti APOBEC3-posredovane mutageneze kod raka. Različiti egzogeni i endogeni faktori mogu izazvati APOBEC3, koji zatim mogu utjecati na rast raka mutagenim i ne-mutagenim putevima. Ovi APOBEC3-posredovani efekti mogu oblikovati kliničke ishode i biti relevantni kako u sadašnjem tako iu budućem terapijskom okruženju

Sveobuhvatnije razumijevanje faktora koji indukuju mutagenezu posredovanu APOBEC3- također bi moglo dovesti do poboljšanih strategija prevencije raka. Trenutno poznati okidači ekspresije APOBEC3 uključuju virusnu infekciju, upalu i određene genotoksične lijekove, iako povećana ekspresija sama po sebi ne može uzrokovati visoke razine mutageneze (slika 6). U dvofaktorskom modelu, ssDNA—koja može nastati izlaganjem genotoksičnim lijekovima, genomskom nestabilnošću, itd.—stvara primarne mutacijske supstrate za APOBEC3 i olakšava mutagenezu. Iako je mutageneza centralna za ulogu APOBEC3 u karcinomu, APOBEC3 takođe mogu doprinijeti tumorigenezi putem ne-mutagenih puteva kao što su modulacija ćelijskog ciklusa, epigenetska regulacija, metastaze zavisne od STING-a i inhibicija ćelijske smrti (slika 6). Osim toga, APOBEC3 mogu modulirati imunološko mikrookruženje tumora, s tim da se učinak razlikuje u zavisnosti od tipa raka. APOBEC3 su povezani sa imunološkom aktivacijom kod karcinoma dojke, pluća i mokraćne bešike, dok je imunosupresija posredovana APOBEC3-uočena kod raka jetre, želuca i adrenokortikalnog karcinoma. Imunomodulacijski efekti APOBEC3 vjerovatno utiču na tok bolesti, ali APOBEC3-posredovana imunološka aktivacija ne dovodi uvijek do poboljšanih kliničkih ishoda jer drugi faktori kao što su mutacije pokretača i inhibicija ćelijske smrti mogu imati suprotne efekte. APOBEC3-posredovana imunološka aktivacija, povećano opterećenje neoepitopa i veća ekspresija PD-L1 mogu sinergirati kako bi poboljšali odgovor na imunoterapije (slika 6). APOBEC3 takođe mogu olakšati reakciju na terapije zasnovane na platini. Nekoliko kliničkih asocijacija zajedno s pretkliničkim studijama sugerira da bi se APOBEC3 mogli koristiti kao biomarkeri za trenutno dostupne imunoterapije i kemoterapije, dok bi nove strategije za aktivaciju APOBEC3 mogle unaprijediti određene tumore za povećani terapijski odgovor (slika 6).

Prednosti cistanche tubulosa- jača imunološki sistem

Nasuprot tome, inhibiranje APOBEC3 može usporiti evoluciju tumora, smanjiti heterogenost subklona i spriječiti rezistenciju na terapiju kod nekih karcinoma i konteksta na specifične tipove liječenja. APOBEC3 su disregulirani u širokom rasponu i velikom udjelu ljudskih tumora, tako da istraživanja u ovim područjima imaju veliki potencijal i mogu dovesti do novih mogućnosti liječenja za mnoge tipove raka.

Reference

1. Rouf Banday A, Onabajo OO, Lin SHY, Obajemu A, Vargas JM, Delviks Frankenberry KA, et al. Usmjeravanje na prirodnu plastičnost spajanja APOBEC3B ograničava njegovu ekspresiju i mutagenu aktivnost. Commun Biol.

2. 2021;4(1):386. Ebrahimi D, Richards CM, Carpenter MA, Wang J, Ikeda T, Becker JT, et al. Genetička i mehanička osnova za alternativno spajanje APOBEC3H, restrikciju retrovirusa i suzbijanje HIV-1 proteaze. Nat Commun.

3. 2018;9(1):4137. Harari A, Ooms M, Mulder LCF, Simon V. Polimorfizmi i varijante spajanja utiču na antiretrovirusnu aktivnost humanog APOBEC3H. J Virol. 2009;83(1):295–303.

4. Lassen KG, Wissing S, Lobritz MA, Santiago M, Greene WC. Identifikacija dvije varijante spajanja APOBEC3F koje pokazuju antivirusno djelovanje na HIV-1 i kontrastnu osjetljivost na Vif*. J Biol Chem. 2010;285(38):29326–35.

5. Salter JD, Bennett RP, Smith HC. Porodica proteina APOBEC: ujedinjena po strukturi, divergentna u funkciji. Trends Biochem Sci. 2016;41(7):578–94.

6. Chaudhuri J, Evans T, Kumar R, DiMenna L. Biološka funkcija citidin deaminaze izazvane aktivacijom (AID). Biomed J. 2014;37(5):269.

7. Chen SH, Habib G, Yang CY, Gu ZW, Lee BR, Weng SA, et al. Apolipoprotein B-48 je proizvod glasničke RNK sa stop kodonom u okviru koji je specifičan za organ. Nauka. 1987;238(4825):363–6.

8. Powell LM, Wallis SC, Pease RJ, Edwards YH, Knott TJ, Scott J. Novi oblik tkivno-specifične obrade RNK proizvodi apolipoprotein-B48 u crijevima. Cell. 1987;50(6):831–40.

9. Hirano K, Min J, Funahashi T, Baunoch DA, Davidson NO. Karakterizacija humanog aerobnog-1 gena: ekspresija u gastrointestinalnim tkivima određena alternativnim spajanjem sa proizvodnjom novog skraćenog peptida. J Lipid Res. 1997;38(5):847–59.

10. Harris RS, Dudley JP. APOBEC i ograničenje virusa. Virology. 2015;479–480:131–45.

11. Silvas T, Schifer CA. APOBEC3: Ljudske citidin deaminaze koje uređuju DNK. Protein Sci. 2019. https://doi.org/10.1002/pro.3670.

12. Yu Q, König R, Pillai S, Chiles K, Kearney M, Palmer S, et al. Specifičnost jednog lanca APOBEC3G objašnjava minus-lančanu deaminaciju HIV genoma. Nat Struct Mol Biol. 2004;11(5):435–42.

13. Chan K, Sterling JF, Roberts SA, Bhagwat AS, Resnick MA, Gordenin DA. Oštećenje baze unutar jednolančane DNK leži u osnovi hipermutabilnosti in vivo izazvane sveprisutnim agensom iz okoline. PLoS Genet. 2012;8(12):e1003149.

14. Hoopes JI, Cortez LM, Mertz TM, Malc EP, Mieczkowski PA, Roberts SA. APOBEC3A i APOBEC3B prvenstveno deaminiraju šablon lanca koji zaostaje tokom replikacije DNK. Cell Rep. 2016;14(6):1273–82.

15. Lada AG, Kliver SF, Dhar A, Polev DE, Masharsky AE, Rogozin IB, et al. Poremećaj koaktivatora transkripcije Sub1 dovodi do preraspodjele klasteriranih mutacija induciranih APOBEC-om u genomu u cijelom genomu. PLoS Genet. 2015;11(5):e1005217.

16. Seplyarskiy VB, Soldatov RA, Popadin KY, Antonarakis SE, Bazykin GA, Nikolaev SI. Mutacije izazvane APOBEC-om kod ljudskih karcinoma su snažno obogaćene na zaostalom DNK lancu tokom replikacije. Genome Res. 2016;26(2):174–82.

17. Buisson R, Langenbucher A, Bowen D, Kwan EE, Benes CH, Zou L, et al. Mutacije putničkih žarišta kod raka uzrokovane APOBEC3A i mezoskalnim genomskim karakteristikama. Nauka. 2019;364:6447.

18. McCann JL, Cristini A, Law EK, Lee SY, Tellier M, Carpenter MA, et al. Homeostaza R-petlje i mutageneza raka koju promovira DNK citozin deaminaza APOBEC3B. bioRxiv [Internet]. 2021;2021.08.30.458235. Dostupno na: http://biorxiv.org/content/ early/2021/08/30/2021.08.30.458235.abstract.

19. Holtz CM, Sadler HA, Mansky LM. APOBEC3G žarišta deaminacije citozina su definirana i kontekstom sekvence i jednolančanom sekundarnom strukturom DNK. Nukleinske kiseline Res. 2013;41(12):6139–48.

20. Harris RS. Molekularni mehanizam i klinički utjecaj mutageneze katalizirane APOBEC3B kod raka dojke. Breast Cancer Res. 2015;17(1):8.

21. Refsland EW, Harris RS. APOBEC3 familija retroelementnih restrikcijskih faktora. Berlin: Springer; 2013. str. 1–27.

22. Burns MB, Lackey L, Carpenter MA, Rathore A, Land AM, Leonard B, et al. APOBEC3B je enzimski izvor mutacije kod raka dojke. Priroda. 2013;494(7437):366–70.

23. Chan K, Roberts SA, Klimczak LJ, Sterling JF, Saini N, Malc EP, et al. Hipermutacijski potpis APOBEC3A razlikuje se od potpisa pozadinske mutageneze putem APOBEC3B kod ljudskih karcinoma. Nat Genet. 2015;47(9):1067–72.

24. COSMIC. 2022.

25. Alexandrov LB, Kim J, Haradhvala NJ, Huang MN, Tian Ng AW, Wu Y, et al. Repertoar mutacijskih potpisa kod raka kod ljudi. Priroda. 2020;578(7793):94–101.

26. Alexandrov LB, Nik-Zainal S, Wedge DC, Aparicio SAJR, Behjati S, Biankin A, et al. Signature mutacijskih procesa u ljudskom karcinomu. Priroda. 2013;500(7463):415–21.

27. Roberts SA, Lawrence MS, Klimczak LJ, Grimm SA, Fargo D, Stojanov P, et al. APOBEC obrazac mutageneze citidin deaminaze je široko rasprostranjen kod karcinoma ljudi. Nat Genet. 2013;45(9):970–6.

28. Zou J, Wang C, Ma X, Wang E, Peng G. APOBEC3B, molekularni pokretač mutageneze kod ljudskih karcinoma. Cell Biosci. 2017;7(1):29.

29. Taylor BJ, Nik-Zainal S, Wu YL, Stebbings LA, Raine K, Campbell PJ, et al. DNK deaminaze izazivaju mutacije povezane s prekidom s implikacijom APOBEC3B i 3A kod kataegisa raka dojke. Elife. 2013;16:2.

30. Liu W, Newhall KP, Khani F, Barlow L, Nguyen D, Gu L, et al. Citidin deaminaza APOBEC3G doprinosi mutagenezi raka i klonskoj evoluciji kod raka mokraćne bešike. Cancer Res. 2022;26:2651.

31. Aaltonen LA, Abascal F, Abeshouse A, Aburatani H, Adams DJ, Agrawal N, et al. Pan-kancer analiza čitavih genoma. Priroda. 2020;578(7793):82–93.

32. Bergstrom EN, Luebeck J, Petljak M, Khandekar A, Barnes M, Zhang T, et al. Mapiranje grupisanih mutacija kod raka otkriva APOBEC3 mutagenezu cDNK. Priroda. 2022;602(7897):510–7.

33. Langenbucher A, Bowen D, Sakhtemani R, Bournique E, Wise JF, Zou L, et al. Prošireni potpis mutacije APOBEC3A kod raka. Nat Commun. 2021;12(1):1602.

34. Burns MB, Temiz NA, Harris RS. Dokazi za APOBEC3B mutagenezu kod višestrukih ljudskih karcinoma. Nat Genet. 2013;45(9):977–83.

35. Kim H, Kim O, Lee MA, Lee JY, Hong SH, Ha US, et al. Prognostički utjecaj ekspresije APOBEC3B u metastatskom urotelnom karcinomu i njegova povezanost s citotoksičnim T stanicama koje infiltriraju tumor. Curr Oncol. 2021;28(3):1652–62.

36. Wang S, Jia M, He Z, Liu XS. APOBEC3B i APOBEC mutacijski potpis kao potencijalni prediktivni markeri za imunoterapijski odgovor kod karcinoma pluća ne-malih ćelija. Onkogen. 2018;37(29):3924–36.

37. Xia S, Gu Y, Zhang H, Fei Y, Cao Y, Fang H, et al. Imunološka inaktivacija obogaćivanjem APOBEC3B predviđa odgovor na kemoterapiju i preživljavanje kod raka želuca. Oncoimunology. 2021. https://doi.org/10. 1080/2162402X.2021.1975386.

38. Zhang J, Wei W, Jin HC, Ying RC, Zhu AK, Zhang FJ. Uloga APOBEC3B u karcinomu želuca. Int J Clin Exp Pathol. 2015;8(5):5089–96.

39. Kosumi K, Baba Y, Ishimoto T, Harada K, Nakamura K, Ohuchi M, et al. APOBEC3B je enzimski izvor molekularnih promjena u karcinomu skvamoznih stanica jednjaka. Med Oncol. 2016;33(3):26.

40. Feng C, Zheng Q, Yang Y, Xu M, Lian Y, Huang J, et al. Visoka ekspresija APOBEC3B u gastroenteropankreatičnim neuroendokrinim neoplazmama i povezanost s limfnim metastazama. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 2019;27(8):599–605.

41. Rüder U, Denkert C, Alisa Kunze C, Jank P. Ekspresija proteina APOBEC3B i analize mRNA kod pacijenata sa seroznim karcinomom jajnika visokog stepena. Histol Histopathol. 2019;34:405–17.

42. Du Y, Tao X, Wu J, Yu H, Yu Y, Zhao H. Up-regulacija APOBEC3B nezavisno predviđa prognozu raka jajnika: kohortna studija. Cancer Cell Int. 2018;18(1):78.

43. Liu W, Ji H, Zhao J, Song J, Zheng S, Chen L, et al. Represija transkripcije i apoptoza utiču na efekatAPOBEC3A / 3Bfunkcionalni polimorfizmi na rizik od raka bilijarnog trakta. Int J Cancer. 2022;150(11):1825–37.

44. Gara SK, Tyagi MV, Patel DT, Gaskins K, Lack J, Liu Y, et al. GATA3 i APOBEC3B su prognostički markeri kod adrenokortikalnog karcinoma, a APOBEC3B je direktno transkripcijski reguliran GATA3. Oncotarget. 2020;11(36):3354–70.

45. Wagener R, Alexandrov LB, Montesinos-Rongen M, Schlesner M, Haake A, Drexler HG, et al. Analiza mutacijskih potpisa u egzomima iz ćelijskih linija B-ćelijskog limfoma sugerira da su članovi porodice APOBEC3 uključeni u patogenezu primarnog efuzionog limfoma. Leukemija. 2015;29(7):1612–5.

46. ​​Glaser AP, Fantini D, Wang Y, Yu Y, Rimar KJ, Podojil JR, et al. APOBEC posredovana mutageneza u urotelnom karcinomu povezana je s poboljšanim preživljavanjem, mutacijama u genima odgovora na oštećenje DNK i imunološkim odgovorom. Oncotarget. 2018;9(4):4537–48.

47. Cortez LM, Brown AL, Dennis MA, Collins CD, Brown AJ, Mitchell D, et al. APOBEC3A je istaknuta citidin deaminaza u raku dojke. PLoS Genet. 2019;15(12):e1008545.

48. Asaoka M, Patnaik SK, Ishikawa T, Takabe K. Različiti članovi APOBEC3 porodice DNK mutatora imaju suprotne veze sa pejzažom raka dojke. Am J Cancer Res. 2021;11:5111.

49. Wu J, Pan TH, Xu S, Jia LT, Zhu LL, Mao JS, et al. Virusom izazvan protein APOBEC3G inhibira anoikis aktivacijom Akt kinaze u ćelijama raka gušterače. Sci Rep. 2015;5(1):12230. 50. Ding Q, Chang CJ, Xie X, Xia W, Yang JY, Wang SC, et al. APOBEC3G promovira metastaze u jetri u ortotopskom mišjem modelu kolorektalnog karcinoma i predviđa metastaze u jetri kod ljudi. J Clin Investig. 2011;121(11):4526–36.

51. Luo C, Wang S, Liao W, Zhang S, Xu N, Xie W, et al. Povećana regulacija porodice APOBEC3 povezana je sa lošom prognozom i utiče na odgovor na terapiju Raf inhibitorima kod glioma niskog stepena. Int J Mol Sci. 2021;22(19):10390.

52. Green AM, Budagyan K, Hayer KE, Reed MA, Savani MR, Wertheim GB, et al. Citozin deaminaza APOBEC3A senzibilizira ćelije leukemije na inhibiciju kontrolne tačke replikacije DNK. Cancer Res. 2017;77(17):4579–88.

53. Waters CE, Saldivar JC, Amin ZA, Schrock MS, Huebner K. Oštećenje DNK uzrokovano gubitkom FHIT-om stvara optimalne APOBEC supstrate: uvid u APOBEC posredovanu mutagenezu. Oncotarget. 2015;6(5):3409–19.

54. Sasaki H, Suzuki A, Tatematsu T, Shitara M, Hikosaka Y, Okuda K, et al. Prekomjerna ekspresija gena APOBEC3B kod karcinoma pluća ne-malih stanica. Biomed Rep. 2014;2(3):392–5.

55. Feng C, Zhang Y, Huang J, Zheng Q, Yang Y, Xu B. Prognostički značaj APOBEC3B i PD-L1/PD-1 u nazofaringealnom karcinomu. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 2021;29(3):239–44.

56. Leonard B, Hart SN, Burns MB, Carpenter MA, Temiz NA, Rathore A, et al. Upregulacija APOBEC3B i obrasci genomskih mutacija u seroznom karcinomu jajnika. Cancer Res. 2013;73(24):7222–31.

57. Heller M, Prigge ES, Kaczorowski A, von Knebel Doeberitz M, Hohen Fellner M, Duensing S. Ekspresija APOBEC3A u karcinomu skvamoznih ćelija penisa. Pathobiology. 2018;85(3):169–78.

58. Petljak M, Dananberg A, Chu K, Bergstrom EN, Striepen J, von Morgen P, et al. Mehanizmi mutageneze APOBEC3 u ljudskim ćelijama raka. Priroda. 2022;607(7920):799–807.

59. Petljak M, Maciejowski J. Molekularno porijeklo mutacija povezanih s APOBEC kod raka. Popravak DNK (Amst). 2020;94:102905.

60. Carpenter MA, Li M, Rathore A, Lackey L, Law EK, Land AM, et al. Metilcitozin i normalna deaminacija citozina stranim DNK restrikcijskim enzimom APOBEC3A. J Biol Chem. 2012;287(41):34801–8.

61. Middlebrooks CD, Banday AR, Matsuda K, Udquim KI, Onabajo OO, Paquin A, et al. Povezanost varijanti zametne linije u APOBEC3 regiji sa rizikom od raka i obogaćenjem APOBEC-potpisnim mutacijama u tumorima. Nat Genet. 2016;48(11):1330–8.

62. Nik-Zainal S, Wedge DC, Alexandrov LB, Petljak M, Butler AP, Bolli N, et al. Povezanost polimorfizma broja kopija zametne linije APOBEC3A i APOBEC3B s teretom navodnih APOBEC-ovisnih mutacija u raku dojke. Nat Genet. 2014;46(5):487–91.

63. Matsuda K, Takahashi A, Middlebrooks CD, Obara W, Nasu Y, Inoue K, et al. Studija asocijacije na genomu identifikovala je SNP na 15q24 povezanu sa rizikom od raka mokraćne bešike u japanskoj populaciji. Hum Mol Genet. 2015;24(4):1177–84.

64. Kim Y, Sun DS, Yoon J, Ko YH, Won HS, Kim JS. Kliničke implikacije ekspresije APOBEC3A i 3B kod pacijenata sa rakom dojke. PLoS ONE. 2020;15(3):e0230261. 65. Starrett GJ, Luengas EM, McCann JL, Ebrahimi D, Temiz NA, Love RP, et al. DNK citozin deaminaza APOBEC3H haplotip I vjerovatno doprinosi mutagenezi raka dojke i pluća. Nat Commun. 2016;7(1):12918.

66. Stavrou S, Ross SR. APOBEC3 proteini u virusnom imunitetu. J Immunol. 2015;195(10):4565–70.

67. Bosch FX, Lorincz A, Munoz N, Meijer CJLM, Shah K. Uzročna veza između humanog papiloma virusa i raka grlića materice. J Clin Pathol. 2002;55(4):244–65.

68. Revathidevi S, Murugan AK, Nakaoka H, ​​Inoue I, Munirajan AK. APOBEC: molekularni pokretač u patogenezi raka grlića materice. Cancer Lett. 2021;496:104–16.

69. Riva G, Albano C, Gugliesi F, Pasquero S, Pacheco SFC, Pecorari G, et al. HPV se susreće sa APOBEC-om: novi igrači u raku glave i vrata. Int J Mol Sci. 2021;22(3):1402.