Analiza pristranosti upotrebe kodona hloroplastnog genoma Cistanche

sažetak:

Cilj Razjasniti pristrasnost upotrebe kodona i faktore utjecaja na genom hloroplasta u četiri ljekovite biljke Cistanche spp. Metode Parametri pristranosti upotrebe kodona odCistanche deserticola, Cistanchesalsa iCistanchetubulosaanalizirali su CUSP, CodonW 1.4.2, SPSS i Microsoft Excel.

Rezultati Genomi hloroplasta četiri vrste Cistanche imali su slične obrasce upotrebe kodona, pri čemu je treća baza kodona sve završavala na A/T i imala je tendenciju da koristi A/T baze povoljnije.

Vrijednosti ENC (efektivnog broja kodona) za četiri vrste bile su iznad 35, što ukazuje da je kodonska preferencija gena hloroplasta kod Cistanche spp. je slab. Rezultati dijagrama neutralnosti, ENC dijagrama, PR2- dijagrama pristranosti i analize korespondencije pokazali su da je prirodna selekcija glavni faktor koji utječe na pristrasnost upotrebe kodona genoma kloroplasta kod Cistanche spp. Vrijednosti RSCU (relativna sinonimna upotreba kodona) korištene su za identifikaciju četiri optimalna kodona koje dijele četiri vrste Cistanche spp.

Zaključak U ovoj studiji analizirali smo pristranost upotrebe kodona genoma hloroplasta četiri vrsteCistanche tubulosa. i otkrili faktore uticaja koji utiču na pristrasnost kodona, što je dalo odgovarajuću teorijsku osnovu za proučavanje sistematske evolucije, adaptacije životne sredine i poboljšanja raseCistanchena molekularnom nivou.

Kliknite ovdje da biste dobili ekstrakt Cistanche Tubulosa

Pitajte za više:

E-pošta:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp plus 86 15292862950

Cistanche Hoffmanns. & Link je višegodišnja parazitska biljka iz porodice Orobanchaceae, uglavnom rasprostranjena u Evropi i Aziji, sa četiri vrsteCistancheu Unutrašnjoj Mongoliji, Ningxia, Gansu, Qinghai i Xinjiang [1].

Među njima,Cistanche deserticola Maima najveću medicinsku vrijednost i poznat je kao "pustinjski ginseng" jer raste uglavnom u pustinjskim područjima. Međutim, ljekovite biljke iz roda Cistanche suočavaju se sa zabunom u klasifikaciji biljaka [2] i zabunom u korištenju komercijalno dostupnih vrsta [3]. Kloroplasti su mjesto fotosinteze u većini zelenih biljaka, uključeni su u razvojne i sekundarne metaboličke aktivnosti [4], te koordiniraju ekspresiju gena između organela i nuklearnog genoma [5]. Kloroplasti imaju autonomno naslijeđen genom i široko se koriste u studijama kao što su filogenetska analiza biljaka, identifikacija vrsta i izražavanje genetske raznolikosti. Posljednjih godina, sa sazrijevanjem visokopropusne tehnologije sekvenciranja genoma kloroplasta, nekoliko biljaka iz roda Cistanche, Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, Cistanche salsa C. sinensis G. Beck i Cistanche tubulosa Wight su bili podvrgnuti studijama sekvenciranja hloroplasta, te njihove filogenije i genetike. Međutim, nijedna studija o preferenciji kodona hloroplastnog genoma Cistanche spp. su prijavljeni.

Kodon, također poznat kao genetski kod, je most između nukleinskih kiselina i proteina. most između nukleinskih kiselina i proteina, i važan je za prepoznavanje i prijenos bioloških genetičkih informacija, kodoni, također poznati kao genetski kod, važni su vektori za prepoznavanje i prijenos bioloških genetičkih informacija i ključni su dio u biološkom nasljeđivanju i varijaciji [8 ].

Zbog razlika u procesu translacije proteina među vrstama, postoji tendencija da se koristi jedan ili proces translacije različitih vrsta, oni imaju tendenciju da koriste jedan ili više specifičnih sinonimnih kodona Ovaj fenomen se naziva pristranost upotrebe kodona (CUB) [9]. Ovaj fenomen se naziva pristranost upotrebe kodona (CUB) [9], a preferencija kodona ima značajan utjecaj na translaciju mRNA, transkripciju DNK, strukturu proteina, ekspresiju i ekspresiju. Preferencija kodona igra važnu ulogu u translaciji mRNA, transkripciji DNK, strukturi proteina, ekspresiji, funkciji i kotranslacionom savijanju i drugim ćelijskim metaboličkim procesima. Preferencija kodona igra važnu ulogu u ćelijskim metaboličkim procesima kao što su translacija mRNA, transkripcija DNK, struktura proteina, ekspresija, funkcija i kotranslaciono savijanje [10]. Shi Yanshuo i saradnici [11] analizirali su preferenciju kodona četiri vrste Panax ginsenga analizom preferencije genoma hloroplasta četiri Panax Linn. analizom preferencije kodona hloroplastnih genoma četiri Panax Linn. biljke i zaključili da su biljke u istom rodu uže povezane jedna s drugom. Song Yun i saradnici [12] su pokazali da se gen ICE1 može optimizirati na osnovu preferencije kodona, čineći ga otpornijim na stres pri niskim temperaturama.

Song Yun i saradnici [12] su pokazali da se gen ICE1 može optimizirati za ekspresiju pod niskim temperaturnim stresom na osnovu preferencije kodona; Li Xianhuang i ostali [13] su otkrili da su Li Xianhuang i ostali [13] otkrili da preferencija kodona može odražavati evolucijske odnose među vrstama; Zhang Jun Yan Li i ostali [13] su otkrili da preferencija kodona odražava evolucijski odnos između vrsta; Jun Yan Zhang i saradnici [14] su pokazali da mutacija i prirodna selekcija zajedno utiču na ekspresiju Swertia bimaculate (L.). Zhang Junyan i suradnici [14] su pokazali da mutacija i prirodna selekcija zajedno utiču na evolucijski odnos Swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. ex CB Clark genom kloroplasta preferencija kodona za swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. Proučavanje preferencija genomskih kodona hloroplasta u genomima kloroplasta biljaka provedeno je kako bi se pružila osnova za pripitomljavanje šveđana. Stoga, proučavanje obrazaca upotrebe kodona genoma biljnih hloroplasta može pružiti osnovu za pripitomljavanje šveđana. Stoga, proučavanje obrazaca upotrebe kodona genoma hloroplasta može pomoći u poboljšanju efikasnosti izgradnje vektora ekspresije gena, molekularnih mehanizama adaptacije na okoliš i poboljšanja biljnih sorti. Stoga, proučavanje obrazaca upotrebe kodona biljnih hloroplastnih genoma može pružiti podršku podacima za poboljšanje efikasnosti konstrukcije vektora ekspresije gena, istraživanje evolucijskih odnosa vrsta, razumijevanje molekularnih mehanizama adaptacije na okoliš i poboljšanje biljnih vrsta [15].