Mrežna farmakološka studija o estrogenom učinku gikozida cistance Desticola
Apr 22, 2025
Sažetak
Ova studija istražuje potencijalni mehanizam estrogenih efekataglikozidi odCistanche Deserticola(GCS)Na osnovu mrežne farmakologije u kombinaciji s transkripnkritičkim podacima. Ukupno40 aktivnih sastojakaGCS sa estrogenim efektima predviđeno je korištenjem baza podataka kao što suTCMSP, Symmap, Etcm, Šivati, iQsar.
Dobitni podaci o bolestima estrogenih nedostataka izvedeni su izGenenicardsiOmimBaze podataka. Ključne ciljeve su prikazani i aPPI mrežaje izgrađen.Idite funkcionalne analize obogaćivanjaiAnaliza obogaćivanja u keggusu provedene za identifikaciju ključnih ciljeva i puteva.
U kombinaciji sa preliminarnim transkripturnim podacima, izvedena je korelacijska analiza između mrežnih farmakoloških ciljeva predviđanja i staze Kegg staze za dodatno otkrivanje mehanizma estrogenog učinka GC-a.
183 ciljasu prikazani i1.712 ciljevabirani su za bolesti deficitacije estrogena.
24 ključne ključne ciljevesu dobili.
Idi Funkcija i obogaćivanje kegg staza pokazalo je da GCS uglavnom djeluju na biološke procese kao što su:
Receptor citokine vezan
Receptor estrogena vezivanje
Vezivanje receptora faktora rasta
Aktivnost nuklearne receptore
Receptor nuklearnog hormona
Aktivnost receptora steroidne hormone
Vezivanje hormonskih receptora
Regulatorne puteve uključuju:
Signalni put za nekrozu tumora (TNF)
Interleukin -17) signalni put signalizacije
Faktor hipoksije (HIF {{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{{2}))
Signalni put estrogena
Promjene ekspresije gena otkrivene su u svemu24 osnovne ciljeveosimMCL1iGCG. Uključeni su različite izražene geneAR, Casp8, ESR1, FOS, iHmox1. Ukupno68 Kegg putevaidentifikovani su, saSignalni put estrogena, Signalni put kampa, iTNF signalni putBiti glavni putevi.
Zaključak
Glikozidi odCistanche Deserticolamogu izvršiti efekte slično estrogena kroz "višekomponentnu, multi-ciljni, više puta" mehanizam ". Ovaj mehanizam može biti povezan sa regulacijom:
Signalni put estrogena
Signalni put kampa
TNF signalni put
Prirodne tablete za ekstrakt cistanke umjestoEstromimetic
Ključne riječi
Glikozidi odCistanche Deserticola
Estromimetic
Mrežna farmakologija
TransIcription
Zajednička analiza
Estrogenje suštinski hormon u razvoju ženskog reproduktivnog sustava i sekundarnih seksualnih karakteristika, igrajući ključnu ulogu u reguliranju ženske plodnosti i rodnih osobina [1]. Nakon ulaska u menopauzu, doživljavaju pad funkcije jajnika, što dovodi do smanjene proizvodnje estrogena, što zauzvrat uzrokuje niz uvjeta kao što su osteoporoza, ateroskleroza, menopauzalni sindrom i koronarna srčana bolest [2]. Tradicionalna terapija zamene estrogena može ublažiti ili smanjiti simptome uzrokovane nedostatkom estrogena, ali ovaj tretman može dovesti i na potencijalne nuspojave [3]. Studije su pokazale da dugotrajno korištenje estrogena može rezultirati pretjeranim širenjem endometrija, maternica i hiperplazije mliječne žlijezde, između ostalih štetnih učinaka. Dakle, traženje efikasnog, sigurnog i praktičnog tretmana za poboljšanje niskih estrogenih nivoa je od velikog značaja i vrijednosti [4].
Biljni estrogeni su tvari koje mogu izvršiti aktivnosti nalik estrogenu. Njihova molekularna struktura slična je onom sisarnog estrogena, što im omogućava da se posebno vežu za estrogene receptore i proizvode blagi efekti poput estrogena [5]. Istraživanja pokazuje da biljni estrogeni imaju različite farmakološke efekte, uključujući antihoteoporozu i promjenu metaboličkih poremećaja [6].
Cistanche DeserticolaJe li sušeni, mesnati stabljika sa ljuskim listovima biljke orobanchaceaeCistanche Deserticola YC Ma. Ima funkcije kao što su tonificiranje bubrega Yang, obogaćujući suštinu i krv i navlaži creva za ublažavanje zatvorenja. Obično se koristi za liječenje nedostatka bubrega, suštine i nedostatka krvi, neplodnosti, neplodnosti, boli i slabosti struka i koljena i zatvor uzrokovanih crevnim suhoćom [7]. Prethodne studije istraživačke grupe potvrdile su da ukupni glikozidiCistanche Deserticola(GCS), sa sadržajem većim od 60% ehinakozida, su glavne aktivne komponente odgovorne za njene efekte slične estrogenu. GCS značajno povećavaju koeficijent maternice i visinu endometrskih epitelnih ćelija u nezrelim štakorima. Transkripraticni rezultati analize pokazali su da GC-ovi vrše efekte efekata estrogena kroz 2.953 diferencijalno izražene gene, od čega je 1,475 bilo regulirano, a 1.478 je u redu. Ti su geni uglavnom povezani sa estrogenim odgovorom, pozitivna regulacija metaboličkih procesa dušika, razvojnih procesa i regulacije biološkog procesa. Oni prvenstveno sudjeluju uSignalni put estrogena, Signalni put kampa, Rap1 signalni put, iMAPK signalni put [8-9].
Tradicionalna mreža kineske medicine (TCM) može istražiti mehanizme TCM-a u tretmanu bolesti skriniranjem TCM komponenti, predviđajući ciljne proteine aktivnih komponenti i analizu signalnih staza uključenih u ove ciljne proteine [10-12]. Da bi se dodatno otkrili mehanizam efekata GCS-a slično estrogena, ova studija koristi analizu bioinformatike na osnovu prethodnih transkriphtičkih podataka Grupe kako bi otkrio mogući mehanizam kojim ukupnoglikozidi odCistanche Deserticola vršiti efekte sličan estrogenima.
1. Eksperimentalne baze podataka i softver
TCMSP: http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
Symmap: https://www.symmap.org
Etcm: http://www.nrc.ac.cn:9090/etcm/
Šivati: http://stitch.embl.de/
Qsar: http://targetnet.scbdd.com/
Pubchem: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
Uniprot: http://www.unipor.org/
Genenicards: http://www.genecards.org/
Omim: https://www.omim.org/
Niz: https://string-db.org/
Kegg: https://www.kegg.jp/
Ići: http://geneontology.org/
R jezik: Rx 64 3. 5.3 sa sledećim paketima:
Venndiagram
grof.r
ClusterProfiler
org.hs.eg.db
simbol2id
Perl skripta: addssymbol.pl
Citoscape: Verzija 3.7.1
2. Eksperimentalne metode
2.1 Mrežna farmakologija Predviđanje mehanizma nalik GCS-u
2.1.1 Predviđanje ciljeva glavnih aktivnih komponenti GCS-a
Upotreba Analiza UPLC / Q-TOF-MS, identificirana je 40 spojeva sa farmakološkim aktivnostima nalik estrogenu [13]. Ovi spojevi su pretražiliTCMSP, Symmap, iEtcmBaze podataka za pronalaženje potencijalnih ciljeva gena za svaki spoj. Pored toga, uvožene su konstrukcije složenih osmijehaŠivatiiQsarBaze podataka za prikupljanje ciljeva. Svi prikupljeni ciljevi su spojeni, a duplikati su uklonjeni da bi se dobile potencijalne ciljane proteine.
2.1.2 Informacije o ciljanim bazama mitrogena
Ključne riječi "nedostatak estrogena" korišteni su za traženje relevantnih ciljeva uGenenicardsiOmimBaze podataka.
2.1.3 Izgradnja "Aktivnog spoja - jezgra - mreže" Istrogen "
KoristećiVenndiagramPaket u R, raskrižje ciljeva iz oba izvora izvedena je kao venn dijagram. Podaci o interakciji protiv kandidata uvoženi su uCitoscape v3.9.1, a identificirane su osnovne ciljeve. Odabrani su odgovarajući spojevi osnovnih ciljeva, a "jedinjenje - osnovna meta - mrežom estrogena" vizualno je analizirana i izgrađena upotrebomCitoscape v3.9.1.
2.1.4 Izgradnja PPI mreže
Osnovne ciljane informacije uvožene su uNiz database, selecting the species "Homo sapiens" and setting the confidence score to >0 7 za izgradnju mreže interakcije proteina-proteina (PPI). Thegrof.rPaket u R korišten je za analizu i odabir top 20 osnovnih gena s najvećom povezanosti među osnovnim ciljanim proteinima, koji su vizualizirani.
2.1.5 Idite funkcionalne analize obogaćivanja i analizu obogaćivanja kegg
Za osnovne ciljane gene, Idite i pretrage baza podataka Kegg izvedeni su pomoću R paketaorg.hs.eg.db, simbol2id, iClusterProfiler. Top 20 staza s ispravljenim P-vrijednostima vizuli su se kao bar ljestvice, analizirajući značajne funkcionalne napomene i puteve obogaćene osnovnim ciljevima GC-ova efekata sličnih estrogena.
2.2 Integracija sa transkripnkritičkim podacima
2.2.1 Korelacijska analiza između predviđenih ciljeva i transkriphtičnih gena
Budući da su vrste u mrežnim farmakološkim predviđanjima ljudske, ciljevi su pretvoreni u homologne gene štakora koristećiHGNCputem funkcije "Alati-HCOP". Razina izraza diferencijalnih gena analizirana je između GCS grupe i kontrolne skupine u transkripnjskom sekvenciranju [9].
2.2.2 Korelacijska analiza između predviđanja mrežnih farmakologije i transkriphtičnih puteva Kegg
Osnovni ciljni geni predviđeni od strane mrežne farmakologije (pretvoreni u homologni geni za štakore) pretraživani su u bazi podataka Kegg pomoću R paketabiokondomktoriClusterProfilerzajedno said2symbol.plScenarij. Vrste su bile ograničene na "Rno" i puteve sa Padjustom <{0. 05 su prikazani. Venn Analiza je provedena radi identifikacije preklapajućih puteva između Kegg staza obogaćenih putem mrežnih predviđanja farmakologije i transkriphtičnih eksperimenata vezanih za GCS "efekte sličnih estrogenima.
