Raznolikost i evolucija kompjuterski predviđenih epitopa T ćelija protiv humanog respiratornog sincicijalnog virusa
Dec 05, 2023
Abstract
Humani respiratorni sincicijski virus (RSV) je glavni uzročnik infekcije donjih respiratornih organa. Uprkos više od 60 godina istraživanja, ne postoji licencirana vakcina. Dok je odgovor B ćelija glavni fokus za dizajn vakcine, profil epitopa T ćelija RSV je takođe važan za razvoj vakcine. Ovdje smo kompjuterski predvidjeli navodne epitope T ćelija u fuzijskom proteinu (F) i glikoproteinu (G) divljih cirkulirajućih sojeva RSV predviđajući glavni kompleks histokompatibilnosti (MHC) klase I i klase II afiniteta vezivanja. Ograničili smo naše zaključke na konzervirane epitope u F i G proteinima koji su eksperimentalno potvrđeni. Primijenili smo multidimenzionalno skaliranje (MDS) da bismo konstruirali pejzaže epitopa T ćelija kako bismo istražili raznolikost i evoluciju profila T ćelija u različitim sojevima RSV. Otkrili smo da su sojevi RSV grupirani u tri RSV-A grupe i dvije RSV-B grupe na ovom pejzažu T epitopa. Ovi klasteri predstavljaju divergentne RSV sojeve sa potencijalno različitim imunogenim profilima. Osim toga, naši rezultati pokazuju veći udio očuvanja sadržaja epitopa F proteina T stanica među nedavnim epidemijskim sojevima, dok je sadržaj epitopa G proteina T stanica smanjen. Važno je da naši rezultati sugeriraju da RSV-A i RSV-B imaju različite obrasce pomjeranja epitopa i zamjene i da će RSV-B vakcine možda trebati češće ažuriranje. Naša studija pruža novi okvir za proučavanje evolucije epitopa RSV T ćelija. Razumijevanje obrazaca očuvanja i promjene epitopa T ćelija može biti dragocjeno za dizajn i procjenu vakcine.
Prednosti cistanche tubulosa- jača imunološki sistem
Sažetak autora
Infekcije donjih respiratornih organa uzrokovane ljudskim respiratornim sincicijskim virusom (RSV) predstavljaju globalni zdravstveni izazov. Imuni odgovor epitopa B ćelija bio je glavni fokus RSV vakcine i terapijskog razvoja. Međutim, imunitet izazvan epitopom T ćelija igra važnu ulogu u rješavanju RSV infekcije. Dok je o genetskoj raznolikosti RSV široko objavljeno, nekoliko studija se fokusira na raznolikost epitopa RSV T ćelija, što može uticati na efikasnost vakcine. Ovdje koristimo računski predviđene profile epitopa T ćelija cirkulirajućih sojeva da karakteriziramo raznolikost i evoluciju epitopa T stanica RSV A i B. Sistematski procjenjujemo profil epitopa T ćelija RSV F i G proteina. Pružamo vizualizaciju pejzaža epitopa T ćelija koja pokazuje ko-cirkulaciju tri RSV-A grupe i dvije RSV-B grupe, sugerirajući potencijalno različit imunitet T ćelija. Nadalje, naša studija pokazuje različite nivoe očuvanja sadržaja epitopa T ćelija proteina F i G, što može biti važno za korelaciju s trajanjem zaštite vakcinom. Ova studija pruža novi okvir za proučavanje evolucije epitopa RSV T ćelija, zaključivanje imuniteta RSV T ćelija na nivoima populacije i praćenje efikasnosti RSV vakcine.
Uvod
Humani respiratorni sincicijski virus (RSV) je RNA virus sa negativnim lancem koji je klasifikovan uOrtopneumovirusrod porodicePneumoviridae. To je glavni uzrok bolesti donjih dišnih puteva kod mladih dojenčadi, osoba s oslabljenim imunitetom i starijih ljudi, što rezultira godišnjim epidemijama širom svijeta [1]. Jednolančani RNA genom RSV-a je otprilike 15,2 kb i kodira 11 virusnih proteina [2]. Proteini Fusion (F) i Glycoprotein (G) su dva glavna površinska proteina [3]. Općenito se smatra da je F protein očuvan i stoga je u fokusu većine trenutnih dizajna vakcina protiv RSV-a. Iako je G protein vrlo varijabilan, njegov doprinos patogenezi bolesti i njegova uloga u biologiji infekcije sugeriraju da može biti i efikasan antigen vakcine protiv RSV [4]. Uprkos značajnom opterećenju RSV infekcijom širom svijeta, ne postoji licencirana vakcina. Jedina odobrena intervencija je pasivna imunoprofilaksa palivizumabom, koja se postiže davanjem monoklonskog antitijela (mAb) na vrlo ograničenu grupu dojenčadi mlađe od 24 mjeseca i liječenje se mora ponavljati mjesečno tokom sezone RSV-a zbog relativno kratak poluživot antitela [5,6]. Zbog visoke cijene tretmana monoklonskim antitijelima, ova intervencija je ograničena na visokorizična novorođenčad i općenito je nedostupna u zemljama u razvoju. Vakcina protiv RSV-a je hitan globalni prioritet zdravstvene zaštite i vjerovatno je da su potrebne različite strategije za različite grupe visokog rizika.
cistanche koristi - jača imuni sistem
Brojni istraživački timovi su radili na razvoju RSV vakcine od njene izolacije i karakterizacije 1956. godine [7,8]. Međutim, vakcinacija formalinom inaktiviranom, alum-precipitiranom RSV vakcinom (FI-RSV) kod novorođenčadi i male djece koja nisu bila podvrgnuta RSV-u, dovela je do razvoja bolesti poboljšane vakcinom (VED) koja je decenijama koja slijede ometala razvoj vakcine [9 ]. Provedene su mnoge studije kako bi se objasnio ovaj neželjeni ishod. Vjerovatno je da je fiksacija formalina dovela do vakcine koja je uglavnom predstavljala postfuzionu konformaciju RSV F proteina, što je dovelo do viška ne-neutralizirajućih antitijela i formiranja imunološkog kompleksa [10–12]. Druge studije su pokazale da je oslabljen odgovor T ćelija sa izobličenjem Th2 [13,14], kao i taloženje komplementa u plućima, doprineo povećanom regrutovanju neutrofila [12]. Nedavni razvoji, uključujući razlučivanje proteina F [15] i razvoj modela RSV glodara [16], doprinijeli su brojnim kandidatima za vakcinu s novim dizajnom i formulacijama koje su trenutno u kliničkim ispitivanjima [3,17,18]. Dok se većina trenutnih strategija vakcinacije protiv RSV-a fokusira na neutralizacijski imunološki odgovor izazvan B-ćelijama, imunitet T-ćelija također igra glavnu ulogu u rješavanju virusne infekcije i od suštinskog je značaja za razvoj RSV vakcine [17,18]. Jednom kada se uspostavi RSV infekcija donjih disajnih puteva, CD8 T ćelije igraju važnu ulogu u čišćenju virusa, a CD4 pomoćne T ćelije mogu orkestrirati ćelijske imune odgovore i stimulisati B ćelije da proizvode antitijela. Međutim, Th2-pristrasni odgovori su povezani sa životinjskim modelima RSV VED-a, a mjerenje Th1 i Th2 odgovora se smatra važnim za predviđanje sigurnosti kandidata za vakcinu [12]. Stoga bi indukcija uravnoteženog ćelijski posredovanog imunološkog odgovora putem vakcinacije promovirala uklanjanje RSV-a, ali se mora poduzeti oprez kako bi se izbjegla mogućnost imunopatologije. Uzeto zajedno, potrebno je bliže ispitivanje imuniteta T ćelija i virusnih sekvenci koje induciraju odgovore T ćelija za razvoj RSV vakcine.
Ljudski respiratorni sincicijski virus ima složen obrazac cirkulacije u ljudskoj populaciji. Unutar dvije antigenske grupe, RSV-A i RSV-B, različiti genotipovi mogu ko-cirkulirati unutar iste zajednice, dok se novi genotipovi RSV sa velikom genomskom raznolikošću mogu pojaviti i potencijalno zamijeniti prethodno dominantne genotipove [19]. Poslednjih godina identifikovano je nekoliko jedinstvenih genetskih modifikacija u RSV-u, uključujući 72-duplikaciju nukleotida (nt) (ON genotip) u RSV-A G genu i drugu sa 60-}nt duplikaciju (BA genotip ) u RSV-B na sličnom području [20]. Uočena genetska raznolikost RSV-a postavila je pitanje da li je neophodno da vakcina protiv RSV-a uključuje nekoliko različitih sojeva da bi bila efikasna. Većina trenutnih razvoja vakcine protiv RSV bazira se na laboratorijskom soju RSV A2, koji je himerni soj koji pripada podtipu A [21]. Iako ovi tretmani obećavaju, postoji mogućnost da virusni sojevi razviju mutacije koje mogu pobjeći. Na primjer, sojevi otporni na palivizumab izolovani su i sa RSV modela glodara i ljudi [17,22]. Nekoliko linija dokaza također sugerira da antigenske varijacije mogu igrati ulogu u sposobnosti RSV-a da izbjegne imunološki odgovor i ustanovljene infekcije [23]. Dok visoko konzervirani epitopi T ćelija u vakcini protiv RSV možda neće pružiti potpunu zaštitu od infekcije kada izostanu odgovori na unakrsna zaštitna antitijela, visoko konzervirani epitopi T stanica u vakcini i dalje mogu smanjiti ozbiljnost bolesti i ograničiti širenje virusa. Međutim, prijavljene su varijacije aminokiselina na nivou epitopa T ćelija i potencijalna pojava novih epitopa T ćelija nedavnih cirkulirajućih sojeva RSV [24], a potrebne su daljnje studije kako bi se ilustrovali efekti varijacija aminokiselina na prepoznavanje T stanica. . Stoga je karakterizacija profila epitopa T ćelija u različitim sojevima vrlo važna za razumijevanje evolucije RSV-a i može biti važna za razvoj RSV vakcine.
cistanche biljka koja povećava imuni sistem
Kliknite ovdje za pregled proizvoda Cistanche Enhance Immunity
【Zatražite više】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
U ovoj studiji koristimo imunoinformatičke pristupe koji su implementirani u kompletu alata iVAX [25] za predviđanje epitopa T ćelija u RSV-u u različitim sojevima sa fokusom na dva glavna površinska proteina F i G. Analizom sveobuhvatnog skupa podataka, mi smo procijeniti profil epitopa T ćelija RSV specifičnog za lozu. Takođe kreiramo pejzaže epitopa T ćelija zasnovane na sekvencama na osnovu poređenja sadržaja epitopa među različitim sojevima i dalje koreliramo promene imunosti RSV T ćelija sa evolucijom virusa. Također je izračunat udio unakrsno očuvanog sadržaja epitopa T ćelija između sojeva kandidata za vakcinu koji su se ranije razvili i sojeva RSV u cirkulaciji s različitim godinama izolacije i lokacijama. Ove analize mogu pomoći u razumijevanju imuniteta RSV T ćelija među različitim sojevima i doprinijeti trenutnim naporima u dizajniranju vakcine.
Rezultati
Distribucija epitopa T ćelija u površinskim proteinima RSV
Procijenili smo imunogeni potencijal T ćelija preko površinskih proteina RSV skeniranjem 9 regija ostataka kako bismo predvidjeli vjerovatnoću vezivanja za molekule MHC klase I i klase II (slika 1). Gustoća epitopa površinskih proteina RSV procijenjena je korištenjem normaliziranog rezultata gustine epitopa, koji se izračunava sumiranjem predviđenog rezultata vezanja peptida-MHC preko proteina i normaliziranjem sa dužinom proteina. Rezultat za nasumično generirane proteine je postavljen na nulu, a antigeni vakcine generalno postižu rezultat iznad +20 na ovoj skali [25]. F protein ima skor gustine epitopa veći od +20 za analizu skale imunogenosti klase I i klase II, što ukazuje na značajan imunogeni potencijal [25]. Ovo je u suprotnosti sa nižim rezultatima proteina gustine G proteina klase I i klase II za oba RSV podtipa. Ocena gustine epitopa klase I G proteina bila je veća od +10 u oba podtipa, ali je gustina klase II bila niža od nasumičnih očekivanja u analizi RSV-B (slika 1A). Ovaj rezultat sugerira da površinski proteini RSV-a vjerovatno imaju potencijal da stimulišu T ćelije koje su potrebne za zaštitni imunitet. Zatim smo istražili distribuciju imunogenosti T ćelija kroz proteine i otkrili da postoje regije sa relativno visokim imunogenim potencijalom T ćelija (slika 1B). Distribucija imunogenosti T ćelija F proteina je mapirana na njegovu proteinsku strukturu i preklapanje između regiona proteinske sekvence sa visokim potencijalom imuniteta T ćelija i ciljeva neutralizacije antitela primećeno je na antigenskom mestu F i mestu II.
Slika 1. Imunogeni potencijal T ćelija za površinske proteine RSV baziran na predviđanju vezivanja MHC
Profili epitopa T ćelija specifičnih za lozu
Zatim smo proširili predviđanja epitopa T ćelija sa RSV reprezentativnih sojeva na više sojeva koji cirkulišu u divljim uslovima. Distribucija i raznolikost epitopa T ćelija u različitim sojevima ilustrovani su u toplotnim mapama sa odgovarajućim vremenski skaliranim filogenijama (S1 i S2 slike). I F i G proteini sadrže epitope koji su konzervirani u svim RSV sojevima u gotovo 100% uzorkovanih izolata, što sugerira da bi mogli poslužiti kao visokokvalitetni kandidati za epitope T ćelija za dizajn vakcine. Nasuprot tome, neki epitopi su mutirani u odabranim sojevima, a oni epitopi koji su se javljali samo u određenim kladama unutar filogenije mogu se tumačiti kao "otisci prstiju" specifičnih za klade.
Događaji duplikacije G gena u RSV-u, koji su jedinstveni genski potpisi, mogu ili promijeniti položaj epitopa (lokacije su različite, ali su aminokiseline epitopa identične izolatima G proteina bez duplikacije) ili uzrokovati pojavu novih epitopa. Dva nova epitopa klase I, (br. 31 i br. 40 na S2A sl.), pronađena su u RSV-A sojevima koji sadrže duplikaciju G gena. Pored toga, emergentni epitop klase II (br. 25 na S2A sl.) je identifikovan u RSV-A sekvencama koje sadrže duplikaciju G gena, što je bio pomak od epitopa (br. 24) koji je uočen kod drugih sojeva. Od RSV-B sojeva koji sadrže događaj duplikacije G gena, također smo primijetili višestruke epitope IT stanica specifičnih za lozu, koji su uzrokovani 2-delecijom aminokiselina (aa) (aa157 i aa158) u ovim sojevima umjesto toga od direktno zbog događaja 60-nt dupliranja. RSV-B G proteini koji imaju događaj duplikacije sadrže više novih epitopa (br. 22, 23, 26, 28, 30, 37), ali ne sadrže nekoliko epitopa (br. 24, 25, 27, 29, 31, 38) koji su identifikovani kod drugih sojeva (S2B sl.). Da bismo dalje utvrdili da li su kompjuterski predviđeni epitopi T ćelija sa visokim potencijalom vezivanja MHC imunogeni, koristili smo JanusMatrix [27] algoritam da identifikujemo epitope T ćelija za koje je verovatno da će biti unakrsno konzervirani sa ljudskim peptidima i na taj način tolerisani od strane imunološkog sistema. . Na osnovu ove analize, 6,45% pretpostavljenih epitopa klase I i 1,12% pretpostavljenih epitopa klase II glavnih površinskih proteina RSV je unakrsno konzervirano sa epitopima izvedenim iz humanog proteoma na ostacima koji su okrenuti T ćelijskog receptora (TCR). Kako ovi peptidi imaju slične preferencije vezanja HLA koje su sadržane u ljudskim proteinima (S3 slika), stoga se pretpostavlja da nisu imunogeni. Nakon što smo isključili epitope sa visokim JanusMatrix rezultatom identificiranim gore, uspjeli smo identificirati epitope T ćelija koji su konzervirani u više od 60% trenutno cirkulirajućih sojeva RSV-a. Pretražili smo IEDB bazu podataka epitopa kako bismo utvrdili da li su ovi epitopi povezani s eksperimentalno potvrđenim epitopima RSV T ćelija ili HLA ligandima (Tabela A u S1 tekstu). Konzervirane sekvence epitopa RSV T ćelija koje mogu biti važne za budući razvoj vakcine prikazane su u Tabelama 1 i 2 (Tabele B i C u S1 tekstu).
Tabela 1. Eksperimentalno potvrđeni konzervirani peptidi epitopa MHC klase I u glavnim površinskim proteinima RSV
Predviđeni pejzaži epitopa RSV T ćelija
To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 decenije). Analiza RSV-B pokazuje promenu predviđenih imunoloških fenotipova sa kratkim periodima ko-cirkulacije (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.
Tabela 2. Eksperimentalno potvrđeni konzervirani peptidi epitopa MHC klase II u glavnim površinskim proteinima RSV
Slika 2. Predviđeni pejzaži epitopa T ćelija i genetska evolucija površinskih proteina RSV
Postoji više metoda dostupnih za predviđanje epitopa T ćelija [31], što može rezultirati različitim rekonstruisanim pejzažima ako postoji sistematska pristranost u metodi predviđanja. Koristili smo NetMHCpan metodu [32] da predvidimo epitope T ćelija i izvršimo istu rekonstrukciju pejzaža koristeći predviđanja vezivanja MHC klase I za RSV-A F protein. Naša analiza je pokazala konzistentan klasterizovani obrazac profila RSV T epitopa na pejzažu bez obzira na metodu predviđanja epitopa T ćelija (S7 slika).
Slika 3. Procjena prethodno korišćenih sojeva kandidata za RSV vakcinu sa sadržajem epitopa T ćelija cirkulirajućih sojeva
Procjena sojeva kandidata za vakcinu sa sadržajem epitopa T ćelija
T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) i relativno niži stepen očuvanosti protiv nedavno izolovanih sojeva. Slično smanjenje u očuvanju epitopa T ćelija s vremenom je identificirano za vakcinalni soj CP52 među cirkulirajućim sojevima RSV-B.
Diskusija
Iako i CD4 i CD8 T ćelije doprinose zaštiti od RSV-indukovane bolesti nakon primarne infekcije [16,34], epitopi T ćelija su dobili ograničenu pažnju u naporima istraživanja RSV-a. Čini se da površinski proteini RSV-a imaju značajan potencijal za pokretanje imuniteta T ćelija koristeći računarski pristup, na osnovu njihovih rezultata gustine epitopa T ćelija kako je određeno predviđanjem MHC molekularnog vezivanja. Relativno visoka pretpostavljena gustina epitopa T ćelija mogla bi učiniti F protein dobrom metom za RSV vakcinu. Pored analize gustine i distribucije epitopa T ćelija u glavnim površinskim proteinima RSV, takođe smo pokazali varijacije specifične za lozu u sadržaju epitopa T ćelija. Iako se vjeruje da je RSV F protein dobro očuvan, mutacije epitopa su uočene u različitim linijama unutar F proteina, što sugerira da proučavanje epitopa specifičnih za lozu u RSV može pružiti uvid u utjecaj imunološke selekcije na virusnu raznolikost i postojanost. . Za razliku od konzerviranog F proteina, RSV G protein je vrlo varijabilan, još uvijek smo uočili potencijalne konzervirane epitope T ćelija u različitim sojevima, što sugerira veliko interesovanje za G protein konzervirani domen kao potencijalne mete vakcine na imunološku zaštitu T ćelija . Iako je potrebna eksperimentalna validacija, ova analiza naglašava važnost razumijevanja očuvanja epitopa na nivou populacije jer može pružiti važan uvid u razvoj vakcina protiv RSV infekcije vođenih epitopom T ćelija.
Glavni fokus našeg rada je razvoj metode zasnovane na sekvenci za mapiranje evolucije imuniteta T ćelija kroz različite mrlje. Nakon prethodnog ključnog rada koji je koristio MDS metodu za mapiranje evolucijske adaptacije virusa gripe A izazvanog CD8 T stanicama koristeći prisustvo i odsustvo epitopa MHC klase I [35], konstruirali smo pejzaže imuniteta RSV T stanica koristeći imunološke udaljenosti koje generirani su analizom unakrsne konzervacije epitopa T ćelija, što omogućava laku vizualizaciju i intuitivno razumijevanje potencijala za odnose imuniteta T stanica među različitim sojevima. Upoređujući različite sojeve, otkrili smo da sadržaj epitopa T ćelija u površinskim proteinima RSV-a iz različitih sojeva može biti grupiran, kao što je uočeno za antigensku vezu koja je prijavljena kod drugih patogena [36,37]. Naši rezultati takođe pokazuju korespondenciju između klastera imunosti RSV T ćelija i njihove odgovarajuće filogenije, sa sekvencama u istoj kladi koje generalno pripadaju istom imunom klasteru T ćelija. Važno je da također opažamo različite obrasce evolucije epitopa T-ćelija divljih sojeva RSV u poređenju sa njihovom genetskom evolucijom. Otkrili smo da se sojevi RSV sa duplikacijama G gena još uvijek mogu grupirati s prethodnim izolatima RSV na MDS prostoru epitopa T ćelija. Naši rezultati naglašavaju važnost karakterizacije promjena epitopa T ćelija u RSV-u.
cistanche tubulosa-poboljšava imuni sistem
U ovoj studiji identifikovali smo visoko konzervirane epitope RSV T ćelija, od kojih su neki već eksperimentalno potvrđeni i objavljeni u bazi podataka IEDB. Međutim, identifikovali smo i nekoliko drugih konzerviranih epitopa T-ćelija koji nisu prethodno opisani. Oni mogu biti vrijedni za dizajn vakcine, iako će biti potrebna eksperimentalna validacija. Nadalje, homologija odabranih RSV epitopa sa ljudskim peptidima sugerira da bi neki predviđeni epitopi RSV T stanica mogli biti tolerirani od strane ljudskog imunološkog sistema ili bi mogli izazvati štetni unakrsno reaktivni imuni odgovor na humane proteine kada se daju s adjuvansom [27]. Određeni aspekti imuniteta na RSV nisu obrađeni u ovoj studiji. Na primjer, neutralizirajući odgovori antitijela trenutno se smatraju najvažnijim korelatom imuniteta. Dok neutralizirajuća antitijela ne bi bila direktno izazvana vakcinom vođenom epitopom T ćelija, pomoćni (CD4) T ćelijski epitopi su potrebni za stvaranje antitijela visokog afiniteta i visoke specifičnosti. Također napominjemo da smo ograničili fokus na dva glavna proteina na površini RSV-a u našoj trenutnoj analizi, ali drugi RSV proteini poput N, M ili M2-2 proteina također mogu doprinijeti efikasnosti vakcine [38].
cistanche tubulosa-poboljšava imuni sistem
Efikasna vakcina protiv varijabilnih virusa treba da sadrži epitope T-ćelija koji su visoko konzervirani među cirkulirajućim sojevima [39]. Efikasnost vakcine može biti smanjena ako se epitopi T ćelija u soju vakcine ne poklapaju kada se pojave novi sojevi patogena. U ovoj studiji, koristili smo pristup zasnovan na imunoinformatici za procjenu unakrsno očuvanog sadržaja epitopa T ćelija između dva živa atenuirana soja kandidata za vakcinu i RSV cirkulirajućih divljih sojeva. Otkrili smo da postoji nizak udio unakrsno očuvanog sadržaja epitopa T ćelija kod vakcinalnih sojeva koji su pripadali različitim antigenskim grupama, što ukazuje na rizik korištenja jednog podtipa soja u RSV vakcinama. Osim toga, uočili smo niži udio unakrsno očuvanog sadržaja epitopa T stanica G-proteina između vakcinalnih sojeva i nedavno cirkulirajućih sojeva u istoj antigenskoj grupi, što sugerira da bi uključivanje epitopa T stanica iz različitih sojeva u istoj antigenskoj grupi također moglo biti važno za razvoj RSV vakcine. Iako nismo uočili značajnu promjenu u unakrsno konzerviranom sadržaju epitopa T ćelija u F proteinu, ne možemo isključiti mogućnost da bi varijacija F proteina u budućnosti mogla učiniti vakcinu baziranu na jednom soju manje efikasnom. Naša trenutna analiza zasniva se na smanjenim skupovima podataka zbog velikog računarskog kapaciteta potrebnog za poređenje sadržaja epitopa. Konstruirali smo ove reprezentativne skupove podataka slučajnim poduzorkovanjem kompletnih skupova podataka prema geografskim regijama i izolovanim godinama. Naši nalazi mogu odražavati raznolikost epitopa T ćelija javno dostupnih sojeva RSV-a, međutim, možda će biti potrebni dodatni napori u nadzoru RSV-a da bi se dobila potpuna slika varijabilnosti epitopa T ćelija RSV-a.
Naša trenutna studija ograničena je nedostatkom eksperimentalne validacije predviđanja epitopa T ćelija. Fokusiramo se na kompjuterski predviđeno MHC vezivanje za identifikaciju epitopa T-ćelija. Iako je snaga vezivanja MHC ključni parametar koji određuje imunogenost peptida, ali nije dovoljan da bi modul bio imunogen [40]. Drugi aspekti povezani sa imunološkim odgovorom T ćelija izazvanim patogenom, kao što je odgovarajuća obrada antigena [41] i prepoznavanje receptora T ćelija [40], nisu uzeti u obzir u ovoj studiji, što bi moglo da izazove pristranost u pejzažima epitopa T ćelija zasnovanih na računarstvu. Međutim, uočeni grupirani uzorak površinskih proteina RSV na pejzažu epitopa T ćelija u ovoj studiji odražava raznolikost epitopa T ćelija unutar različitih sojeva. Ovo otkriće pruža vrijedan uvid u evoluciju virusa u aspektima imuniteta T-ćelija i može doprinijeti odabiru soja za dizajn cjepiva. Sve u svemu, ova studija pruža fokusiranu analizu epitopa T ćelija u glavnim površinskim proteinima RSV pomoću računalnih alata. Izveli smo sveobuhvatno predviđanje epitopa T ćelija za RSV pokazujući imunološki odnos epitopa T ćelija u površinskim proteinima RSV. Ova studija pokazuje da se evolucija epitopa T ćelija može razlikovati od genetske varijacije i pruža okvir za razvoj integrisane RSV vakcine zasnovane na epitopu i metode evaluacije koje bi se mogle koristiti za optimizaciju strategija vakcinacije.
Reference
1. Crowe JE Jr., Williams JV. Paramiksovirusi: respiratorni sincicijski virus i ljudski metapneumovirus: virusne infekcije ljudi. 2014. februar 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26
2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K, et al. Kompletne sekvence genoma izolata genotipa A i B humanog respiratornog sincicijalnog virusa iz Južne Koreje. Genome Announc. 2015; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.
3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Struktura i funkcija površinskih glikoproteina respiratornog sincicijalnog virusa. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83–104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.
4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Zaštitna antigenska mjesta u vezivnom proteinu respiratornog sincicijalnog virusa G izvan centralnih konzerviranih domena i domena cisteinske omče. PLOS Pathogens. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227
5. Ažurirane smjernice za profilaksu palivizumabom kod dojenčadi i male djece s povećanim rizikom od hospitalizacije zbog infekcije respiratornim sincicijskim virusom. Pedijatrija. 2014; 134(2):e620–38. Epub 2014/07/30. https://doi.org/10.1542/peds.{11}} PMID: 25070304.
6. Palivizumab, monoklonsko antitijelo na humanizirani respiratorni sincicijski virus, smanjuje hospitalizaciju zbog infekcije respiratornim sincicijskim virusom kod visoko rizične novorođenčadi. IMpact-RSV studijska grupa. Pedijatrija. 1998; 102 (3 Pt 1): 531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.
7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. Tri nivoa doze kandidatske vakcine protiv respiratornog sincicijalnog virusa majke dobro se podnose i imunogene su u randomiziranom ispitivanju kod žena koje nisu trudne. J Infect Dis. 2022; 225(12):2067–76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.
8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Trenutno stanje i izazovi u razvoju vakcina protiv respiratornog sincicijalnog virusa. Vakcine (Bazel). 2020; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.
9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K, et al. Bolest respiratornog sincicijalnog virusa u dojenčadi uprkos prethodnoj primjeni antigenske inaktivirane vakcine. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.
10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Pojačana plućna histopatologija uočena je kod pamučnih pacova imuniziranih formalinom inaktiviranim respiratornim sincicijskim virusom (RSV) ili pročišćenim F glikoproteinom i izazvanim RSV-om 3-6 mjeseci nakon imunizacije. Vakcina. 1990; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.
11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Pre-fuzija F je odsutna na površini formalinom inaktiviranog respiratornog sincicijalnog virusa. Scientific Reports. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426
12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. Uloga imunoloških kompleksa u pojačanoj bolesti respiratornog sincicijalnog virusa. J Exp Med. 2002; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.
13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3., Murphy BR. Pojačana plućna histopatologija izazvana respiratornim sincicijskim virusom (RSV) kod formalin-inaktiviranih RSV imuniziranih BALB/c miševa se poništava smanjenjem interleukina-4 (IL-4) i IL-10. J Virol. 1994; 68 (8): 5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.
14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Infekcija respiratornim sincicijskim virusom kod BALB/c miševa koji su prethodno imunizirani virusom inaktiviranim formalinom inducira pojačan upalni odgovor pluća s dominantnim uzorkom citokina poput Th2-. J Virol. 1996; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.
15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Prolazno otvaranje trimernih prefuzijskih RSV F proteina. Nat Commun. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, dobio je sredstva za istraživanje od MedImmune-a i Janssen-a, bio je plaćeni konsultant za MedImmune i član je naučnog savjetodavnog odbora za Calder Biosciences. MSAG je imenovani pronalazač na patentnoj prijavi za RSV F-usmjerena jednodomenska antitijela. PF-H., GP, A.vW. i JPML zaposleni su u Janssen, farmaceutskoj kompaniji Johnson & Johnson.
16. Taylor G. Životinjski modeli infekcije respiratornim sincicijskim virusom. Vakcina. 2017; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.
17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Profil vakcine nanočestica prefuzogenog fuzionog proteina respiratornog sincicijalnog virusa. Expert Rev Vaccines. 2021; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.
18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. Krajolik vakcine protiv respiratornog sincicijalnog virusa: lekcije sa groblja i kandidati koji obećavaju. Lancet Infect Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.
19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS, et al. Postepena zamjena svih prethodno cirkulirajućih respiratornih sincicijskih virusa A soja sa novim genotipom ON1 u Lanzhouu od 2010. do 2017. Medicina (Baltimore). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.00000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.
20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO, et al. Zajednička cirkulacija sojeva respiratornog sincicijalnog virusa (RSV) od 72bp grupe A i 60bp duplikacije grupe B u Rijadu, Saudijska Arabija 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664
21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. Strukturna osnova neutralizacije zavisne od podtipa respiratornog sincicijalnog virusa antitijelom koje cilja na fuzijski glikoprotein. Nature Communications. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732
22. Hashimoto K, Hosoya M. Neutralizirajući epitopi otpornosti na RSV i palivizumab u Japanu. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.{11}} PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.
23. Sullender WM. Genetička i antigenska raznolikost respiratornog sincicijalnog virusa. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, sadržaj. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.
24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y, et al. Genetske varijacije u fuzijskom proteinu respiratornog sincicijalnog virusa izolovanog od djece hospitalizirane s upalom pluća stečenom u zajednici u Kini. Scientific Reports. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836
25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. Bolje otkrivanje epitopa, precizno imunološko inženjerstvo i ubrzani dizajn vakcine pomoću imunoinformatičkih alata. Front Immunol. 2020; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.
26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM, et al. Brzo profilisanje repertoara RSV antitijela iz memorijskih B ćelija prirodno inficiranih odraslih donora. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.
27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Integrirana procjena predviđenog MHC vezivanja i unakrsne konzervacije sa sobom otkriva obrasce viralne kamuflaže. BMC Bioinformatics. 2014; 15 Suppl 4(Suppl 4):S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.
28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, et al. Objedinjavanje epidemiološke i evolucijske dinamike patogena. Nauka. 2004; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https:// doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.
29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Mapiranje antigenske i genetske evolucije virusa gripe. Nauka. 2004; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.
30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et al. Integracija antigenske dinamike gripe s molekularnom evolucijom. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547
31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics Comes of Age. PLOS Computational Biology. 2006; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250
32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 i NetMHCIIpan-4.0: poboljšana predviđanja prezentacije MHC antigena istovremenom dekonvolucijom motiva i integracija MS MHC eluiranih podataka o ligandu. Istraživanje nukleinskih kiselina. 2020; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916
33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. Poređenje sadržaja epitopa T-ćelija (EpiCC) hemaglutinina virusa gripe A svinja H1. Influenca Drugi Respir virusi. 2017; 11(6):531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.
34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. Ljudski imuni odgovor na respiratornu sincicijsku virusnu infekciju. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.{11}} PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.
35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Dugotrajna adaptacija virusa influence A izbjegavanjem citotoksičnog prepoznavanja T-ćelija. Scientific Reports. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812
36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL, et al. Virusi denga groznice se skupljaju antigenski, ali ne kao diskretni serotipovi. Nauka. 2015; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952
37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM, et al. Antigenska kartografija imunoloških odgovora na protein 1 membrane eritrocita Plasmodium falciparum (PfEMP1). PLOS Pathogens. 2019; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501
38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Karakterizacija M- i M2- specifičnih CD4 T ćelija respiratornog sincicijalnog virusa u mišjem modelu. Journal of Virology. 2009; 83(10):4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 19264776
39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Izvan kliničkih ispitivanja: Evolucijska i epidemiološka razmatranja za razvoj univerzalne vakcine protiv gripe. PLOS Pathogens. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783
40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T Predviđanje epitopa ćelija i njegova primjena u imunoterapiji. Front Immunol. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.
41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. CD4+ predviđanje epitopa T-ćelija korištenjem ograničenja obrade antigena. J Immunol Methods. 2016; 432:72–81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.
42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. Novi i proširivi sistem genotipizacije za humani respiratorni sincicijski virus zasnovan na analizi sekvence cijelog genoma. Influenca Drugi Respir virusi. 2022; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077
43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. OZNAKA: Brza i tačna dodjela loze s procjenom hemaglutinina H5N1 i H9N2 gripa A. PLOS ONE. 2014; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291
44. Organizacija UNbtWH. Svjetska zdravstvena statistika 2011 2011.
45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integrirana proteinska sekvenca i strukturno poravnanje. Istraživanje nukleinskih kiselina. 2019; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021
46. Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.
47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR, et al. Zamjena F i G proteina podgrupe A respiratornog sincicijalnog virusa (RSV) sa onima iz podgrupe B stvara himerične žive atenuirane RSV podgrupe B vakcine kandidata. J Virol. 1999; 73(12):9773–80. Epub 1999/ 11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.
48. Stamatakis A. RAxML verzija 8: alat za filogenetičku analizu i post-analizu velikih filogenija. Bioinformatika. 2014; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.
49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Filodinamička analiza maksimalne vjerovatnoće. Virus Evolution. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210
50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. dogovoriti r paket za vizualizaciju i označavanje filogenetskih stabala sa njihovim kovarijantama i drugim povezanim podacima. Metode u ekologiji i evoluciji. 2017; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628
51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. Nekoliko uobičajenih tipova HLADR dijeli repertoare vezanja peptida koji se uglavnom preklapaju. J Immunol. 1998; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.
52. Sette A, Sidney J. Devet glavnih supertipova HLA klase I čini ogromnu prevagu HLA-A i -B polimorfizma. Imunogenetika. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.
53. UniProt: univerzalna baza znanja o proteinima 2021. Nukleinske kiseline Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.
54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et al. iVAX: Integrisani komplet alata za selekciju i optimizaciju antigena i dizajn vakcina vođenih epitopom. Ljudske vakcine i imunoterapeutika. 2015; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959
55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. Vrlo snažno antitijelo produženog poluživota kao potencijalni surogat RSV vakcine za svu novorođenčad. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.
56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Struktura fuzionog glikoproteina respiratornog sincicijalnog virusa u postfuzijskoj konformaciji otkriva očuvanje neutralizirajućih epitopa. J Virol. 2011; 85 (15): 7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.{11}} PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.
57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: metoda konsenzusa za predviđanja glavnog kompleksa histokompatibilnosti klase I. Imunogenetika. 2012; 64(3):177–{5}}. https://doi.org/10. 1007/s{8}} PMID: 22009319
58. GOWER JC. Neka svojstva udaljenosti latentnih korijenskih i vektorskih metoda koriste se u multivarijantnoj analizi. Biometrija. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325
59. Sa´nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Multivarijatna analiza. Academic Press, London New York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 str., 61 $.00. Biometrijski časopis. 1982;24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.
60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: R paket za određivanje relevantnog broja klastera u skupu podataka. Journal of Statistical Software. 2014; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06
61. de Leeuw J, Mair P. Multidimenzionalno skaliranje korištenjem majorizacije: SMACOF u R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03
